+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7u5b | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structure of Human KLK5 bound to anti-KLK5 Fab | ||||||
要素 |
| ||||||
キーワード | HYDROLASE/IMMUNE SYSTEM / Protease / Kallikrien / KLK5 / HYDROLASE / HYDROLASE-IMMUNE SYSTEM complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cornification / positive regulation of antibacterial peptide production / epidermal lamellar body / amelogenesis / positive regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / Formation of the cornified envelope / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / extracellular matrix disassembly / epidermis development / serine-type peptidase activity ...cornification / positive regulation of antibacterial peptide production / epidermal lamellar body / amelogenesis / positive regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / Formation of the cornified envelope / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / extracellular matrix disassembly / epidermis development / serine-type peptidase activity / secretory granule / peptidase activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / extracellular region / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.371 Å | ||||||
データ登録者 | Yin, J. / Sudhamsu, J. | ||||||
資金援助 | スイス, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: Sci Transl Med / 年: 2022 タイトル: Dual antibody inhibition of KLK5 and KLK7 for Netherton syndrome and atopic dermatitis. 著者: Chavarria-Smith, J. / Chiu, C.P.C. / Jackman, J.K. / Yin, J. / Zhang, J. / Hackney, J.A. / Lin, W.Y. / Tyagi, T. / Sun, Y. / Tao, J. / Dunlap, D. / Morton, W.D. / Ghodge, S.V. / Maun, H.R. / ...著者: Chavarria-Smith, J. / Chiu, C.P.C. / Jackman, J.K. / Yin, J. / Zhang, J. / Hackney, J.A. / Lin, W.Y. / Tyagi, T. / Sun, Y. / Tao, J. / Dunlap, D. / Morton, W.D. / Ghodge, S.V. / Maun, H.R. / Li, H. / Hernandez-Barry, H. / Loyet, K.M. / Chen, E. / Liu, J. / Tam, C. / Yaspan, B.L. / Cai, H. / Balazs, M. / Arron, J.R. / Li, J. / Wittwer, A.J. / Pappu, R. / Austin, C.D. / Lee, W.P. / Lazarus, R.A. / Sudhamsu, J. / Koerber, J.T. / Yi, T. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7u5b.cif.gz | 243.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb7u5b.ent.gz | 192.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7u5b.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7u5b_validation.pdf.gz | 496.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 7u5b_full_validation.pdf.gz | 530.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7u5b_validation.xml.gz | 45.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7u5b_validation.cif.gz | 62.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u5/7u5b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u5/7u5b | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 2psxS S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: 抗体 | 分子量: 23659.318 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) #2: 抗体 | 分子量: 23363.814 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) #3: タンパク質 | 分子量: 25192.920 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KLK5, SCTE, UNQ570/PRO1132 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) 参照: UniProt: Q9Y337, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ #4: 化合物 | ChemComp-SO4 / #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.48 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 15% PEG4K, 0.1 M MgSO4 and 0.1 M sodium citrate pH 5.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.9876 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年8月8日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9876 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.371→52.875 Å / Num. obs: 806688 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 9.3 % / Biso Wilson estimate: 56.31 Å2 / CC1/2: 0.995 / Net I/σ(I): 10.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.371→2.379 Å / 冗長度: 9.8 % / Num. unique obs: 2797 / CC1/2: 0.866 / % possible all: 97 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2PSX 解像度: 2.371→52.875 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 30.86 / 立体化学のターゲット値: ML
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 149.87 Å2 / Biso mean: 75.722 Å2 / Biso min: 32.12 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.371→52.875 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
|