PDB-7tx8: Long form D7 protein from Anopheles darlingi with U46619 and sero...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7tx8

タイトル

Long form D7 protein from Anopheles darlingi with U46619 and serotonin bound

要素

Long form D7 salivary protein

キーワード

BLOOD CLOTTING / odorant-binding

機能・相同性

Pheromone/general odorant binding protein superfamily / odorant binding / toxin activity / extracellular region / Chem-PUC / SEROTONIN / Long form salivary protein D7L2

機能・相同性情報

生物種

Anopheles darlingi (カ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.51 Å

データ登録者

Andersen, J.F. / Alvarenga, P.H.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Insect Biochem.Mol.Biol. / 年: 2022
タイトル: Functional aspects of evolution in a cluster of salivary protein genes from mosquitoes.
著者: Alvarenga, P.H. / Dias, D.R. / Xu, X. / Francischetti, I.M.B. / Gittis, A.G. / Arp, G. / Garboczi, D.N. / Ribeiro, J.M.C. / Andersen, J.F.

履歴

登録	2022年2月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年6月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年4月3日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7tx8.cif.gz	488 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7tx8.ent.gz	404.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7tx8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7tx8_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7tx8_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	7tx8_validation.xml.gz	44.9 KB	表示
CIF形式データ	7tx8_validation.cif.gz	61.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tx/7tx8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tx/7tx8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

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類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Long form D7 salivary protein

B: Long form D7 salivary protein

C: Long form D7 salivary protein

D: Long form D7 salivary protein

ヘテロ分子

142 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Long form D7 salivary protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
35.4 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Long form D7 salivary protein

ヘテロ分子

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35.4 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Long form D7 salivary protein

ヘテロ分子

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4

D: Long form D7 salivary protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
35.4 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	98.060, 98.060, 273.930
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質	Long form D7 salivary protein 分子量: 34892.090 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Anopheles darlingi (カ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B6DDQ8
#2: 化合物	ChemComp-SRO / SEROTONIN / 3-(2-AMINOETHYL)-1H-INDOL-5-OL / セロトニン分子量: 176.215 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₂N₂O / コメント: 神経伝達物質*YM
#3: 化合物	ChemComp-PUC / (5Z)-7-{(1R,4S,5S,6R)-6-[(1E,3S)-3-hydroxyoct-1-en-1-yl]-2-oxabicyclo[2.2.1]hept-5-yl}hept-5-enoic acid / 15-Hydroxy-11 alpha,9 alpha-(epoxymethano)prosta-5,13-dienoic Acid / U-46619 分子量: 350.492 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₄O₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 158 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.72 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.85 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.2 M ammonium sulfate, 30% PEG 5000 MME, 0.1 M HEPES, pH 7.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月26日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.51→53.31 Å / Num. obs: 53228 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 22.06 % / B_iso Wilson estimate: 59.01 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.084 / R_rim(I) all: 0.086 / Χ²: 0.933 / Net I/σ(I): 25.46 / Num. measured all: 1174205 / Scaling rejects: 103

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.51-2.58	23.12	0.639	6.12	89915	3889	3889	0.962	0.653	100
2.58-2.65	23.001	0.535	7.23	87241	3793	3793	0.974	0.547	100
2.65-2.72	22.609	0.422	8.88	82590	3653	3653	0.984	0.432	100
2.72-2.81	21.97	0.354	10.17	78543	3575	3575	0.987	0.362	100
2.81-2.9	20.076	0.263	12.44	69483	3461	3461	0.992	0.27	100
2.9-3	23.45	0.221	16.14	78839	3362	3362	0.995	0.225	100
3-3.11	23.665	0.18	19.05	76226	3221	3221	0.996	0.184	100
3.11-3.24	23.463	0.143	23.81	74285	3166	3166	0.997	0.146	100
3.24-3.38	23.061	0.117	28.6	69438	3011	3011	0.998	0.12	100
3.38-3.55	22.612	0.099	32.65	65124	2880	2880	0.998	0.102	100
3.55-3.74	22.202	0.088	35.73	60524	2726	2726	0.998	0.09	100
3.74-3.97	21.333	0.08	38.92	55615	2607	2607	0.999	0.081	100
3.97-4.24	18.83	0.072	39.71	46622	2476	2476	0.999	0.074	100
4.24-4.58	21.873	0.069	44.9	49390	2259	2258	0.999	0.07	100
4.58-5.02	22.235	0.067	46.36	47849	2152	2152	0.999	0.069	100
5.02-5.61	21.883	0.066	46.18	42059	1922	1922	0.999	0.067	100
5.61-6.48	21.182	0.064	46.16	36751	1735	1735	0.999	0.065	100
6.48-7.94	19.279	0.06	45.2	28147	1460	1460	0.999	0.061	100
7.94-11.23	19.301	0.057	47.5	22833	1183	1183	0.999	0.059	100
11.23-53.31	18.239	0.056	45.59	12731	701	698	0.999	0.058	99.6

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.51 Å	84.92 Å
Translation	2.51 Å	84.92 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: unliganded AnDar-D7L2

解像度: 2.51→53.31 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2.35 / 位相誤差: 27.08 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2661	2556	4.87 %
R_work	0.2179	49937	-
obs	0.2202	52493	98.63 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 147.89 Å² / B_iso mean: 62.1989 Å² / B_iso min: 33.25 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.51→53.31 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9407	0	308	158	9873
B_iso mean	-	-	58.82	54.92	-
残基数	-	-	-	-	1176

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 18

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.51-2.56	0.3619	125	0.301	2610	2735	95
2.56-2.61	0.35	142	0.2979	2629	2771	95
2.61-2.67	0.3182	139	0.2839	2673	2812	96
2.67-2.73	0.3436	159	0.277	2697	2856	97
2.73-2.8	0.3232	157	0.2718	2702	2859	97
2.8-2.87	0.3175	177	0.2584	2684	2861	99
2.87-2.96	0.2893	143	0.2559	2714	2857	98
2.96-3.05	0.3623	126	0.262	2773	2899	99
3.05-3.16	0.3045	132	0.267	2806	2938	99
3.16-3.29	0.3273	131	0.2832	2772	2903	100
3.29-3.44	0.2886	115	0.223	2794	2909	100
3.44-3.62	0.2808	152	0.2109	2817	2969	100
3.62-3.85	0.2454	131	0.1991	2783	2914	100
3.85-4.14	0.2289	150	0.1916	2840	2990	100
4.14-4.56	0.2221	133	0.1733	2845	2978	100
4.56-5.22	0.2268	148	0.186	2853	3001	100
5.22-6.57	0.2425	143	0.2183	2909	3052	100
6.57-53.31	0.25	153	0.204	3036	3189	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.315	-0.1033	-0.8251	1.5512	0.6911	3.8158	0.1727	0.0726	-0.201	-0.068	-0.2429	0.2326	0.1416	-0.2253	0.061	0.2684	0.0378	-0.0381	0.3653	-0.072	0.4774	12.5454	29.0476	-37.8699
2	1.4196	-0.5586	-0.1385	1.3043	-1.7838	4.0789	-0.2476	0.1351	0.1581	0.3708	-0.075	-0.321	-0.3347	0.2907	0.2873	0.6038	-0.0972	-0.1368	0.3861	0.0285	0.5533	-31.2836	0.5553	-9.4409
3	2.2667	0.1581	-0.7792	1.9448	-1.5049	4.1028	0.0529	-0.0149	-0.3095	-0.2323	-0.1949	-0.0307	0.4079	-0.1101	0.1533	0.2832	-0.0268	-0.0011	0.3494	-0.0505	0.4777	-18.4116	28.0469	-58.1677
4	1.2185	0.1499	-2.1197	2.0237	-0.2945	4.6846	-0.162	0.015	-0.2038	0.3061	0.0067	-0.2009	0.0521	0.3079	0.1583	0.4239	-0.1365	-0.0196	0.5475	0.0492	0.5233	-17.4966	28.2894	11.2742

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain 'A' and resid 3 through 297)	A	3 - 297
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain 'B' and resid 3 through 297)	B	3 - 297
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain 'C' and resid 3 through 297)	C	3 - 297
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain 'D' and resid 3 through 297)	D	3 - 297

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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