PDB-7u6z: Pertussis toxin E129D NAD

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7u6z

タイトル

Pertussis toxin E129D NAD

要素

Pertussis toxin subunit 1

キーワード

TOXIN / TRANSFERASE / ADP-RIBOSYLTRANSFERASE / WHOOPING COUGH / INHIBITOR / PERTUSSIS

機能・相同性

機能・相同性情報

転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの / NAD+ ADP-ribosyltransferase activity / nucleotidyltransferase activity / toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Bordetella pertussis (百日咳菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.30001992416 Å

データ登録者

Littler, D.R. / Beddoe, T. / Pulliainen, A. / Rossjohn, J.

資金援助

オーストラリア, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2022
タイトル: Crystal structures of pertussis toxin with NAD + and analogs provide structural insights into the mechanism of its cytosolic ADP-ribosylation activity.
著者: Sakari, M. / Tran, M.T. / Rossjohn, J. / Pulliainen, A.T. / Beddoe, T. / Littler, D.R.

履歴

登録	2022年3月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年4月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年4月20日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2022年5月18日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.3	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7u6z.cif.gz	178 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7u6z.ent.gz	123.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7u6z.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7u6z_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7u6z_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	7u6z_validation.xml.gz	18.4 KB	表示
CIF形式データ	7u6z_validation.cif.gz	26.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u6/7u6z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u6/7u6z	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7skiC 7skkC 7skyC 7sneC 1bcpS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#69 - 2005年9月コレラ毒素 (Cholera Toxin) 類似性 (3)

登録構造単位

B: Pertussis toxin subunit 1

A: Pertussis toxin subunit 1

ヘテロ分子

43 kDa, 2 ポリマー
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1

B: Pertussis toxin subunit 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
21.5 kDa, 1 ポリマー
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2

A: Pertussis toxin subunit 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
21.5 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	69.190, 34.560, 71.760
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Pertussis toxin subunit 1 / PTX S1 / Islet-activating protein S1 / IAP S1 / NAD-dependent ADP-ribosyltransferase 分子量: 20727.395 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bordetella pertussis (百日咳菌) / 遺伝子: ptxA / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) 参照: UniProt: P04977, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの, NAD+ ADP-ribosyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド分子量: 126.904 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#3: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 286 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.57 %
結晶化	温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2M KI, 25% PEG3350 / Temp details: room temperature

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2007年6月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.3→25 Å / Num. obs: 64240 / % possible obs: 76.3 % / 冗長度: 4.8 % / B_iso Wilson estimate: 10.1641427435 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_pim(I) all: 0.026 / Net I/σ(I): 15.7
反射シェル	解像度: 1.3→1.37 Å / Mean I/σ(I) obs: 5.2 / Num. unique obs: 4829 / CC_1/2: 0.917 / R_pim(I) all: 0.153

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.10.1_2155	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1BCP

1bcp

解像度: 1.30001992416→24.4499753323 Å / SU ML: 0.114714879346 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33679855444 / 位相誤差: 22.3331931016
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.213748167576	3268	5.10098960447 %	Random selection
R_work	0.193617840545	60798	-	-
obs	0.194662102267	64066	76.1991983539 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.1323662221 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.30001992416→24.4499753323 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2706	0	90	286	3082

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0075861352654	2872
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.13287756552	3922
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0798589042945	398
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.00645139289546	518
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	24.8016406513	1010

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.30002-1.3194	0.223608364707	55	0.21463552382	1104	X-RAY DIFFRACTION	32.0786050374
1.3194-1.34	0.200520494596	73	0.208431315757	1337	X-RAY DIFFRACTION	39.1014975042
1.34-1.362	0.224378075928	91	0.214377752833	1495	X-RAY DIFFRACTION	43.9213514262
1.362-1.3855	0.268975549615	99	0.243760550491	1728	X-RAY DIFFRACTION	49.5390455531
1.3855-1.4107	0.220594029342	108	0.203230086319	1974	X-RAY DIFFRACTION	58.3683767872
1.4107-1.4378	0.245840278823	110	0.209369291033	2322	X-RAY DIFFRACTION	66.3755458515
1.4378-1.4672	0.242589346725	83	0.212953226305	1811	X-RAY DIFFRACTION	52.2482758621
1.4672-1.4991	0.200810194309	83	0.205823666376	2093	X-RAY DIFFRACTION	59.4210813763
1.4991-1.5339	0.217134561863	129	0.19903700334	2318	X-RAY DIFFRACTION	92.4442765395
1.5339-1.5723	0.210559751531	206	0.186545133223	3408	X-RAY DIFFRACTION	99.7240618102
1.5723-1.6148	0.216037227869	198	0.181705258678	3387	X-RAY DIFFRACTION	99.4176372712
1.6148-1.6623	0.211312932815	224	0.174447267782	3440	X-RAY DIFFRACTION	99.592280511
1.6623-1.7159	0.175789883754	172	0.183812511564	3447	X-RAY DIFFRACTION	99.5050866098
1.7159-1.7772	0.189172032908	173	0.189666969655	3438	X-RAY DIFFRACTION	99.476584022
1.7772-1.8484	0.215780340536	142	0.184779716361	3485	X-RAY DIFFRACTION	99.4516040581
1.8484-1.9325	0.23387490717	101	0.193319960918	2206	X-RAY DIFFRACTION	77.6767676768
1.9325-2.0343	0.203337108959	150	0.187507174838	2882	X-RAY DIFFRACTION	83.8495575221
2.0343-2.1617	0.208495651526	175	0.19030522941	2969	X-RAY DIFFRACTION	85.9721082855
2.1617-2.3285	0.207477985962	169	0.193669357181	2943	X-RAY DIFFRACTION	85.7300275482
2.3285-2.5626	0.237351559087	203	0.198945535548	3469	X-RAY DIFFRACTION	99.512195122
2.5626-2.9328	0.232376260598	196	0.198837908167	3272	X-RAY DIFFRACTION	93.5275080906
2.9328-3.693	0.194095861453	153	0.190860965039	3211	X-RAY DIFFRACTION	93.6264959644
3.693-24.44	0.213991866656	175	0.195739071631	3059	X-RAY DIFFRACTION	84.6818538885

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1639354205	-0.0982709359136	0.3431994934	1.71064764219	-0.230562063601	1.66779278651	0.01889428956	0.0332593693892	-0.088285675383	-0.0261172985476	-0.0232775006805	-0.113850565113	0.149008036002	0.0413719338023	0.00605679338036	0.058300568147	-0.00132191383634	0.00270895254815	0.0615278096214	-0.00366395811612	0.0607607020538	-24.5024320025	-4.41946402915	-21.3995623645
2	2.6837414757	0.0659666835677	-1.10063770734	0.973782841712	-0.268839855496	2.22090892633	-0.0149539655191	0.239811861295	0.0419247226468	-0.147008139864	-0.0534702716732	-0.176831853509	0.0753103023633	0.24924493424	0.0197960015447	0.0711702448397	0.0169966301815	0.0122218331703	0.121815784348	0.0271589115755	0.0701171286226	-17.0466301001	3.11094181736	-30.6393537141
3	1.54775460204	-0.769428152479	1.39955359656	0.835659283163	-0.420811933791	2.45435995148	-0.0867462367271	-0.101830837065	-0.0115725426597	0.205102342242	0.0450714878534	-0.128745542679	0.0193161168681	0.0894299178624	0.0439476146617	0.106605200224	0.00723506599255	-0.0233342044193	0.0789150383907	0.0141161739209	0.0719134552568	-22.5761702609	-3.89727197412	-9.81979136242
4	3.85560865147	0.435803124683	-3.81597674576	0.719501506692	-0.377721408737	4.17274659184	0.0264942634318	0.254650810528	0.174793705556	-0.0733082077401	-0.0293832820584	0.00982168883118	-0.169224794685	-0.0615567112671	-0.00063092053143	0.0646840508307	-0.0076566977301	-0.0225154391121	0.111293044974	0.0366198586659	0.0588642347826	-28.4776408077	6.18897118839	-30.9200706044
5	4.56691688272	-1.00676185352	-3.66008908052	0.908533433722	1.31626378261	3.30669743449	0.265743633723	0.349053982606	0.545467385141	-0.254512998171	0.0279731182218	-0.203107930383	-0.3205718264	0.210302174939	-0.301520481863	0.164889299357	0.00797692198814	0.0324690003537	0.299602352247	0.0966148351589	0.178892177451	-20.7707669563	9.92292945043	-40.370351814
6	1.73965218032	-0.92665497404	0.970144670711	1.81210076415	-1.04789743296	1.8747064336	-0.069365036093	-0.132577854696	-0.0463708527732	0.201510704895	0.0730075158496	0.0992269084089	-0.0646281741465	-0.184661335624	-0.0176315910946	0.0905327325337	-0.0092186792759	0.0106241114489	0.0980738247505	-0.00347292873848	0.075165624575	-34.3223699306	2.81981023115	-14.4337219895
7	0.687343707182	-0.660057998974	-0.0900658156285	1.51478348032	0.208178754249	1.2079554696	0.0290764690036	-0.0836286640472	-0.0929861899261	0.0166631360794	-0.0322584449646	0.0669555054438	0.0416245613103	-0.189802890538	0.00474466108298	0.0480979968511	-0.0226308331314	0.0177629627854	0.121190873077	-0.0148044165052	0.0877893250452	-56.2309544464	-11.2516568514	-8.92240387017
8	1.73655875633	0.996888904215	-0.0703286944278	3.48269318866	-0.604818749863	1.43124972209	-0.0197983525181	0.200366975566	-0.131589389677	-0.11088876278	-0.0319514313328	0.11252476011	0.168000440994	-0.078407524621	0.0477607744798	0.0737693616059	-0.00573697370393	0.00554237762678	0.0910801618916	-0.0250588271113	0.104481446099	-53.5127834577	-15.9015122405	-15.182773124
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精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'B' and (resid 1 through 56 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 57 through 96 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 97 through 137 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 138 through 149 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 150 through 162 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 163 through 180 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 1 through 36 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 37 through 56 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 57 through 76 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 77 through 83 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 84 through 96 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'A' and (resid 97 through 111 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'A' and (resid 112 through 137 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'A' and (resid 138 through 149 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'A' and (resid 150 through 162 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'A' and (resid 163 through 172 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'A' and (resid 173 through 180 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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