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万見
- PDB-7u1c: Structure of EstG crystalized with SO4 and Tris -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7u1c
タイトルStructure of EstG crystalized with SO4 and Tris
要素Beta-lactamase domain-containing protein
キーワードHYDROLASE / CCNA_01638 / alpha/beta fold / EstG / beta-lactamase binding protein
機能・相同性: / Beta-lactamase-related / Beta-lactamase / Beta-lactamase/transpeptidase-like / Beta-lactamase-related domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Caulobacter vibrioides (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.09 Å
データ登録者Gabelli, S.B. / Chen, Z.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: Curr.Biol. / 年: 2023
タイトル: EstG is a novel esterase required for cell envelope integrity in Caulobacter.
著者: Daitch, A.K. / Orsburn, B.C. / Chen, Z. / Alvarez, L. / Eberhard, C.D. / Sundararajan, K. / Zeinert, R. / Kreitler, D.F. / Jakoncic, J. / Chien, P. / Cava, F. / Gabelli, S.B. / Goley, E.D.
履歴
登録2022年2月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年2月8日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,1644
ポリマ－49,9221
非ポリマー2413
水5,152286
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)111.253, 111.253, 56.872
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number76
Space group name H-MP41

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要素

#1: タンパク質 Beta-lactamase domain-containing protein


分子量: 49922.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caulobacter vibrioides (バクテリア)
株: ATCC 19089 / CB15 / 遺伝子: CC_1567 / プラスミド: pEG1622 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta DE3 pLYS / 参照: UniProt: Q9A800
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 286 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.11 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 20% PEG500 MME, 10% PEG20000, 0.1 M Tris/Bicine pH 8.5 and 90 mM mixture of sodium nitrate, sodium phosphate dibasic and ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 277 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.92012 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92012 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.09→28.44 Å / Num. obs: 41361 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 7 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Rpim(I) all: 0.037 / Rrim(I) all: 0.099 / Net I/σ(I): 12.4 / Num. measured all: 288425 / Scaling rejects: 24
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.09-2.146.80.8291959629000.7670.3390.8972.690.3
9.1-28.446.70.04935755350.9970.020.05330.897

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
Aimless0.7.4データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1ci8

1ci8


解像度: 2.09→27.83 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 3.565 / SU ML: 0.093 / SU R Cruickshank DPI: 0.1318 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.132 / ESU R Free: 0.131 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2098 2092 5.1 %RANDOM
Rwork0.1717 ---
obs0.1736 39246 99.18 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 155.73 Å2 / Biso mean: 43.569 Å2 / Biso min: 23.85 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.83 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.83 Å20 Å2
3---1.66 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.09→27.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3017 0 14 286 3317
Biso mean--37.35 57.11 -
残基数----401
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0133107
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0172979
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9181.6454222
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.381.5756851
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1175400
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.56421.2150
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.30315487
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg24.3411524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.2389
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.023542
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02702
LS精密化 シェル解像度: 2.09→2.141 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.266 170 -
Rwork0.243 2541 -
obs--89.59 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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