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- PDB-7u1z: Crystal structure of the DRBD and CROPs of TcdA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7u1z
タイトルCrystal structure of the DRBD and CROPs of TcdA
要素Toxin A
キーワードTOXIN / TcdA / Toxin A
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell cytosol / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの / glycosyltransferase activity / cysteine-type peptidase activity / host cell endosome membrane / toxin activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / lipid binding / host cell plasma membrane / proteolysis ...host cell cytosol / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの / glycosyltransferase activity / cysteine-type peptidase activity / host cell endosome membrane / toxin activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / lipid binding / host cell plasma membrane / proteolysis / extracellular region / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Cholin Binding / left handed beta-beta-3-solenoid / TcdA/TcdB toxin, N-terminal helical domain / TcdB toxin N-terminal helical domain / TcdA/TcdB toxin, catalytic glycosyltransferase domain / TcdA/TcdB catalytic glycosyltransferase domain / TcdA/TcdB toxin, pore forming domain / TcdA/TcdB pore forming domain / CGT/MARTX, cysteine protease (CPD) domain / CGT/MARTX, cysteine protease (CPD) domain superfamily ...Cholin Binding / left handed beta-beta-3-solenoid / TcdA/TcdB toxin, N-terminal helical domain / TcdB toxin N-terminal helical domain / TcdA/TcdB toxin, catalytic glycosyltransferase domain / TcdA/TcdB catalytic glycosyltransferase domain / TcdA/TcdB toxin, pore forming domain / TcdA/TcdB pore forming domain / CGT/MARTX, cysteine protease (CPD) domain / CGT/MARTX, cysteine protease (CPD) domain superfamily / Peptidase C80 family / CGT/MARTX cysteine protease (CPD) domain profile. / Choline-binding repeat / Putative cell wall binding repeat / Cell wall/choline-binding repeat / Cell wall-binding repeat profile. / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / Ribbon / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Clostridioides difficile (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.18 Å
データ登録者Baohua, C. / Peng, C. / Kay, P. / Rongsheng, J.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI125704 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R21AI156092 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R21AI163178 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P30 GM124165 米国
引用ジャーナル: Life Sci Alliance / 年: 2022
タイトル: Structure and conformational dynamics of Clostridioides difficile toxin A.
著者: Chen, B. / Basak, S. / Chen, P. / Zhang, C. / Perry, K. / Tian, S. / Yu, C. / Dong, M. / Huang, L. / Bowen, M.E. / Jin, R.
履歴
登録2022年2月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年3月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22022年3月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Toxin A
A: Toxin A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)375,33338
ポリマ－371,8752
非ポリマー3,45836
水00
1
B: Toxin A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)187,85921
ポリマ－185,9371
非ポリマー1,92120
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Toxin A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)187,47417
ポリマ－185,9371
非ポリマー1,53716
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)379.507, 187.641, 95.324
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.297, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

-
要素

#1: タンパク質 Toxin A


分子量: 185937.297 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 843-2481 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridioides difficile (バクテリア)
遺伝子: tcdA, toxA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P16154, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ
#2: 化合物...
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.9 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Bis-Tris pH 6.3, 0.6 M lithium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年8月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.18→186.1 Å / Num. obs: 108739 / % possible obs: 99.07 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 59.58 Å2 / CC1/2: 0.944 / Rmerge(I) obs: 0.283 / Net I/σ(I): 4.43
反射 シェル解像度: 3.18→3.29 Å / Rmerge(I) obs: 1.14 / Num. unique obs: 10768 / CC1/2: 0.38

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
PHENIX1.19.2_4158精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4r04, 4NP4, 2G7C

4r04

4np4

2g7c


解像度: 3.18→186.08 Å / SU ML: 0.4393 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.6077
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2544 5513 5.07 %
Rwork0.2066 103226 -
obs0.2091 108739 98.83 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 53.43 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.18→186.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数25441 0 180 0 25621
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.010626162
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.212235584
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07313930
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00814564
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.73873480
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.18-3.210.38811710.33013083X-RAY DIFFRACTION90.46
3.21-3.250.35411920.31733418X-RAY DIFFRACTION98.99
3.25-3.290.32951630.28733515X-RAY DIFFRACTION99.14
3.29-3.330.34021840.27693404X-RAY DIFFRACTION99.58
3.33-3.380.29721740.27223457X-RAY DIFFRACTION99.1
3.38-3.420.32471730.27733456X-RAY DIFFRACTION98.21
3.42-3.470.30851930.25683298X-RAY DIFFRACTION96.65
3.47-3.520.31711640.25853479X-RAY DIFFRACTION98.7
3.52-3.580.32871690.25083430X-RAY DIFFRACTION99.47
3.58-3.640.30061940.243465X-RAY DIFFRACTION99.84
3.64-3.70.30311620.23453501X-RAY DIFFRACTION99.57
3.7-3.770.26892030.21743454X-RAY DIFFRACTION99.78
3.77-3.840.25761770.21233459X-RAY DIFFRACTION99.84
3.84-3.920.26661760.21023469X-RAY DIFFRACTION99.78
3.92-40.25831740.19993469X-RAY DIFFRACTION99.73
4-4.10.24081800.19143462X-RAY DIFFRACTION99.43
4.1-4.20.22661970.18193428X-RAY DIFFRACTION99.12
4.2-4.310.21042130.17023459X-RAY DIFFRACTION99.27
4.31-4.440.22132130.16353374X-RAY DIFFRACTION98.95
4.44-4.580.22571970.15793385X-RAY DIFFRACTION96.65
4.58-4.750.19371890.15773454X-RAY DIFFRACTION99.64
4.75-4.940.21332040.16263459X-RAY DIFFRACTION99.84
4.94-5.160.22482120.173451X-RAY DIFFRACTION99.75
5.16-5.430.22181720.18423468X-RAY DIFFRACTION99.37
5.43-5.770.21861670.1913476X-RAY DIFFRACTION99.56
5.77-6.220.30281710.22113503X-RAY DIFFRACTION99.16
6.22-6.850.2821750.22973436X-RAY DIFFRACTION97.62
6.85-7.840.27491930.2263481X-RAY DIFFRACTION99.86
7.84-9.870.211710.17353526X-RAY DIFFRACTION99.84
9.87-186.080.20931900.17983507X-RAY DIFFRACTION97.96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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