PDB-7u2r: Structure of Paenibacillus sp. J14 Apyc1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7u2r

タイトル

Structure of Paenibacillus sp. J14 Apyc1

要素

Apyc1

キーワード

HYDROLASE / Anti-Pycsar / Nuclease / Immune evasion

機能・相同性

Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Metallo-beta-lactamase domain protein

機能・相同性情報

生物種

Paenibacillus sp. J14 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Hobbs, S.J. / Wein, T. / Lu, A. / Morehouse, B.R. / Schnabel, J. / Sorek, R. / Kranzusch, P.J.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2022
タイトル: Phage anti-CBASS and anti-Pycsar nucleases subvert bacterial immunity.
著者: Hobbs, S.J. / Wein, T. / Lu, A. / Morehouse, B.R. / Schnabel, J. / Leavitt, A. / Yirmiya, E. / Sorek, R. / Kranzusch, P.J.

履歴

登録	2022年2月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年4月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年6月1日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7u2r.cif.gz	136 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7u2r.ent.gz	93.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7u2r.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7u2r_validation.pdf.gz	421.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7u2r_full_validation.pdf.gz	423.1 KB	表示
XML形式データ	7u2r_validation.xml.gz	13.1 KB	表示
CIF形式データ	7u2r_validation.cif.gz	18.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u2/7u2r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u2/7u2r	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7t26C 7t27C 7t28C 7u2sC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (3) #105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Apyc1

ヘテロ分子

28 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Apyc1

ヘテロ分子

A: Apyc1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
55.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	102.868, 102.868, 147.619
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22
Space group name Hall	P6₁2(x,y,z+5/12)
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x-y,x,z+1/6 #3: y,-x+y,z+5/6 #4: -y,x-y,z+1/3 #5: -x+y,-x,z+2/3 #6: x-y,-y,-z #7: -x,-x+y,-z+2/3 #8: -x,-y,z+1/2 #9: y,x,-z+1/3 #10: -y,-x,-z+5/6 #11: -x+y,y,-z+1/2 #12: x,x-y,-z+1/6

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-546- HOH

#1: タンパク質	Apyc1 分子量: 27830.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Paenibacillus sp. J14 (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C6J7N0
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 211 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
配列の詳細	The sequence conflict is due to strain variation. The correct sequence can be found in GB entry WP_ ...The sequence conflict is due to strain variation. The correct sequence can be found in GB entry WP_028539944.1.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 69.64 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Tric-HCl pH 8.5, 0.2 M MgCl2, 16% PEG-4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→38.14 Å / Num. obs: 39926 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 11.3 % / B_iso Wilson estimate: 33.15 Å² / R_pim(I) all: 0.038 / Net I/σ(I): 12.1
反射シェル	解像度: 1.85→1.89 Å / 冗長度: 11.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 2401 / R_pim(I) all: 0.666 / % possible all: 99.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
AutoSol		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.85→38.14 Å / SU ML: 0.2135 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.1429
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1998	2000	5.02 %
R_work	0.1766	37868	-
obs	0.1778	39868	99.71 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 45.32 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→38.14 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1937	0	2	211	2150

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0118	1977
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.1771	2675
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0734	302
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0111	346
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.211	737

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.85-1.9	0.3205	138	0.2949	2611	X-RAY DIFFRACTION	98.39
1.9-1.95	0.3364	140	0.2692	2644	X-RAY DIFFRACTION	99.5
1.95-2.01	0.2516	139	0.2581	2646	X-RAY DIFFRACTION	99.61
2.01-2.07	0.2455	141	0.2228	2658	X-RAY DIFFRACTION	99.61
2.07-2.14	0.2318	141	0.1945	2681	X-RAY DIFFRACTION	99.65
2.14-2.23	0.2331	140	0.2058	2658	X-RAY DIFFRACTION	99.79
2.23-2.33	0.2283	141	0.1942	2663	X-RAY DIFFRACTION	99.79
2.33-2.45	0.2257	142	0.1972	2684	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.45-2.61	0.2212	143	0.1885	2696	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.61-2.81	0.1994	143	0.1831	2707	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.81-3.09	0.2009	143	0.182	2727	X-RAY DIFFRACTION	100
3.09-3.54	0.198	145	0.1748	2743	X-RAY DIFFRACTION	100
3.54-4.46	0.1719	148	0.1396	2792	X-RAY DIFFRACTION	99.97
4.46-38.14	0.167	156	0.1576	2958	X-RAY DIFFRACTION	99.81

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.7505890698	-0.528647036724	0.83196299515	1.32131215616	-0.166134456875	1.92493711896	0.318318956986	0.175595765964	-0.27326286327	-0.251058460948	-0.0152136154537	0.186665641613	0.501547654354	-0.0497022255833	-0.155337052464	0.388222160519	-0.00642108957562	-0.0732263779519	0.225263649197	-0.028902328739	0.281169322488	35.0395134518	55.1354993972	87.3392214067
2	1.10881838659	-0.509161593443	0.323132958334	1.96565424591	-0.118851193459	2.45310066525	0.791800566761	0.698946799913	-1.13116013643	-0.543015702641	0.0147632244614	0.556672875533	1.21376264621	-0.251992670776	1.37475737374	0.80248344226	0.0655937072335	-0.35073837466	0.199057773788	-0.314926100701	0.416036315918	35.2386052043	44.6110612404	83.9445819589
3	0.463984087358	0.909952895399	0.663414656299	2.02754186718	1.49113503567	1.12894892162	0.830722415439	0.560266827194	-1.10850910802	-0.196842232079	-0.0090588606635	-0.256412542894	1.13561305142	0.596388626283	0.702198210371	0.745526274188	0.394046103522	-0.207266359136	0.56424452414	-0.351331547898	0.513994952567	53.8236081072	43.2202172766	89.2209499328
4	1.090111459	0.318419157808	0.210586116349	1.6556776225	0.688273569348	0.339263719613	0.295169004265	0.52130255783	-0.105642657589	-0.0981434721237	0.0465023849795	-0.403110463138	0.423311206195	0.743525357165	-0.2568731781	0.423683668109	0.173041571117	-0.00962001525403	0.529373367088	-0.10151157233	0.342196912056	57.006086185	54.3685599628	90.9761795719

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 2 through 99 )	2 - 99	1 - 98
2	2	chain 'A' and (resid 100 through 162 )	100 - 162	99 - 161
3	3	chain 'A' and (resid 163 through 200 )	163 - 200	162 - 199
4	4	chain 'A' and (resid 201 through 245 )	201 - 245	200 - 244

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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