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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7u4e | ||||||||||||
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タイトル | Neuraminidase from influenza virus A/Bilthoven/17938/1969(H3N2) | ||||||||||||
要素 | Neuraminidaseノイラミニダーゼ | ||||||||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / Hydrolase (加水分解酵素) / neuraminidase (ノイラミニダーゼ) / influenza (インフルエンザ) | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 exo-alpha-(2->3)-sialidase activity / exo-alpha-(2->6)-sialidase activity / exo-alpha-(2->8)-sialidase activity / ノイラミニダーゼ / viral budding from plasma membrane / membrane => GO:0016020 / carbohydrate metabolic process / host cell plasma membrane / virion membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.54 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Lei, R. / Hernandez Garcia, A. | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022 タイトル: Prevalence and mechanisms of evolutionary contingency in human influenza H3N2 neuraminidase. 著者: Lei, R. / Tan, T.J.C. / Hernandez Garcia, A. / Wang, Y. / Diefenbacher, M. / Teo, C. / Gopan, G. / Tavakoli Dargani, Z. / Teo, Q.W. / Graham, C.S. / Brooke, C.B. / Nair, S.K. / Wu, N.C. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7u4e.cif.gz | 366.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7u4e.ent.gz | 292.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7u4e.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u4/7u4e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u4/7u4e | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 7u4fC 7u4gC 2aepS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 52302.812 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Influenza A virus (A/Bilthoven/17938/1969(H3N2)) (A型インフルエンザウイルス) 株: A/Bilthoven/17938/1969(H3N2) / 遺伝子: NA / 発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス) / 参照: UniProt: H9XI12, ノイラミニダーゼ |
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-糖 , 2種, 8分子
#2: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #4: 糖 | ChemComp-NAG / |
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-非ポリマー , 3種, 2012分子
#3: 化合物 | ChemComp-EPE / #5: 化合物 | ChemComp-CA / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.57 % |
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結晶化 | 温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 10% PEG-6000, 5% MPD, 0.1 M HEPES pH 6.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.9787 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2021年11月20日 |
放射 | モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9787 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.54→46.049 Å / Num. obs: 322550 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.5 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.104 / Rrim(I) all: 0.111 / Net I/σ(I): 12.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.54→1.563 Å / Rmerge(I) obs: 0.989 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 322494 / CC1/2: 0.778 / Rrim(I) all: 1.064 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2AEP 解像度: 1.54→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / SU B: 1.223 / SU ML: 0.043 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.063 / ESU R Free: 0.062 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 79.84 Å2 / Biso mean: 17.195 Å2 / Biso min: 9.51 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.54→25 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.54→1.58 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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