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- PDB-7u3b: Structure of S. venezuelae GlgX bound to c-di-GMP and acarbose (p... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7u3b
タイトルStructure of S. venezuelae GlgX bound to c-di-GMP and acarbose (pH 8.5)
要素Glycogen debranching enzyme GlgX
キーワードHYDROLASE / GlgX / glycogen / acarbose / c-di-GMP / Streptomyces
機能・相同性
機能・相同性情報


: / glycogen catabolic process / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Glycogen debranching enzyme, GlgX type / Glycogen debranching enzyme GlgX/isoamylase, N-terminal Early set domain / Glycoside hydrolase, family 13, N-terminal / Carbohydrate-binding module 48 (Isoamylase N-terminal domain) / Alpha amylase, catalytic domain / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain / Glycosyl hydrolase, all-beta / Immunoglobulin E-set / Glycoside hydrolase superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-A16 / Chem-C2E / PHOSPHATE ION / Glycogen debranching enzyme GlgX
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces venezuelae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Schumacher, M.A. / Tschowri, N.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM130290 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Allosteric regulation of glycogen breakdown by the second messenger cyclic di-GMP.
著者: Schumacher, M.A. / Wormann, M.E. / Henderson, M. / Salinas, R. / Latoscha, A. / Al-Bassam, M.M. / Singh, K.S. / Barclay, E. / Gunka, K. / Tschowri, N.
履歴
登録2022年2月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年10月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年10月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年12月25日Group: Advisory / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms ...pdbx_entry_details / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_conn
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Glycogen debranching enzyme GlgX
D: Glycogen debranching enzyme GlgX
E: Glycogen debranching enzyme GlgX
F: Glycogen debranching enzyme GlgX
G: Glycogen debranching enzyme GlgX
H: Glycogen debranching enzyme GlgX
I: Glycogen debranching enzyme GlgX
J: Glycogen debranching enzyme GlgX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)651,12528
ポリマ－641,3388
非ポリマー9,78720
水36020
1
C: Glycogen debranching enzyme GlgX
H: Glycogen debranching enzyme GlgX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)162,7817
ポリマ－160,3342
非ポリマー2,4475
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5580 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area48600 Å2
手法PISA
2
D: Glycogen debranching enzyme GlgX
F: Glycogen debranching enzyme GlgX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)162,8768
ポリマ－160,3342
非ポリマー2,5426
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5740 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area48320 Å2
手法PISA
3
E: Glycogen debranching enzyme GlgX
I: Glycogen debranching enzyme GlgX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)162,7817
ポリマ－160,3342
非ポリマー2,4475
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5770 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area48260 Å2
手法PISA
4
G: Glycogen debranching enzyme GlgX
J: Glycogen debranching enzyme GlgX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)162,6866
ポリマ－160,3342
非ポリマー2,3524
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5500 Å2
ΔGint3 kcal/mol
Surface area47840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)109.839, 185.588, 184.671
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.080, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Glycogen debranching enzyme GlgX


分子量: 80167.234 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces venezuelae (バクテリア)
遺伝子: glgX, DEJ46_08920 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A5P2ALW6
#2: 化合物
ChemComp-A16 / 4-O-(4,6-dideoxy-4-{[(1S,2S,3S,4R,5S)-2,3,4-trihydroxy-5-(hydroxymethyl)cyclohexyl]amino}-alpha-D-glucopyranosyl)-beta-D-glucopyranose


分子量: 485.480 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H35NO13 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-C2E / 9,9'-[(2R,3R,3aS,5S,7aR,9R,10R,10aS,12S,14aR)-3,5,10,12-tetrahydroxy-5,12-dioxidooctahydro-2H,7H-difuro[3,2-d:3',2'-j][1,3,7,9,2,8]tetraoxadiphosphacyclododecine-2,9-diyl]bis(2-amino-1,9-dihydro-6H-purin-6-one) / c-di-GMP / Cyclic diguanosine monophosphate / c-di-GMP


分子量: 690.411 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H24N10O14P2
#4: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.67 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 50% MPD, 0.1 M Tris pH 8.5 and 200 mM ammonium phosphate monobasic

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年1月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.6→48.5 Å / Num. obs: 83324 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 1.7 % / CC1/2: 0.923 / Rpim(I) all: 0.17 / Rsym value: 0.199 / Net I/σ(I): 5.5
反射 シェル解像度: 3.6→3.78 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 5752 / CC1/2: 0.667 / Rpim(I) all: 0.517 / Rsym value: 0.78

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7U3A

7u3a


解像度: 3.6→48.5 Å / SU ML: 0.5 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 30.67 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3075 2000 2.4 %
Rwork0.2366 81324 -
obs0.2383 83324 98.22 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 216.7 Å2 / Biso mean: 46.8686 Å2 / Biso min: 0.12 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.6→48.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数44293 0 644 20 44957
Biso mean--70.45 15.05 -
残基数----5559
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.6-3.690.39511410.28275752589398
3.69-3.790.32441440.2665833597799
3.79-3.90.33021420.25465777591999
3.9-4.030.331440.24915865600999
4.03-4.170.31711420.23265763590599
4.17-4.340.29671420.22435789593199
4.34-4.540.30011440.2215834597899
4.54-4.770.28241430.22175848599199
4.77-5.070.26141430.21685812595599
5.07-5.460.28781440.22995832597698
5.46-6.010.33691420.24875775591798
6.01-6.880.32791430.24655839598298
6.88-8.660.28961430.23985782592598
8.66-48.50.27061430.21075823596697

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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