PDB-7u5y: Crystal structure of ribulose-phosphate 3-epimerase from Pseudomo...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7u5y

タイトル

Crystal structure of ribulose-phosphate 3-epimerase from Pseudomonas aeruginosa

要素

Ribulose-phosphate 3-epimerase

リブロース-5-リン酸-3-エピメラーゼ

キーワード

ISOMERASE (異性化酵素) / SSGCID /

Ribulose-phosphate 3-epimerase (リブロース-5-リン酸-3-エピメラーゼ) /

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) /

Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

: /

リブロース-5-リン酸-3-エピメラーゼ / D-ribulose-phosphate 3-epimerase activity / pentose catabolic process / pentose-phosphate shunt, non-oxidative branch /

metal ion binding /

細胞質基質
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.55 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of ribulose-phosphate 3-epimerase from Pseudomonas aeruginosa
著者: Abendroth, J. / Davies, D.R. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E.

履歴

登録	2022年3月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年3月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7u5y.cif.gz	608.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7u5y.ent.gz	421.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7u5y.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u5/7u5y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u5/7u5y	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5umfS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3inp-2 3l0d-2 1rm4-2 1tqj-d 7c5k-d 7c5g-d 6iqv-d 3ney-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Ribulose-phosphate 3-epimerase

B: Ribulose-phosphate 3-epimerase

C: Ribulose-phosphate 3-epimerase

D: Ribulose-phosphate 3-epimerase

E: Ribulose-phosphate 3-epimerase

F: Ribulose-phosphate 3-epimerase

ヘテロ分子

151 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	99.010, 110.130, 126.760
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
d_1	ens_1	(chain "A" and (resid 1 through 20 or (resid 21...
d_2	ens_1	(chain "B" and (resid 1 through 163 or (resid 164...
d_3	ens_1	(chain "C" and (resid 1 through 20 or (resid 21...
d_4	ens_1	(chain "D" and (resid 1 through 20 or (resid 21...
d_5	ens_1	(chain "E" and (resid 1 through 20 or (resid 21...
d_6	ens_1	(chain "F" and (resid 1 through 20 or (resid 21...

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg label comp-ID	End label comp-ID	Label asym-ID	Label seq-ID
d_1	1	ens_1	MET	ALA	A	6 - 225
d_2	1	ens_1	MET	ALA	C	2 - 221
d_3	1	ens_1	MET	ALA	E	1 - 220
d_4	1	ens_1	MET	ALA	G	3 - 222
d_5	1	ens_1	MET	ALA	I	3 - 222
d_6	1	ens_1	MET	ALA	K	2 - 221

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.75863138371, 0.595534228445, 0.264229836319), (0.596812130119, 0.472539847658, 0.64847619364), (0.261330643043, 0.649649963539, -0.713905609924)	-76.3906272818, -4.14445005865, 79.4386734698
2	given	(-0.734817305243, -0.645191553056, 0.20921612696), (-0.634235741918, 0.54428731867, -0.549086822286), (0.240392494868, -0.536170844601, -0.809155284115)	-80.122772381, -6.56288787332, 75.8288240539
3	given	(0.19665678993, 0.669481654198, -0.716324243389), (-0.579426233475, -0.510009779579, -0.635732069896), (-0.790943327259, 0.540078086415, 0.287618347187)	-0.640919272277, -6.78124564165, -0.985942057698
4	given	(0.0386358034379, -0.0299227918266, 0.998805236882), (-0.018938642137, -0.999393931201, -0.0292078433551), (0.999073872407, -0.0177875464511, -0.039179084529)	-76.2412736776, -10.4873671111, 79.2066705791
5	given	(0.228834593225, -0.58810958086, -0.775733104776), (0.658510981187, -0.493364283054, 0.568291273787), (-0.716936549912, -0.640873470435, 0.274377802113)	-3.97374211263, -3.78166519447, -4.07368842642

#1: タンパク質	Ribulose-phosphate 3-epimerase / リブロース-5-リン酸-3-エピメラーゼ分子量: 25152.893 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌) 株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1 遺伝子: rpe, PA0607 / プラスミド: PsaeA.18161.a.B1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: Q9I5T1, リブロース-5-リン酸-3-エピメラーゼ
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 136 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.5 %
結晶化	温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: Rigaku Reagents MCSG1 screen optimized around condition B8 (170 mM ammonium acetate, 25.6% w/v PEG4000, 15% v/v glycerol, 85 mM Tris-HCl/NaOH, pH 8.5) + 15 mg/mL PsaeA.18161.a.B1.PW38947, ...詳細: Rigaku Reagents MCSG1 screen optimized around condition B8 (170 mM ammonium acetate, 25.6% w/v PEG4000, 15% v/v glycerol, 85 mM Tris-HCl/NaOH, pH 8.5) + 15 mg/mL PsaeA.18161.a.B1.PW38947, tray 323518 c9, direct cryoprotection, puck: mzv8-9

結晶

マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.5 %

結晶化

温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Rigaku Reagents MCSG1 screen optimized around condition B8 (170 mM ammonium acetate, 25.6% w/v PEG4000, 15% v/v glycerol, 85 mM Tris-HCl/NaOH, pH 8.5) + 15 mg/mL PsaeA.18161.a.B1.PW38947, ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2021年9月16日 / 詳細: Beryllium Lenses

放射

モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97872 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.55→50 Å / Num. obs: 45708 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.065 % / B_iso Wilson estimate: 62.073 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.066 / R_rim(I) all: 0.072 / Χ²: 0.928 / Net I/σ(I): 16.77

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.55-2.62	6.225	0.585	3.07	3331	0.867	0.639	99.9
2.62-2.69	6.2	0.511	3.53	3259	0.892	0.56	99.8
2.69-2.77	6.221	0.445	4.01	3172	0.927	0.487	99.9
2.77-2.85	6.249	0.327	5.28	3087	0.956	0.358	99.9
2.85-2.94	6.221	0.238	7.05	2978	0.977	0.26	99.8
2.94-3.05	6.224	0.187	8.85	2896	0.984	0.205	99.9
3.05-3.16	6.196	0.152	10.58	2795	0.988	0.166	99.5
3.16-3.29	6.184	0.11	13.87	2701	0.994	0.121	99.9
3.29-3.44	6.121	0.087	17.11	2593	0.997	0.095	99.8
3.44-3.61	6.065	0.074	20.38	2451	0.997	0.081	99.4
3.61-3.8	5.943	0.062	23.51	2361	0.997	0.068	99.6
3.8-4.03	5.924	0.055	26.09	2220	0.998	0.06	99.3
4.03-4.31	5.907	0.049	28.54	2115	0.998	0.054	99.5
4.31-4.66	5.873	0.045	31.87	1966	0.998	0.049	99.7
4.66-5.1	5.84	0.042	33.26	1820	0.998	0.046	99.7
5.1-5.7	5.865	0.041	33.89	1654	0.998	0.045	99.7
5.7-6.58	5.835	0.04	33.68	1477	0.998	0.043	99.8
6.58-8.06	5.741	0.036	35.72	1270	0.999	0.039	99.6
8.06-11.4	5.642	0.032	38.8	992	0.999	0.035	99.3
11.4-50	5.061	0.032	36.99	570	0.998	0.036	96

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	1.20.1	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
MoRDa		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 5UMF as per Morda

5umf

解像度: 2.55→48.03 Å / SU ML: 0.4053 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.7454
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2576	1985	4.34 %	0
R_work	0.2031	43710	-	-
obs	0.2054	45695	99.66 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 68.75 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.55→48.03 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9840	0	6	136	9982

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0045	10034
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.6984	13675
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0499	1616
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0057	1801
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.9148	3514

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
ens_1	d_2	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.402066034275
ens_1	d_3	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.345743489456
ens_1	d_4	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.397245127724
ens_1	d_5	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.38102535251
ens_1	d_6	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.373511239647

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.55-2.61	0.3616	144	0.326	3061	X-RAY DIFFRACTION	99.88
2.61-2.68	0.3984	146	0.3161	3090	X-RAY DIFFRACTION	99.75
2.68-2.76	0.4084	142	0.2985	3091	X-RAY DIFFRACTION	99.85
2.76-2.85	0.3001	160	0.2748	3062	X-RAY DIFFRACTION	99.85
2.85-2.95	0.3124	147	0.2691	3082	X-RAY DIFFRACTION	99.81
2.95-3.07	0.383	140	0.2713	3092	X-RAY DIFFRACTION	99.88
3.07-3.21	0.333	127	0.2839	3111	X-RAY DIFFRACTION	99.57
3.21-3.38	0.3205	158	0.2262	3076	X-RAY DIFFRACTION	99.75
3.38-3.59	0.2628	118	0.2159	3120	X-RAY DIFFRACTION	99.48
3.59-3.87	0.2454	139	0.1963	3120	X-RAY DIFFRACTION	99.48
3.87-4.26	0.1964	127	0.1725	3156	X-RAY DIFFRACTION	99.39
4.26-4.88	0.2021	149	0.1448	3146	X-RAY DIFFRACTION	99.64
4.88-6.14	0.1999	134	0.1649	3197	X-RAY DIFFRACTION	99.85
6.14-48.03	0.2339	154	0.1753	3306	X-RAY DIFFRACTION	99.17

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.37710294643	-1.40087304392	-2.20584501472	1.50614138599	0.374765714339	0.56424246473	0.0427147054032	0.171310872551	0.289387655345	-0.281909196631	0.0119961770325	-0.0373282312813	0.235312426656	0.119195658322	-0.0106848234144	0.821394392882	0.0747152045788	-0.102869098097	0.571499557292	0.0105312588705	0.328334823005	-45.4408631853	-4.3164417151	3.2628571628
2	2.05580511444	0.391519732249	-0.0678528650922	3.15686074945	-0.715536429093	3.77362320299	0.162375810009	0.262311054716	0.10582247728	-0.18775246053	0.0820708805588	0.312111364656	0.616778375458	-0.276127018845	-0.190625185795	0.485568185598	0.0614328838285	-0.107964388871	0.386198913422	-0.000580513309976	0.464805537663	-52.259658409	-4.01695826088	14.0518095062
3	2.63747812315	-0.0272538528541	0.0387092432874	2.06068306752	-0.920640977109	2.70143117811	0.101782140985	0.0966302907359	-0.394709306221	-0.32296773795	0.0617978165815	0.193273594554	0.523856701879	0.128428155429	-0.158081663084	0.650640932036	0.0321672058178	-0.143545727865	0.371901637641	-0.0553464547965	0.439312268573	-42.4209599547	-12.4964953031	17.2045078222
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精密化 TLSグループ

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33	33	chain 'F' and (resid 0 through 14 )	F	K	0 - 14	1 - 15
34	34	chain 'F' and (resid 15 through 38 )	F	K	15 - 38	16 - 39
35	35	chain 'F' and (resid 39 through 98 )	F	K	39 - 98	40 - 99
36	36	chain 'F' and (resid 99 through 126 )	F	K	99 - 126	100 - 127
37	37	chain 'F' and (resid 127 through 151 )	F	K	127 - 151	128 - 150
38	38	chain 'F' and (resid 152 through 191 )	F	K	152 - 191	151 - 190
39	39	chain 'F' and (resid 192 through 207 )	F	K	192 - 207	191 - 206
40	40	chain 'F' and (resid 208 through 222 )	F	K	208 - 222	207 - 221

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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