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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7tvc | ||||||
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タイトル | Short form D7 protein from Aedes aegypti | ||||||
要素 | Salivary short D7 protein | ||||||
キーワード | BLOOD CLOTTING (凝固・線溶系) / odorant-binding | ||||||
機能・相同性 | Pheromone/general odorant binding protein / PBP/GOBP family / Pheromone/general odorant binding protein superfamily / odorant binding / Putative 14.5 kDa secreted protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Aedes aegypti (ネッタイシマカ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.19 Å | ||||||
データ登録者 | Andersen, J.F. / Xu, X. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Insect Biochem.Mol.Biol. / 年: 2022 タイトル: Functional aspects of evolution in a cluster of salivary protein genes from mosquitoes. 著者: Alvarenga, P.H. / Dias, D.R. / Xu, X. / Francischetti, I.M.B. / Gittis, A.G. / Arp, G. / Garboczi, D.N. / Ribeiro, J.M.C. / Andersen, J.F. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7tvc.cif.gz | 115.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7tvc.ent.gz | 93 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7tvc.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tv/7tvc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tv/7tvc | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 7tvyC 7tx8C 7u1nC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14486.610 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Aedes aegypti (ネッタイシマカ) 遺伝子: SG14.5sp / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8T9T4 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.02 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 20% PEG 6000, 0.1M MES, pH 6 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月16日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.19→30.28 Å / Num. obs: 72163 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 7.5 % / Biso Wilson estimate: 9.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 11.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.19→1.21 Å / Rmerge(I) obs: 0.456 / Num. unique obs: 3265 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.19→30.28 Å / SU ML: 0.09 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 15.71 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 46.84 Å2 / Biso mean: 13.4139 Å2 / Biso min: 5.8 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.19→30.28 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 26
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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