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Yorodumi- PDB-7u2s: Structure of Paenibacillus xerothermodurans Apyc1 in the apo state -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7u2s | ||||||
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Title | Structure of Paenibacillus xerothermodurans Apyc1 in the apo state | ||||||
Components | Apyc1 | ||||||
Keywords | HYDROLASE / Anti-Pycsar / Nuclease / Immune evasion | ||||||
Function / homology | Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Ribonuclease Z Function and homology information | ||||||
Biological species | Paenibacillus xerothermodurans (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.55 Å | ||||||
Authors | Hobbs, S.J. / Wein, T. / Lu, A. / Morehouse, B.R. / Schnabel, J. / Sorek, R. / Kranzusch, P.J. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Nature / Year: 2022 Title: Phage anti-CBASS and anti-Pycsar nucleases subvert bacterial immunity. Authors: Hobbs, S.J. / Wein, T. / Lu, A. / Morehouse, B.R. / Schnabel, J. / Leavitt, A. / Yirmiya, E. / Sorek, R. / Kranzusch, P.J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7u2s.cif.gz | 266 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7u2s.ent.gz | 175.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7u2s.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7u2s_validation.pdf.gz | 429.5 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 7u2s_full_validation.pdf.gz | 431.2 KB | Display | |
Data in XML | 7u2s_validation.xml.gz | 26.5 KB | Display | |
Data in CIF | 7u2s_validation.cif.gz | 40.9 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u2/7u2s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u2/7u2s | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 7t26C 7t27C 7t28C 7u2rSC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 27819.924 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Paenibacillus xerothermodurans (bacteria) Gene: CBW46_002070 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: A0A2W1NDJ7 #2: Chemical | ChemComp-ZN / #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.34 Å3/Da / Density % sol: 47.53 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 0.1 M HEPES-KOH 7.5, 0.2 M Calcium Acetate, 10% PEG-8,000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 80 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 24-ID-C / Wavelength: 0.97918 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER2 X 16M / Detector: PIXEL / Date: Feb 11, 2022 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97918 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.55→38.64 Å / Num. obs: 74391 / % possible obs: 99.5 % / Redundancy: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 10.71 Å2 / Rpim(I) all: 0.078 / Net I/σ(I): 5.4 |
Reflection shell | Resolution: 1.55→1.58 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 3615 / Rpim(I) all: 0.297 / % possible all: 97.6 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 7U2R Resolution: 1.55→38.64 Å / SU ML: 0.1316 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 18.2917 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 15.53 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.55→38.64 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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