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- PDB-7tv0: Crystal structure of BRD4 bromodomain 1 in complex with dual-acet... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7tv0
タイトルCrystal structure of BRD4 bromodomain 1 in complex with dual-acetylated SARS-CoV-2 E
要素
  • Bromodomain-containing protein 4
  • Envelope small membrane protein
キーワードTRANSCRIPTION / BRD4 / bromodomain / SARS-CoV-2 / COVID / envelope protein / E protein
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA polymerase II C-terminal domain binding / P-TEFb complex binding / negative regulation of DNA damage checkpoint / histone H4 reader activity / host-mediated suppression of viral transcription / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / : / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / condensed nuclear chromosome ...RNA polymerase II C-terminal domain binding / P-TEFb complex binding / negative regulation of DNA damage checkpoint / histone H4 reader activity / host-mediated suppression of viral transcription / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / : / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / condensed nuclear chromosome / transcription coregulator activity / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / p53 binding / chromosome / regulation of inflammatory response / histone binding / Potential therapeutics for SARS / transcription coactivator activity / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / transcription cis-regulatory region binding / chromatin remodeling / protein serine/threonine kinase activity / DNA damage response / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Bromodomain protein 4, C-terminal / C-terminal domain of bromodomain protein 4 / Brdt, bromodomain, repeat I / Brdt, bromodomain, repeat II / NET domain superfamily / NET domain profile. / : / NET domain / Bromodomain extra-terminal - transcription regulation / Bromodomain, conserved site ...Bromodomain protein 4, C-terminal / C-terminal domain of bromodomain protein 4 / Brdt, bromodomain, repeat I / Brdt, bromodomain, repeat II / NET domain superfamily / NET domain profile. / : / NET domain / Bromodomain extra-terminal - transcription regulation / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain (BrD) profile. / Bromodomain-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Bromodomain-containing protein 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Vann, K.R. / Holt, T.A. / Kutateladze, T.G.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Structure / 年: 2022
タイトル: Binding of the SARS-CoV-2 envelope E protein to human BRD4 is essential for infection.
著者: Vann, K.R. / Acharya, A. / Jang, S.M. / Lachance, C. / Zandian, M. / Holt, T.A. / Smith, A.L. / Pandey, K. / Durden, D.L. / El-Gamal, D. / Cote, J. / Byrareddy, S.N. / Kutateladze, T.G.
履歴
登録2022年2月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年7月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年9月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.42024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bromodomain-containing protein 4
B: Bromodomain-containing protein 4
C: Bromodomain-containing protein 4
D: Bromodomain-containing protein 4
E: Envelope small membrane protein
G: Envelope small membrane protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,5696
ポリマ－68,5696
非ポリマー00
水4,288238
1
A: Bromodomain-containing protein 4
G: Envelope small membrane protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,9292
ポリマ－17,9292
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1060 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area8630 Å2
手法PISA
2
B: Bromodomain-containing protein 4
E: Envelope small membrane protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,9292
ポリマ－17,9292
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area950 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area8790 Å2
手法PISA
3
C: Bromodomain-containing protein 4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,3561
ポリマ－16,3561
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area8130 Å2
手法PISA
4
D: Bromodomain-containing protein 4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,3561
ポリマ－16,3561
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area8380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.320, 96.220, 78.950
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.370, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb

-
要素

#1: タンパク質
Bromodomain-containing protein 4 / Protein HUNK1


分子量: 16355.832 Da / 分子数: 4 / 断片: BD1 (UNP residues 42-180) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD4, HUNK1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O60885
#2: タンパク質・ペプチド Envelope small membrane protein


分子量: 1572.783 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 53-64 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic peptide acetylated at K53 and K63
由来: (合成) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 238 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.8 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 1.5 M ammonium sulfate, 0.1 mM Tris, pH 8.5, 12% glycerol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年1月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→48.1 Å / Num. obs: 24678 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 2.7 % / Biso Wilson estimate: 22.12 Å2 / CC1/2: 0.974 / Rmerge(I) obs: 0.159 / Rpim(I) all: 0.116 / Rrim(I) all: 0.198 / Net I/σ(I): 5.6 / Num. measured all: 66996 / Scaling rejects: 69
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.5-2.620.867500625460.3920.7221.1351.289.3
9.01-48.12.50.06113135300.9890.0460.07712.393.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation3.25 Å48.11 Å
Translation3.25 Å48.11 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
XDSデータ削減
PHASER2.8.3位相決定
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3UVW

3uvw


解像度: 2.6→34.39 Å / SU ML: 0.3671 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 29.7033
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2922 1911 8.92 %
Rwork0.2428 19502 -
obs0.2472 21413 94.4 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 25.34 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→34.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4717 0 0 238 4955
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00394888
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.72966650
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0571716
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0045860
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.1957633
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6-2.670.4181150.3351252X-RAY DIFFRACTION86.3
2.67-2.740.41171490.28291362X-RAY DIFFRACTION92.47
2.74-2.820.27691340.27981341X-RAY DIFFRACTION92.01
2.82-2.910.32631190.26781419X-RAY DIFFRACTION93.72
2.91-3.010.32921460.2581364X-RAY DIFFRACTION95.09
3.01-3.130.31141380.26651395X-RAY DIFFRACTION95.57
3.13-3.280.29881300.25631443X-RAY DIFFRACTION96.8
3.28-3.450.3271430.25961433X-RAY DIFFRACTION96.75
3.45-3.660.31361410.2441360X-RAY DIFFRACTION94.17
3.66-3.950.26551400.21731415X-RAY DIFFRACTION95.87
3.95-4.340.25391280.21691394X-RAY DIFFRACTION93.78
4.34-4.970.2371310.2051412X-RAY DIFFRACTION93.86
4.97-6.250.26551510.22681439X-RAY DIFFRACTION97.43
6.26-34.390.24271460.22121473X-RAY DIFFRACTION97.71

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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