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- PDB-7u5b: Structure of Human KLK5 bound to anti-KLK5 Fab -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7u5b
タイトルStructure of Human KLK5 bound to anti-KLK5 Fab
要素
  • Kallikrein-5
  • anti-KLK5 Fab Heavy Chain
  • anti-KLK5 Fab Light Chain
キーワードHYDROLASE/IMMUNE SYSTEM / Protease (プロテアーゼ) / Kallikrien / KLK5 / HYDROLASE (加水分解酵素) / HYDROLASE-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


ケラチン / positive regulation of antibacterial peptide production / epidermal lamellar body / amelogenesis / Formation of the cornified envelope / positive regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / extracellular matrix disassembly / epidermis development / serine-type peptidase activity ...ケラチン / positive regulation of antibacterial peptide production / epidermal lamellar body / amelogenesis / Formation of the cornified envelope / positive regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / extracellular matrix disassembly / epidermis development / serine-type peptidase activity / 分泌 / peptidase activity / serine-type endopeptidase activity / タンパク質分解 / extracellular space / extracellular region / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / トリプシン / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種synthetic construct (人工物)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.371 Å
データ登録者Yin, J. / Sudhamsu, J.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
F. Hoffmann-La Roche LTD スイス
引用ジャーナル: Sci Transl Med / 年: 2022
タイトル: Dual antibody inhibition of KLK5 and KLK7 for Netherton syndrome and atopic dermatitis.
著者: Chavarria-Smith, J. / Chiu, C.P.C. / Jackman, J.K. / Yin, J. / Zhang, J. / Hackney, J.A. / Lin, W.Y. / Tyagi, T. / Sun, Y. / Tao, J. / Dunlap, D. / Morton, W.D. / Ghodge, S.V. / Maun, H.R. / ...著者: Chavarria-Smith, J. / Chiu, C.P.C. / Jackman, J.K. / Yin, J. / Zhang, J. / Hackney, J.A. / Lin, W.Y. / Tyagi, T. / Sun, Y. / Tao, J. / Dunlap, D. / Morton, W.D. / Ghodge, S.V. / Maun, H.R. / Li, H. / Hernandez-Barry, H. / Loyet, K.M. / Chen, E. / Liu, J. / Tam, C. / Yaspan, B.L. / Cai, H. / Balazs, M. / Arron, J.R. / Li, J. / Wittwer, A.J. / Pappu, R. / Austin, C.D. / Lee, W.P. / Lazarus, R.A. / Sudhamsu, J. / Koerber, J.T. / Yi, T.
履歴
登録2022年3月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年12月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年1月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: anti-KLK5 Fab Heavy Chain
B: anti-KLK5 Fab Light Chain
H: anti-KLK5 Fab Heavy Chain
J: Kallikrein-5
L: anti-KLK5 Fab Light Chain
I: Kallikrein-5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)145,87321
ポリマ－144,4326
非ポリマー1,44115
水2,198122
1
A: anti-KLK5 Fab Heavy Chain
B: anti-KLK5 Fab Light Chain
J: Kallikrein-5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,88810
ポリマ－72,2163
非ポリマー6727
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
H: anti-KLK5 Fab Heavy Chain
L: anti-KLK5 Fab Light Chain
I: Kallikrein-5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,98511
ポリマ－72,2163
非ポリマー7698
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)83.686, 283.624, 295.575
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number22
Space group name H-MF222

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要素

#1: 抗体 anti-KLK5 Fab Heavy Chain


分子量: 23659.318 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#2: 抗体 anti-KLK5 Fab Light Chain


分子量: 23363.814 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#3: タンパク質 Kallikrein-5 / / Kallikrein-like protein 2 / KLK-L2 / Stratum corneum tryptic enzyme


分子量: 25192.920 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KLK5, SCTE, UNQ570/PRO1132 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
参照: UniProt: Q9Y337, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 122 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.48 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 15% PEG4K, 0.1 M MgSO4 and 0.1 M sodium citrate pH 5.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.9876 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年8月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9876 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.371→52.875 Å / Num. obs: 806688 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 9.3 % / Biso Wilson estimate: 56.31 Å2 / CC1/2: 0.995 / Net I/σ(I): 10.4
反射 シェル解像度: 2.371→2.379 Å / 冗長度: 9.8 % / Num. unique obs: 2797 / CC1/2: 0.866 / % possible all: 97

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12-2829_final精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2PSX

2psx


解像度: 2.371→52.875 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 30.86 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2704 3498 4.96 %
Rwork0.2216 66989 -
obs0.224 70487 98.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 149.87 Å2 / Biso mean: 75.722 Å2 / Biso min: 32.12 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.371→52.875 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8904 0 75 122 9101
Biso mean--108.22 59.84 -
残基数----1174
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.019213
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2212521
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0651402
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071581
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.2526520
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.3711-2.40360.36531470.3167265099
2.4036-2.43790.33821450.30142669100
2.4379-2.47430.34791420.2787262099
2.4743-2.5130.27741210.2675268799
2.513-2.55420.31161050.2664269499
2.5542-2.59820.29991290.2638268799
2.5982-2.64550.35841300.2719266399
2.6455-2.69630.29251470.2537267499
2.6963-2.75140.33921210.2416265599
2.7514-2.81120.25391340.2369267599
2.8112-2.87660.28391560.24112669100
2.8766-2.94850.31381550.24352652100
2.9485-3.02820.26921340.2432267299
3.0282-3.11730.29251450.2484265398
3.1173-3.21790.33321370.2451250393
3.2179-3.33290.26321450.24432678100
3.3329-3.46640.29211350.23712712100
3.4664-3.62410.27461350.23232710100
3.6241-3.81510.28351420.23252726100
3.8151-4.0540.29461450.22032689100
4.054-4.36690.24341590.18692707100
4.3669-4.80610.25981470.17842731100
4.8061-5.50090.22251600.18942724100
5.5009-6.92820.26731600.2179260495
6.9282-52.8750.22111220.2114288599

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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