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- PDB-7tyg: Structure of the human leucine rich repeat protein SHOC2, residue... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7tyg
タイトルStructure of the human leucine rich repeat protein SHOC2, residues 80-582
要素Leucine-rich repeat protein SHOC-2
キーワードHYDROLASE / RAS / PP1 / SHOC2 / LRR
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to growth hormone stimulus / protein phosphatase type 1 complex / negative regulation of neural precursor cell proliferation / cyclic-GMP-AMP transmembrane import across plasma membrane / nerve growth factor signaling pathway / protein phosphatase regulator activity / protein phosphatase 1 binding / SHOC2 M1731 mutant abolishes MRAS complex function / Gain-of-function MRAS complexes activate RAF signaling / positive regulation of Ras protein signal transduction ...cellular response to growth hormone stimulus / protein phosphatase type 1 complex / negative regulation of neural precursor cell proliferation / cyclic-GMP-AMP transmembrane import across plasma membrane / nerve growth factor signaling pathway / protein phosphatase regulator activity / protein phosphatase 1 binding / SHOC2 M1731 mutant abolishes MRAS complex function / Gain-of-function MRAS complexes activate RAF signaling / positive regulation of Ras protein signal transduction / negative regulation of neuron differentiation / fibroblast growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of neuron differentiation / RAF activation / positive regulation of neuron projection development / protein phosphatase binding / Ras protein signal transduction / signal transduction / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Leucine-rich repeats, bacterial type / Leucine-rich repeat, SDS22-like subfamily / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Leucine-rich repeat protein SHOC-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Dhembi, A. / Clark, K. / King, D.A.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Nature / 年: 2022
タイトル: Structure of the MRAS-SHOC2-PP1C phosphatase complex.
著者: Hauseman, Z.J. / Fodor, M. / Dhembi, A. / Viscomi, J. / Egli, D. / Bleu, M. / Katz, S. / Park, E. / Jang, D.M. / Porter, K.A. / Meili, F. / Guo, H. / Kerr, G. / Molle, S. / Velez-Vega, C. / ...著者: Hauseman, Z.J. / Fodor, M. / Dhembi, A. / Viscomi, J. / Egli, D. / Bleu, M. / Katz, S. / Park, E. / Jang, D.M. / Porter, K.A. / Meili, F. / Guo, H. / Kerr, G. / Molle, S. / Velez-Vega, C. / Beyer, K.S. / Galli, G.G. / Maira, S.M. / Stams, T. / Clark, K. / Eck, M.J. / Tordella, L. / Thoma, C.R. / King, D.A.
履歴
登録2022年2月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年6月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22022年9月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Leucine-rich repeat protein SHOC-2
B: Leucine-rich repeat protein SHOC-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,4993
ポリマ－113,4752
非ポリマー241
水11,259625
1
A: Leucine-rich repeat protein SHOC-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,7381
ポリマ－56,7381
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Leucine-rich repeat protein SHOC-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,7622
ポリマ－56,7381
非ポリマー241
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.350, 102.880, 120.830
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.738, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

-
要素

#1: タンパク質 Leucine-rich repeat protein SHOC-2 / Protein soc-2 homolog / Protein sur-8 homolog


分子量: 56737.582 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 80-582 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SHOC2, KIAA0862
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9UQ13
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 625 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.87 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.1M Tris-Cl(8.0), 0.2 M MgCl2, 11% PEG4K, 2.5% 1,5-diaminopentane

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.895→118.303 Å / Num. obs: 82107 / % possible obs: 94.7 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 34.29 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Rrim(I) all: 0.061 / Net I/σ(I): 13
反射 シェル解像度: 1.895→1.902 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.539 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 869 / CC1/2: 0.748 / Rrim(I) all: 0.644 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
autoPROCデータ削減
autoPROCデータスケーリング
PHASER1.18.2_3874+SVN位相決定
Coot0.96 ELモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4TZH

4tzh


解像度: 1.9→41.44 Å / SU ML: 0.2322 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.4087
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2258 4119 5.02 %
Rwork0.1879 77966 -
obs0.1898 82085 94.68 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 40.44 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→41.44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7788 0 1 625 8414
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00667902
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.858310709
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05421303
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00691366
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.69863067
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.910.285970.24662086X-RAY DIFFRACTION94.3
1.92-1.940.26531190.24151934X-RAY DIFFRACTION97.67
1.94-1.970.3069600.23041276X-RAY DIFFRACTION44.7
1.97-1.990.28531440.22652796X-RAY DIFFRACTION99.93
1.99-2.020.29341510.22742853X-RAY DIFFRACTION99.9
2.02-2.050.28561710.23152779X-RAY DIFFRACTION99.93
2.05-2.080.27231700.21872833X-RAY DIFFRACTION99.8
2.08-2.110.26891180.21022820X-RAY DIFFRACTION99.93
2.11-2.150.25151580.2042869X-RAY DIFFRACTION99.9
2.15-2.180.25891530.20192799X-RAY DIFFRACTION99.97
2.18-2.220.23561480.20472868X-RAY DIFFRACTION99.93
2.22-2.260.27411460.20282761X-RAY DIFFRACTION99.62
2.26-2.310.25431600.2032807X-RAY DIFFRACTION99.73
2.31-2.360.27591380.20522862X-RAY DIFFRACTION99.83
2.36-2.420.26031460.20962822X-RAY DIFFRACTION99.83
2.42-2.480.24441520.20762850X-RAY DIFFRACTION99.8
2.48-2.540.27321390.21282821X-RAY DIFFRACTION99.8
2.54-2.620.27861500.21512841X-RAY DIFFRACTION99.63
2.62-2.70.25961540.21912795X-RAY DIFFRACTION99.53
2.7-2.80.28661360.21062828X-RAY DIFFRACTION99.63
2.8-2.910.24591550.2092842X-RAY DIFFRACTION99.63
2.91-3.040.23131500.21322861X-RAY DIFFRACTION99.7
3.04-3.20.24851260.21272807X-RAY DIFFRACTION99.22
3.2-3.40.26731710.2072820X-RAY DIFFRACTION99.14
3.4-3.670.2271190.18762336X-RAY DIFFRACTION81.62
3.67-4.040.18751180.15882428X-RAY DIFFRACTION84.75
4.04-4.620.1621690.14092816X-RAY DIFFRACTION99.53
4.62-5.820.18451520.15552852X-RAY DIFFRACTION99.54
5.82-41.440.16951490.16092904X-RAY DIFFRACTION99.09
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -31.3239005291 Å / Origin y: 1.33645829092 Å / Origin z: 28.8237093738 Å
111213212223313233
T0.282771955521 Å20.0110113465734 Å20.014348297155 Å2-0.215797815832 Å2-0.00636757334091 Å2--0.259344433433 Å2
L0.557374380476 °20.088461222098 °20.179752343387 °2-0.185393134206 °20.0564936458084 °2--0.878043077076 °2
S-0.0023078341581 Å °0.155438294435 Å °-0.000512760806388 Å °-0.0146299860773 Å °0.0108528168989 Å °-0.0177329230411 Å °0.0251077541054 Å °0.0310006133066 Å °-0.00911840493193 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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