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- PDB-7tv9: HUMAN COMPLEMENT COMPONENT C3B IN COMPLEX WITH APL-1030 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7tv9
タイトルHUMAN COMPLEMENT COMPONENT C3B IN COMPLEX WITH APL-1030
要素
  • APL-1030 Nanofitin
  • Complement C3 beta chain
  • Complement C3b alpha' chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / complement protein complex
機能・相同性
機能・相同性情報


C5L2 anaphylatoxin chemotactic receptor binding / oviduct epithelium development / regulation of triglyceride biosynthetic process / positive regulation of activation of membrane attack complex / vertebrate eye-specific patterning / positive regulation of apoptotic cell clearance / complement-mediated synapse pruning / Alternative complement activation / positive regulation of lipid storage / positive regulation of phagocytosis, engulfment ...C5L2 anaphylatoxin chemotactic receptor binding / oviduct epithelium development / regulation of triglyceride biosynthetic process / positive regulation of activation of membrane attack complex / vertebrate eye-specific patterning / positive regulation of apoptotic cell clearance / complement-mediated synapse pruning / Alternative complement activation / positive regulation of lipid storage / positive regulation of phagocytosis, engulfment / positive regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / Activation of C3 and C5 / complement receptor mediated signaling pathway / positive regulation of type IIa hypersensitivity / positive regulation of D-glucose transmembrane transport / complement-dependent cytotoxicity / complement activation / complement activation, alternative pathway / endopeptidase inhibitor activity / neuron remodeling / B cell activation / amyloid-beta clearance / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / complement activation, classical pathway / Peptide ligand-binding receptors / Regulation of Complement cascade / fatty acid metabolic process / Post-translational protein phosphorylation / response to bacterium / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / positive regulation of angiogenesis / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / azurophil granule lumen / G alpha (i) signalling events / secretory granule lumen / blood microparticle / receptor ligand activity / inflammatory response / immune response / positive regulation of protein phosphorylation / G protein-coupled receptor signaling pathway / endoplasmic reticulum lumen / signaling receptor binding / Neutrophil degranulation / cell surface / signal transduction / protein-containing complex / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / : / Complement component 3, CUB domain, second segment / Complement component 3, CUB domain, first segment / Complement C3-like, NTR domain / Alpha-2-macroglobulin, conserved site / Alpha-2-macroglobulin family thiolester region signature. / Complement C3/4/5, macroglobulin domain MG1 / Macroglobulin domain MG1 / : ...: / : / Complement component 3, CUB domain, second segment / Complement component 3, CUB domain, first segment / Complement C3-like, NTR domain / Alpha-2-macroglobulin, conserved site / Alpha-2-macroglobulin family thiolester region signature. / Complement C3/4/5, macroglobulin domain MG1 / Macroglobulin domain MG1 / : / Alpha-macro-globulin thiol-ester bond-forming region / Anaphylatoxin, complement system domain / Anaphylatoxin domain signature. / Anaphylatoxin, complement system / Anaphylatoxin/fibulin / Anaphylotoxin-like domain / Anaphylatoxin domain profile. / Anaphylatoxin homologous domain / Netrin C-terminal Domain / Netrin module, non-TIMP type / UNC-6/NTR/C345C module / : / Alpha-macroglobulin, receptor-binding / Alpha-macroglobulin, receptor-binding domain superfamily / Macroglobulin domain MG4 / Macroglobulin domain MG3 / A-macroglobulin receptor binding domain / Macroglobulin domain MG4 / Macroglobulin domain MG3 / A-macroglobulin receptor / Netrin domain / NTR domain profile. / Alpha-2-macroglobulin / Macroglobulin domain / Alpha-2-macroglobulin, bait region domain / Alpha-macroglobulin-like, TED domain / Alpha-2-macroglobulin family / MG2 domain / A-macroglobulin TED domain / Alpha-2-macroglobulin bait region domain / Alpha-2-Macroglobulin / Alpha-2-macroglobulin family / Tissue inhibitor of metalloproteinases-like, OB-fold / Terpenoid cyclases/protein prenyltransferase alpha-alpha toroid / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種synthetic construct (人工物)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Fontano, E. / Nadupalli, A. / Lakshminarasimhan, D. / White, A. / Garlish, J. / Cinier, M. / Chevrel, A. / Perrocheau, A. / Eyerman, D. / Orme, M. ...Fontano, E. / Nadupalli, A. / Lakshminarasimhan, D. / White, A. / Garlish, J. / Cinier, M. / Chevrel, A. / Perrocheau, A. / Eyerman, D. / Orme, M. / Kitten, O. / Scheibler, L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Other private 米国
引用ジャーナル: Biomolecules / 年: 2022
タイトル: Discovery of APL-1030, a Novel, High-Affinity Nanofitin Inhibitor of C3-Mediated Complement Activation.
著者: Garlich, J. / Cinier, M. / Chevrel, A. / Perrocheau, A. / Eyerman, D.J. / Orme, M. / Kitten, O. / Scheibler, L.
履歴
登録2022年2月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年3月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年5月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Complement C3 beta chain
B: Complement C3b alpha' chain
C: APL-1030 Nanofitin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)183,6565
ポリマ－182,8483
非ポリマー8082
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12900 Å2
ΔGint-59 kcal/mol
Surface area71560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.481, 104.699, 103.115
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.460, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Complement C3 beta chain


分子量: 71393.320 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / Plasmid details: SECRETION: SERUM / 参照: UniProt: P01024
#2: タンパク質 Complement C3b alpha' chain


分子量: 104073.164 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / Plasmid details: SECRETION: SERUM / 参照: UniProt: P01024
#3: タンパク質 APL-1030 Nanofitin


分子量: 7381.328 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli DH5[alpha] (大腸菌)
#4: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.76 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.8
詳細: 100 mM HEPES, pH 7.8, 25% Poly(acrylic acid sodium salt) 5100

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97926 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97926 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.4→98.83 Å / Num. obs: 28812 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 3.2 % / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.154 / Rpim(I) all: 0.102 / Rrim(I) all: 0.185 / Net I/σ(I): 6.3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / 冗長度: 3.1 %

解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
3.4-3.611.4921429245760.461.0031.8040.998.1
10.2-98.640.029340011110.9980.0190.03425.898.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
Aimless0.7.7データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2i07

2i07


解像度: 3.4→98.83 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.866 / SU B: 146.1 / SU ML: 0.921 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.771 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3275 1347 4.7 %RANDOM
Rwork0.2395 ---
obs0.2436 27449 99.09 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 223.61 Å2 / Biso mean: 126.607 Å2 / Biso min: 88.84 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.19 Å20 Å2-2.77 Å2
2---3.36 Å20 Å2
3---7.04 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.4→98.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12626 0 53 0 12679
Biso mean--166.42 --
残基数----1601
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.01312939
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.01712376
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0321.65217552
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9641.58528589
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.82151595
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.33323.38648
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg24.161152299
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.3311568
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.030.21708
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.0214508
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0090.022817
LS精密化 シェル解像度: 3.4→3.488 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.474 93 -
Rwork0.428 1935 -
all-2028 -
obs--95.57 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.30010.33060.64980.60350.2890.5440.037-0.08720.00130.068-0.01070.00670.0324-0.0099-0.02620.10880.00830.20640.7351-0.04050.426558.148-15.29-2.375
20.94790.50770.51590.7361-0.05250.5544-0.0083-0.0043-0.1872-0.11490.08710.00660.09290.0319-0.07880.0636-0.03220.12610.6374-0.05420.699627.295-37.763-22.192
33.15970.79382.41610.75921.68224.9337-0.0206-0.036-0.27860.232-0.08050.08010.32690.10550.10120.49740.04880.02940.31640.02150.492415.352-21.06717.571
42.15680.22680.45382.7204-0.1362.21460.0301-0.2459-0.16680.8490.12010.16760.037-0.1916-0.15030.40610.15580.17960.85980.02980.323456.638-7.80252.839
51.16990.82150.05730.63550.48513.60880.2759-0.395-0.24470.2893-0.263-0.16990.5191-0.16-0.01290.53840.04450.03740.53040.0920.705121.053-26.18119.611
62.03280.99510.12363.16410.13151.9498-0.18190.22970.2413-0.07640.24880.51630.07350.0888-0.06690.02790.01670.03470.67460.04330.649510.525-16.02-32.709
73.10150.88750.40794.34170.05632.0715-0.17270.41480.1845-0.141-0.13890.580.2093-0.10560.31170.0919-0.08570.14260.5745-0.05460.709-17.282-45.075-19.571
83.3818-2.4250.70841.8448-1.03542.89870.25550.10540.1943-0.0826-0.1552-0.1403-0.52930.403-0.10030.189-0.11640.20020.689-0.14210.59889.728-0.834-12.774
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 642
2X-RAY DIFFRACTION2B730 - 911
3X-RAY DIFFRACTION3B912 - 965
4X-RAY DIFFRACTION4B966 - 1269
5X-RAY DIFFRACTION5B1270 - 1331
6X-RAY DIFFRACTION6B1332 - 1480
7X-RAY DIFFRACTION7B1481 - 1641
8X-RAY DIFFRACTION8C1 - 63

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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