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- PDB-7t28: Structure of phage Bsp38 anti-Pycsar nuclease Apyc1 in apo state -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7t28
タイトルStructure of phage Bsp38 anti-Pycsar nuclease Apyc1 in apo state
要素Putative metal-dependent hydrolase
キーワードVIRAL PROTEIN / Anti-Pycsar / Nuclease / Immune evasion
機能・相同性
機能・相同性情報


3'-tRNA processing endoribonuclease activity / : / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Metallo-beta-lactamase superfamily / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase; Chain A / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Anti-Pycsar protein Apyc1
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus phage BSP38 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.68 Å
データ登録者Hobbs, S.J. / Wein, T. / Lu, A. / Morehouse, B.R. / Schnabel, J. / Sorek, R. / Kranzusch, P.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1DP2GM146250-01 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2022
タイトル: Phage anti-CBASS and anti-Pycsar nucleases subvert bacterial immunity.
著者: Hobbs, S.J. / Wein, T. / Lu, A. / Morehouse, B.R. / Schnabel, J. / Leavitt, A. / Yirmiya, E. / Sorek, R. / Kranzusch, P.J.
履歴
登録2021年12月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年4月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年6月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.32024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative metal-dependent hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,3013
ポリマ－29,1701
非ポリマー1312
水64936
1
A: Putative metal-dependent hydrolase
ヘテロ分子

A: Putative metal-dependent hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,6016
ポリマ－58,3392
非ポリマー2624
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_554x-y,-y,-z-2/31
Buried area2470 Å2
ΔGint-170 kcal/mol
Surface area22040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.485, 82.485, 76.098
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Space group name HallP322"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+2/3
#3: -x+y,-x,z+1/3
#4: x-y,-y,-z+1/3
#5: -x,-x+y,-z+2/3
#6: y,x,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-434-

HOH

21A-435-

HOH

31A-436-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Putative metal-dependent hydrolase


分子量: 29169.730 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus phage BSP38 (ファージ) / 遺伝子: BSP38_126 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A345MJY6
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.99 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M Tris-HCl pH 7.5, 30% PEG-4000

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.68→38.42 Å / Num. obs: 8581 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.3 % / Biso Wilson estimate: 76.17 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rpim(I) all: 0.071 / Net I/σ(I): 5.9
反射 シェル解像度: 2.7→2.83 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 1129 / CC1/2: 0.883 / Rpim(I) all: 0.732

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Alphafold2

解像度: 2.68→36.26 Å / SU ML: 0.5493 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 44.5205
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3197 850 9.91 %
Rwork0.3001 7731 -
obs0.3021 8581 98.18 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 107.29 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.68→36.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1896 0 2 36 1934
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00171937
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.48382618
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0393289
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0029334
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.5717684
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.68-2.840.40951290.39591167X-RAY DIFFRACTION90.88
2.85-3.060.46251400.39041279X-RAY DIFFRACTION99.02
3.07-3.370.41531410.37151293X-RAY DIFFRACTION99.51
3.37-3.860.32351480.32761299X-RAY DIFFRACTION99.86
3.86-4.860.24961420.27171307X-RAY DIFFRACTION99.66
4.86-36.260.31081500.26851386X-RAY DIFFRACTION99.93

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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