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万見
- PDB-7tz2: Structure of human Fibrinogen-like protein 1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7tz2
タイトルStructure of human Fibrinogen-like protein 1
要素Fibrinogen-like protein 1
キーワードIMMUNOSUPPRESSANT / Immune suppression / Fibrinogen-like domain / Secretion / Oligomerization
機能・相同性
機能・相同性情報


hepatocyte proliferation / fibrinogen complex / negative regulation of T cell activation / regulation of immune response / cell-matrix adhesion / platelet aggregation / : / adaptive immune response / signaling receptor binding / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Gamma Fibrinogen; Chain A, domain 1 / Gamma Fibrinogen, chain A, domain 1 / Fibrinogen alpha chain / Fibrinogen, conserved site / Fibrinogen C-terminal domain signature. / Fibrinogen-related domains (FReDs) / Fibrinogen beta and gamma chains, C-terminal globular domain / Fibrinogen, alpha/beta/gamma chain, C-terminal globular, subdomain 1 / Fibrinogen, alpha/beta/gamma chain, C-terminal globular domain / Fibrinogen-like, C-terminal ...Gamma Fibrinogen; Chain A, domain 1 / Gamma Fibrinogen, chain A, domain 1 / Fibrinogen alpha chain / Fibrinogen, conserved site / Fibrinogen C-terminal domain signature. / Fibrinogen-related domains (FReDs) / Fibrinogen beta and gamma chains, C-terminal globular domain / Fibrinogen, alpha/beta/gamma chain, C-terminal globular, subdomain 1 / Fibrinogen, alpha/beta/gamma chain, C-terminal globular domain / Fibrinogen-like, C-terminal / Fibrinogen C-terminal domain profile. / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Fibrinogen-like protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Ming, Q. / Tran, T.H. / Luca, V.C.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM133482 米国
V Foundation for Cancer Research 米国
Rita Allen Foundation 米国
引用ジャーナル: Nat.Immunol. / 年: 2022
タイトル: LAG3 ectodomain structure reveals functional interfaces for ligand and antibody recognition.
著者: Ming, Q. / Celias, D.P. / Wu, C. / Cole, A.R. / Singh, S. / Mason, C. / Dong, S. / Tran, T.H. / Amarasinghe, G.K. / Ruffell, B. / Luca, V.C.
履歴
登録2022年2月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年5月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年5月18日Group: Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.22022年7月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32022年7月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.42023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.52024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fibrinogen-like protein 1
B: Fibrinogen-like protein 1
C: Fibrinogen-like protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,9644
ポリマ－81,9233
非ポリマー401
水2,324129
1
A: Fibrinogen-like protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,3482
ポリマ－27,3081
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Fibrinogen-like protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,3081
ポリマ－27,3081
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Fibrinogen-like protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,3081
ポリマ－27,3081
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.277, 110.893, 148.888
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 76 through 228 or (resid 229...
21(chain B and (resid 76 through 217 or resid 228...
31(chain C and (resid 76 through 217 or resid 228...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and (resid 76 through 228 or (resid 229...A76 - 228
121(chain A and (resid 76 through 228 or (resid 229...A229
131(chain A and (resid 76 through 228 or (resid 229...A76 - 541
141(chain A and (resid 76 through 228 or (resid 229...A76 - 541
151(chain A and (resid 76 through 228 or (resid 229...A76 - 541
161(chain A and (resid 76 through 228 or (resid 229...A76 - 541
211(chain B and (resid 76 through 217 or resid 228...B76 - 217
221(chain B and (resid 76 through 217 or resid 228...B228 - 261
231(chain B and (resid 76 through 217 or resid 228...B262
241(chain B and (resid 76 through 217 or resid 228...B75 - 545
251(chain B and (resid 76 through 217 or resid 228...B75 - 545
261(chain B and (resid 76 through 217 or resid 228...B75 - 545
271(chain B and (resid 76 through 217 or resid 228...B75 - 545
311(chain C and (resid 76 through 217 or resid 228...C76 - 217
321(chain C and (resid 76 through 217 or resid 228...C228
331(chain C and (resid 76 through 217 or resid 228...C229
341(chain C and (resid 76 through 217 or resid 228...C76 - 559
351(chain C and (resid 76 through 217 or resid 228...C76 - 559
361(chain C and (resid 76 through 217 or resid 228...C243
371(chain C and (resid 76 through 217 or resid 228...C76 - 559
381(chain C and (resid 76 through 217 or resid 228...C76 - 559
391(chain C and (resid 76 through 217 or resid 228...C76 - 559
3101(chain C and (resid 76 through 217 or resid 228...C76 - 559
3111(chain C and (resid 76 through 217 or resid 228...C76 - 559

-
要素

#1: タンパク質 Fibrinogen-like protein 1 / HP-041 / Hepassocin / HPS / Hepatocyte-derived fibrinogen-related protein 1 / HFREP-1 / Liver ...HP-041 / Hepassocin / HPS / Hepatocyte-derived fibrinogen-related protein 1 / HFREP-1 / Liver fibrinogen-related protein 1 / LFIRE-1


分子量: 27307.828 Da / 分子数: 3 / 断片: C-terminal domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FGL1, HFREP1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q08830
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 129 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.08 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 1 M lithium chloride, 0.1 M citric acid pH 5.0 and 20% PEG 6000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→50 Å / Num. obs: 25222 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 31.92 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.349 / Rpim(I) all: 0.157 / Rrim(I) all: 0.384 / Χ2: 1.576 / Net I/σ(I): 3 / Num. measured all: 144191
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.55-2.644.51.34724570.4210.6861.5180.55299.4
2.64-2.755.11.26624430.4620.6151.4130.56699.8
2.75-2.875.21.01724990.4940.4861.1310.63999.7
2.87-3.026.10.88824930.7230.3860.970.67999.8
3.02-3.216.10.64724810.8380.2810.7060.76699.8
3.21-3.465.80.40525200.9110.1830.4461.047100
3.46-3.816.20.29325130.9450.1260.3191.3299.7
3.81-4.366.20.20525150.9670.0880.2231.58899.9
4.36-5.4960.16425780.9730.0720.181.75499.7
5.49-505.70.1827230.9010.0830.1996.1299.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4M7F

4m7f


解像度: 2.55→45.3 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.63 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2338 1285 5.11 %
Rwork0.1846 23842 -
obs0.1871 25127 99.42 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 214.47 Å2 / Biso mean: 39.342 Å2 / Biso min: 20.71 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.55→45.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5625 0 1 129 5755
Biso mean--68.8 32.59 -
残基数----682
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1989X-RAY DIFFRACTION16.998TORSIONAL
12B1989X-RAY DIFFRACTION16.998TORSIONAL
13C1989X-RAY DIFFRACTION16.998TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.55-2.650.36381160.27422584270098
2.65-2.770.31781350.23992570270599
2.77-2.920.28071560.226626152771100
2.92-3.10.30441620.231625802742100
3.1-3.340.27881220.204126692791100
3.34-3.680.23511490.162126282777100
3.68-4.210.19251490.149226702819100
4.21-5.30.15811620.133426912853100
5.3-45.30.21171340.19172835296999
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 9.7811 Å / Origin y: -27.2764 Å / Origin z: 8.087 Å
111213212223313233
T0.3044 Å2-0.0089 Å20.012 Å2-0.2803 Å20.0014 Å2--0.2615 Å2
L-0.1037 °2-0.1027 °20.0688 °2-0.0657 °20.0274 °2--0.2954 °2
S-0.0053 Å °-0.0214 Å °0.023 Å °-0.0632 Å °-0.0015 Å °0.0338 Å °-0.0525 Å °0.0219 Å °-0.0437 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA76 - 541
2X-RAY DIFFRACTION1allB75 - 545
3X-RAY DIFFRACTION1allC76 - 559

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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