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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7tzr | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the E. coli thiM riboswitch bound to N-methyl-1-(quinoxalin-6-yl)methanamine (compound 16) | ||||||
![]() | RNA (80-MER) | ||||||
![]() | RNA / thiM TPP riboswitch | ||||||
機能・相同性 | : / N-methyl-1-(quinoxalin-6-yl)methanamine / RNA / RNA (> 10)![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Nuthanakanti, A. / Serganov, A. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: SHAPE-enabled fragment-based ligand discovery for RNA. 著者: Zeller, M.J. / Favorov, O. / Li, K. / Nuthanakanti, A. / Hussein, D. / Michaud, A. / Lafontaine, D.A. / Busan, S. / Serganov, A. / Aube, J. / Weeks, K.M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 103.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 73.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 790.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 775.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 8.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 10.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-RNA鎖 , 1種, 2分子 XY
#1: RNA鎖 | 分子量: 26042.248 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 39分子 ![](data/chem/img/KWU.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-MG / | #4: 化合物 | ChemComp-K / | #5: 化合物 | ChemComp-NA / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.48 % / 解説: shapeless rod cluster |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.8 詳細: TPP riboswitch RNA (0.2 mM) and 16 (2 mM) were heated in a buffer containing 50 mM potassium acetate (pH 6.8) and 3 (compound 16) mM MgCl2. Reservoir solution containing 0.1 M sodium acetate ...詳細: TPP riboswitch RNA (0.2 mM) and 16 (2 mM) were heated in a buffer containing 50 mM potassium acetate (pH 6.8) and 3 (compound 16) mM MgCl2. Reservoir solution containing 0.1 M sodium acetate (pH 4.8), 0.35 M ammonium acetate, and 28% (v/v) PEG4000 PH範囲: 4.8-6.8 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月29日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9252 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→30 Å / Num. obs: 11400 / % possible obs: 95.2 % / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 42.65 Å2 / CC1/2: 0.981 / Rmerge(I) obs: 0.152 / Rpim(I) all: 0.101 / Net I/σ(I): 9.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.581 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 1061 / CC1/2: 0.656 / Rpim(I) all: 0.407 / % possible all: 92.3 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2GDI 解像度: 2.7→29.05 Å / SU ML: 0.4157 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.9874 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 43.91 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→29.05 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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