PDB-7tvc: Short form D7 protein from Aedes aegypti

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7tvc

タイトル

Short form D7 protein from Aedes aegypti

要素

Salivary short D7 protein

キーワード

BLOOD CLOTTING / odorant-binding

機能・相同性

Pheromone/general odorant binding protein domain / Pheromone/general odorant binding protein superfamily / odorant binding / Recoverin; domain 1 / extracellular region / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Short form salivary protein D7S1

機能・相同性情報

生物種

Aedes aegypti (ネッタイシマカ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.19 Å

データ登録者

Andersen, J.F. / Xu, X.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Insect Biochem.Mol.Biol. / 年: 2022
タイトル: Functional aspects of evolution in a cluster of salivary protein genes from mosquitoes.
著者: Alvarenga, P.H. / Dias, D.R. / Xu, X. / Francischetti, I.M.B. / Gittis, A.G. / Arp, G. / Garboczi, D.N. / Ribeiro, J.M.C. / Andersen, J.F.

履歴

登録	2022年2月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年5月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月16日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7tvc.cif.gz	119.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7tvc.ent.gz	91 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7tvc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tv/7tvc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tv/7tvc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7tvyC 7tx8C 7u1nC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

B: Salivary short D7 protein

A: Salivary short D7 protein

29 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: Salivary short D7 protein

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
14.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: Salivary short D7 protein

登録者が定義した集合体
14.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	85.653, 85.653, 30.853
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	75
Space group name H-M	P4

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-407- HOH

#1: タンパク質	Salivary short D7 protein / 14.5 kDa secreted protein / 16.9 kDa secreted protein 分子量: 14486.610 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Aedes aegypti (ネッタイシマカ) 遺伝子: SG14.5sp / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8T9T4
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 422 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.95 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.02 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 20% PEG 6000, 0.1M MES, pH 6

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.19→30.28 Å / Num. obs: 72163 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 7.5 % / B_iso Wilson estimate: 9.3 Å² / R_merge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 11.2
反射シェル	解像度: 1.19→1.21 Å / R_merge(I) obs: 0.456 / Num. unique obs: 3265

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX	1.19.2	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
SHELXDE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.19→30.28 Å / SU ML: 0.09 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 15.71 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1708	3646	5.05 %
R_work	0.158	68517	-
obs	0.1587	72163	99.36 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 46.84 Å² / B_iso mean: 13.4139 Å² / B_iso min: 5.8 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.19→30.28 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1996	0	0	422	2418
B_iso mean	-	-	-	23.37	-
残基数	-	-	-	-	252

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 26

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.19-1.2	0.245	109	0.2378	2362	2471	91
1.2-1.22	0.2158	126	0.2227	2510	2636	96
1.22-1.24	0.2245	139	0.1968	2620	2759	98
1.24-1.26	0.192	115	0.1868	2613	2728	99
1.26-1.28	0.1929	135	0.1792	2641	2776	100
1.28-1.3	0.2305	151	0.1799	2628	2779	100
1.3-1.32	0.185	137	0.1749	2659	2796	100
1.32-1.34	0.1871	135	0.1764	2651	2786	100
1.34-1.37	0.1778	141	0.1699	2584	2725	100
1.37-1.4	0.1874	142	0.1591	2660	2802	100
1.4-1.43	0.1862	158	0.1585	2614	2772	100
1.43-1.46	0.1609	153	0.1494	2619	2772	100
1.46-1.5	0.1641	145	0.145	2636	2781	100
1.5-1.54	0.166	136	0.1432	2673	2809	100
1.54-1.58	0.1546	137	0.1451	2627	2764	100
1.58-1.63	0.1478	139	0.1406	2650	2789	100
1.63-1.69	0.1401	137	0.1408	2629	2766	100
1.69-1.76	0.192	136	0.1485	2664	2800	100
1.76-1.84	0.1699	159	0.1538	2629	2788	100
1.84-1.94	0.1875	149	0.1529	2684	2833	100
1.94-2.06	0.1773	152	0.151	2641	2793	100
2.06-2.22	0.1577	142	0.1524	2665	2807	100
2.22-2.44	0.1535	145	0.1508	2652	2797	100
2.44-2.79	0.1665	138	0.1595	2701	2839	100
2.79-3.52	0.1546	141	0.1557	2714	2855	100
3.52-30.28	0.1722	149	0.1598	2791	2940	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0828	-0.3082	-0.0458	1.2573	0.0966	0.6725	-0.0237	-0.0376	-0.044	-0.0192	0.0184	-0.0026	-0.0087	0.0403	0.0051	0.0463	-0.0032	0.0023	0.0488	0.012	0.0426	20.4579	5.7432	-2.5322
2	1.0173	-0.552	0.1347	1.429	-0.3362	0.6681	-0.007	-0.0161	0.0041	-0.0253	0.0026	-0.0034	0.0125	-0.0434	0.0038	0.0574	-0.0058	-0.0039	0.0617	-0.014	0.0549	22.2543	38.0004	-3.2566

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain 'B' and resid 1 through 126)	B	1 - 126
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain 'A' and resid 1 through 126)	A	1 - 126

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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