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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7u0d | ||||||
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タイトル | Local refinement of cryo-EM structure of the interface of the Omicron RBD in complex with antibodies B-182.1 and A19-46.1 | ||||||
要素 |
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キーワード | Vral Protein/IMMUNE SYSTEM / antibody / SARS-CoV-2 / Omicron / B.1.1.529 / Receptor binding domain / IMMUNE SYSTEM / Vral Protein-IMMUNE SYSTEM complex | ||||||
機能・相同性 | Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Surface glycoprotein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.8 Å | ||||||
データ登録者 | Zhou, T. / kwong, P.D. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Science / 年: 2022 タイトル: Structural basis for potent antibody neutralization of SARS-CoV-2 variants including B.1.1.529. 著者: Tongqing Zhou / Lingshu Wang / John Misasi / Amarendra Pegu / Yi Zhang / Darcy R Harris / Adam S Olia / Chloe Adrienna Talana / Eun Sung Yang / Man Chen / Misook Choe / Wei Shi / I-Ting Teng ...著者: Tongqing Zhou / Lingshu Wang / John Misasi / Amarendra Pegu / Yi Zhang / Darcy R Harris / Adam S Olia / Chloe Adrienna Talana / Eun Sung Yang / Man Chen / Misook Choe / Wei Shi / I-Ting Teng / Adrian Creanga / Claudia Jenkins / Kwanyee Leung / Tracy Liu / Erik-Stephane D Stancofski / Tyler Stephens / Baoshan Zhang / Yaroslav Tsybovsky / Barney S Graham / John R Mascola / Nancy J Sullivan / Peter D Kwong / 要旨: The rapid spread of the severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) B.1.1.529 (Omicron) variant and its resistance to neutralization by vaccinee and convalescent sera are driving a ...The rapid spread of the severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) B.1.1.529 (Omicron) variant and its resistance to neutralization by vaccinee and convalescent sera are driving a search for monoclonal antibodies with potent neutralization. To provide insight into effective neutralization, we determined cryo-electron microscopy structures and evaluated receptor binding domain (RBD) antibodies for their ability to bind and neutralize B.1.1.529. Mutations altered 16% of the B.1.1.529 RBD surface, clustered on an RBD ridge overlapping the angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2)-binding surface and reduced binding of most antibodies. Substantial inhibitory activity was retained by select monoclonal antibodies-including A23-58.1, B1-182.1, COV2-2196, S2E12, A19-46.1, S309, and LY-CoV1404-that accommodated these changes and neutralized B.1.1.529. We identified combinations of antibodies with synergistic neutralization. The analysis revealed structural mechanisms for maintenance of potent neutralization against emerging variants. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7u0d.cif.gz | 192.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7u0d.ent.gz | 153.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7u0d.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7u0d_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7u0d_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7u0d_validation.xml.gz | 52.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7u0d_validation.cif.gz | 73.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u0/7u0d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u0/7u0d | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 26256MC 7tb8C 7tbfC 7tc9C 7tcaC 7tccC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-抗体 , 4種, 4分子 MNOP
#2: 抗体 | 分子量: 24869.900 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / Cell (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) |
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#3: 抗体 | 分子量: 22760.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / Cell (発現宿主): HEK 293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) |
#4: 抗体 | 分子量: 24285.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / Cell (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) |
#5: 抗体 | 分子量: 23536.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) |
-タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 B
#1: タンパク質 | 分子量: 22297.182 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) Cell (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A7U3CI26 |
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#6: 糖 | ChemComp-NAG / |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Ternary complex of SARS-CoV-2 Omicron RBD in complex with antibodies B1-182.1 and A19-46.1 タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#5 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 7.4 / 詳細: 100 mM HEPES, 150 mM NaCl |
試料 | 濃度: 0.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: Complex at 0.5 mg/mL concentration in the buffer |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 277 K / 詳細: Blot for 2-3.5 seconds before plugging. |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(補正後): 105000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 40 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 46244 詳細: SARS-CoV-2 receptor-binding domain in complex with antibodies B1-182.1 and A19-46.1 | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / 粒子像の数: 46244 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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