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- PDB-7u6j: HalB with lysine and succinate -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7u6j
タイトルHalB with lysine and succinate
要素Halogenase B
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN
機能・相同性LYSINE / SUCCINIC ACID / ArpA protein
機能・相同性情報
生物種Streptomyces wuyuanensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Sumida, K.H. / Neugebauer, M.E. / Kissman, E.N. / Chang, M.C.Y.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2023
タイトル: Biocatalytic control of site-selectivity and chain length-selectivity in radical amino acid halogenases.
著者: Kissman, E.N. / Neugebauer, M.E. / Sumida, K.H. / Swenson, C.V. / Sambold, N.A. / Marchand, J.A. / Millar, D.C. / Chang, M.C.Y.
履歴
登録2022年3月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年3月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年3月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Halogenase B
B: Halogenase B
C: Halogenase B
D: Halogenase B
E: Halogenase B
F: Halogenase B
G: Halogenase B
H: Halogenase B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)231,18024
ポリマ－229,0588
非ポリマー2,12216
水42,1192338
1
A: Halogenase B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,8983
ポリマ－28,6321
非ポリマー2652
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Halogenase B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,8983
ポリマ－28,6321
非ポリマー2652
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Halogenase B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,8983
ポリマ－28,6321
非ポリマー2652
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Halogenase B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,8983
ポリマ－28,6321
非ポリマー2652
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Halogenase B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,8983
ポリマ－28,6321
非ポリマー2652
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Halogenase B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,8983
ポリマ－28,6321
非ポリマー2652
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
G: Halogenase B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,8983
ポリマ－28,6321
非ポリマー2652
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
H: Halogenase B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,8983
ポリマ－28,6321
非ポリマー2652
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)70.241, 136.079, 116.240
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 100.020, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Halogenase B


分子量: 28632.223 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces wuyuanensis (バクテリア)
遺伝子: SAMN05444921_127108 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A1H0BKU7
#2: 化合物
ChemComp-SIN / SUCCINIC ACID / コハク酸


分子量: 118.088 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O4
#3: 化合物
ChemComp-LYS / LYSINE / 2-アンモニオ-2-デアミノ-L-リシン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.195 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H15N2O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2338 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.3 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: Equal volumes of protein solution (SwHalB (3 mg/mL), lysine (3 mM), aKG (3 mM, pH 7)) and reservoir solution (succinate phosphate lysine (SPL) buffer (100 mM), 20% (w/v) PEG 1500, pH 5.5) were mixed

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データ収集

回折平均測定温度: 194 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.11 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→87.6 Å / Num. obs: 168084 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.9 % / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 8
反射 シェル解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 8185 / CC1/2: 0.449 / % possible all: 98.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSJan 26,2018データ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6NIE

6nie


解像度: 1.9→69.17 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.79 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2112 8336 4.96 %
Rwork0.1618 159698 -
obs0.1642 168034 99.57 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 83.64 Å2 / Biso mean: 28.043 Å2 / Biso min: 11.09 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→69.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15778 0 144 2338 18260
Biso mean--25.95 35.75 -
残基数----1978
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.9-1.920.33662850.28425208549399
1.92-1.940.33012830.28145290557399
1.94-1.970.2862740.25935241551599
1.97-1.990.27422860.24255264555099
1.99-2.020.27422860.23635274556099
2.02-2.050.29832850.22925274555999
2.05-2.080.29182730.22585329560299
2.08-2.110.27492530.21285271552499
2.11-2.140.26762520.20165327557999
2.14-2.170.25032950.19385292558799
2.17-2.210.25692930.18955308560199
2.21-2.250.23723220.18435244556699
2.25-2.30.24912760.17935287556399
2.3-2.340.2562820.172353535635100
2.34-2.390.22722710.176253245595100
2.39-2.450.25532710.170153075578100
2.45-2.510.23922870.17453665653100
2.51-2.580.24833030.172352575560100
2.58-2.650.21842620.158353435605100
2.65-2.740.20862780.155153345612100
2.74-2.840.22442620.160553955657100
2.84-2.950.23012860.162953125598100
2.95-3.090.21892470.165653815628100
3.09-3.250.19372580.153253925650100
3.25-3.450.19392630.147953375600100
3.45-3.720.18942990.144753685667100
3.72-4.090.17172540.128453865640100
4.09-4.690.15492650.110754155680100
4.69-5.90.15263010.129853655666100
5.9-69.170.15252840.141454545738100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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