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- PDB-7tvj: Crystal Structure of Monobody Mb(SHP2PTP_13)/SHP2 PTP Domain Complex -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7tvj | ||||||||||||||||||||||||
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Title | Crystal Structure of Monobody Mb(SHP2PTP_13)/SHP2 PTP Domain Complex | ||||||||||||||||||||||||
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![]() | SIGNALING PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / Monobody / SHP2 / Phosphatase / Complex / Inhibitor / Signaling / SIGNALING PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex | ||||||||||||||||||||||||
Function / homology | ![]() negative regulation of cortisol secretion / intestinal epithelial cell migration / microvillus organization / negative regulation of growth hormone secretion / genitalia development / atrioventricular canal development / negative regulation of cell adhesion mediated by integrin / STAT5 Activation / Netrin mediated repulsion signals / positive regulation of hormone secretion ...negative regulation of cortisol secretion / intestinal epithelial cell migration / microvillus organization / negative regulation of growth hormone secretion / genitalia development / atrioventricular canal development / negative regulation of cell adhesion mediated by integrin / STAT5 Activation / Netrin mediated repulsion signals / positive regulation of hormone secretion / cerebellar cortex formation / multicellular organismal reproductive process / regulation of protein export from nucleus / positive regulation of ossification / hormone metabolic process / Interleukin-37 signaling / Signaling by Leptin / negative regulation of chondrocyte differentiation / MET activates PTPN11 / Regulation of RUNX1 Expression and Activity / ERBB signaling pathway / face morphogenesis / Costimulation by the CD28 family / Signal regulatory protein family interactions / peptide hormone receptor binding / negative regulation of type I interferon production / platelet formation / megakaryocyte development / organ growth / CTLA4 inhibitory signaling / triglyceride metabolic process / Platelet sensitization by LDL / Interleukin-20 family signaling / PI-3K cascade:FGFR3 / Interleukin-6 signaling / STAT5 activation downstream of FLT3 ITD mutants / PI-3K cascade:FGFR2 / PI-3K cascade:FGFR4 / Prolactin receptor signaling / PI-3K cascade:FGFR1 / MAPK3 (ERK1) activation / MAPK1 (ERK2) activation / PECAM1 interactions / Bergmann glial cell differentiation / regulation of cell adhesion mediated by integrin / regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / phosphoprotein phosphatase activity / inner ear development / neurotrophin TRK receptor signaling pathway / platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / non-membrane spanning protein tyrosine phosphatase activity / RET signaling / peptidyl-tyrosine dephosphorylation / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / Regulation of IFNA/IFNB signaling / PI3K Cascade / PD-1 signaling / regulation of protein-containing complex assembly / ephrin receptor signaling pathway / fibroblast growth factor receptor signaling pathway / GAB1 signalosome / Activated NTRK2 signals through FRS2 and FRS3 / negative regulation of insulin secretion / Regulation of IFNG signaling / positive regulation of insulin receptor signaling pathway / FRS-mediated FGFR3 signaling / Signaling by CSF3 (G-CSF) / Signaling by FLT3 ITD and TKD mutants / homeostasis of number of cells within a tissue / FRS-mediated FGFR2 signaling / FRS-mediated FGFR4 signaling / Tie2 Signaling / FRS-mediated FGFR1 signaling / cellular response to epidermal growth factor stimulus / cell adhesion molecule binding / GPVI-mediated activation cascade / T cell costimulation / FLT3 Signaling / positive regulation of interferon-beta production / hormone-mediated signaling pathway / phosphotyrosine residue binding / positive regulation of mitotic cell cycle / Downstream signal transduction / protein dephosphorylation / Activation of IRF3, IRF7 mediated by TBK1, IKKε (IKBKE) / protein-tyrosine-phosphatase / axonogenesis / protein tyrosine kinase binding / DNA damage checkpoint signaling / protein tyrosine phosphatase activity / integrin-mediated signaling pathway / positive regulation of glucose import / Negative regulation of FGFR3 signaling / Negative regulation of FGFR2 signaling / Negative regulation of FGFR4 signaling / Negative regulation of FGFR1 signaling / Spry regulation of FGF signaling / insulin receptor binding / epidermal growth factor receptor signaling pathway / multicellular organism growth Similarity search - Function | ||||||||||||||||||||||||
Biological species | ![]() synthetic construct (others) | ||||||||||||||||||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||
![]() | Sha, F. / Koide, S. | ||||||||||||||||||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Monobody Inhibitor Selective to the Phosphatase Domain of SHP2 and its Use as a Probe for Quantifying SHP2 Allosteric Regulation. Authors: Sha, F. / Kurosawa, K. / Glasser, E. / Ketavarapu, G. / Albazzaz, S. / Koide, A. / Koide, S. | ||||||||||||||||||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Download
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Others | ![]() |
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Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 3k2mS ![]() 3zm1S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 35292.988 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: PTP domain (UNP residues 224-525) / Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Protein | Mass: 10098.066 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) synthetic construct (others) / Production host: ![]() ![]() #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.26 Å3/Da / Density % sol: 45.64 % |
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Crystal grow | Temperature: 292 K / Method: vapor diffusion / pH: 5 Details: 0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate, 2% Tascimate, 16% PEG3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Mar 5, 2015 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.39→49.67 Å / Num. obs: 29422 / % possible obs: 93.3 % / Redundancy: 1.8 % / Biso Wilson estimate: 25.39 Å2 / CC1/2: 0.974 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Rpim(I) all: 0.084 / Rrim(I) all: 0.118 / Net I/σ(I): 6.7 |
Reflection shell | Resolution: 2.39→2.48 Å / Redundancy: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.245 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 3038 / CC1/2: 0.531 / Rpim(I) all: 0.245 / Rrim(I) all: 0.347 / % possible all: 92.1 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB entries 3ZM1 & 3K2M Resolution: 2.39→49.67 Å / SU ML: 0.2961 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 2.02 / Phase error: 25.4513 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 34.15 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.39→49.67 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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