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- PDB-7tvg: Crystal Structure of SHOC2 to a resolution of 2.4 Angstrom -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7tvg
タイトルCrystal Structure of SHOC2 to a resolution of 2.4 Angstrom
要素Leucine-rich repeat protein SHOC-2
キーワードSIGNALING PROTEIN / Scaffold protein Adapter protein Leucine rich repeat Oncoprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to growth hormone stimulus / negative regulation of neural precursor cell proliferation / protein phosphatase type 1 complex / volume-sensitive anion channel activity / nerve growth factor signaling pathway / cyclic-GMP-AMP transmembrane import across plasma membrane / protein phosphatase 1 binding / protein phosphatase regulator activity / SHOC2 M1731 mutant abolishes MRAS complex function / Gain-of-function MRAS complexes activate RAF signaling ...cellular response to growth hormone stimulus / negative regulation of neural precursor cell proliferation / protein phosphatase type 1 complex / volume-sensitive anion channel activity / nerve growth factor signaling pathway / cyclic-GMP-AMP transmembrane import across plasma membrane / protein phosphatase 1 binding / protein phosphatase regulator activity / SHOC2 M1731 mutant abolishes MRAS complex function / Gain-of-function MRAS complexes activate RAF signaling / positive regulation of Ras protein signal transduction / regulation of MAPK cascade / fibroblast growth factor receptor signaling pathway / negative regulation of neuron differentiation / positive regulation of neuron differentiation / RAF activation / positive regulation of neuron projection development / protein phosphatase binding / intracellular signal transduction / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / : / Leucine-rich repeat region / Leucine-rich repeats, bacterial type / Leucine-rich repeat, SDS22-like subfamily / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Leucine-rich repeat protein SHOC-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Bonsor, D.A. / Simanshu, D.K.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)HHSN261200800001E 米国
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2022
タイトル: Structure of the SHOC2-MRAS-PP1C complex provides insights into RAF activation and Noonan syndrome.
著者: Bonsor, D.A. / Alexander, P. / Snead, K. / Hartig, N. / Drew, M. / Messing, S. / Finci, L.I. / Nissley, D.V. / McCormick, F. / Esposito, D. / Rodriguez-Viciana, P. / Stephen, A.G. / Simanshu, D.K.
履歴
登録2022年2月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年5月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年10月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22022年10月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32022年10月26日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: Leucine-rich repeat protein SHOC-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,2768
ポリマ－56,6641
非ポリマー6127
水64936
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)77.567, 77.567, 83.015
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number145
Space group name H-MP32

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要素

#1: タンパク質 Leucine-rich repeat protein SHOC-2 / Protein soc-2 homolog / Protein sur-8 homolog


分子量: 56664.277 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SHOC2, KIAA0862 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9UQ13
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.66 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 1.5M ammonium sulfate, 0.1M sodium citrate pH 5.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97911 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年9月16日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97911 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→41.51 Å / Num. obs: 21840 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.2 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.036 / Rpim(I) all: 0.024 / Net I/σ(I): 19.8
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / Rmerge(I) obs: 1.09 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 2289 / CC1/2: 0.581 / Rpim(I) all: 0.721

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: XXXX

解像度: 2.4→35.31 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 42 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2671 960 4.4 %
Rwork0.2165 20851 -
obs0.2189 21811 99.86 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 193.99 Å2 / Biso mean: 87.0514 Å2 / Biso min: 47.66 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4→35.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3742 0 31 36 3809
Biso mean--142.37 86.02 -
残基数----480
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.4-2.530.41281030.378330183121
2.53-2.690.38561160.366930033119
2.69-2.890.38871400.319829833123
2.89-3.180.40771420.336129463088
3.18-3.640.35631670.291529603127
3.64-4.590.25721640.184929533117
4.59-35.310.18641280.159829883116
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -0.1537 Å / Origin y: 33.5297 Å / Origin z: -11.9096 Å
111213212223313233
T0.5554 Å2-0.0045 Å20.1247 Å2-0.5603 Å20.1121 Å2--0.308 Å2
L0.9479 °20.0466 °20.0576 °2-3.3351 °21.7068 °2--1.2394 °2
S-0.0214 Å °-0.0617 Å °-0.0839 Å °-0.3093 Å °0.2511 Å °-0.5379 Å °-0.184 Å °0.1272 Å °-0.2143 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allD85 - 564
2X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 6
3X-RAY DIFFRACTION1allB8 - 51
4X-RAY DIFFRACTION1allC1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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