PDB-7tus: Sculpting a uniquely reactive cysteine residue for site-specific ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7tus

タイトル

Sculpting a uniquely reactive cysteine residue for site-specific antibody conjugation

要素

Antibody Heavy Chain
Antibody Light Chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Antibody therapeutics / antibody-drug conjugate / catalytic antibody / protein modification / engineered cysteine

機能・相同性

DI(HYDROXYETHYL)ETHER

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Park, H. / Rader, C.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Bioconjug.Chem. / 年: 2022
タイトル: Sculpting a Uniquely Reactive Cysteine Residue for Site-Specific Antibody Conjugation.
著者: Hwang, D. / Nilchan, N. / Park, H. / Roy, R.N. / Roush, W.R. / Rader, C.

履歴

登録	2022年2月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年6月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年6月29日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7tus.cif.gz	748.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7tus.ent.gz	554.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7tus.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7tus_validation.pdf.gz	525.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7tus_full_validation.pdf.gz	572.8 KB	表示
XML形式データ	7tus_validation.xml.gz	65.6 KB	表示
CIF形式データ	7tus_validation.cif.gz	89.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tu/7tus ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tu/7tus	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6u85S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Antibody Heavy Chain

B: Antibody Light Chain

C: Antibody Heavy Chain

D: Antibody Light Chain

E: Antibody Heavy Chain

F: Antibody Light Chain

G: Antibody Heavy Chain

H: Antibody Light Chain

ヘテロ分子

193 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Antibody Heavy Chain

B: Antibody Light Chain

ヘテロ分子

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48.4 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Antibody Heavy Chain

D: Antibody Light Chain

ヘテロ分子

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48.2 kDa, 2 ポリマー
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3

E: Antibody Heavy Chain

F: Antibody Light Chain

ヘテロ分子

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48.1 kDa, 2 ポリマー
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4

G: Antibody Heavy Chain

H: Antibody Light Chain

ヘテロ分子

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48.2 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	117.469, 73.570, 127.580
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 110.060, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

-
抗体 , 2種, 8分子 ACEGBDFH

#1: 抗体	Antibody Heavy Chain 分子量: 23951.766 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#2: 抗体	Antibody Light Chain 分子量: 23979.693 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)

-
非ポリマー , 4種, 249分子

#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: SO₄
#5: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 236 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.75 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.35 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: PEG 3350, Ammonium sulfate, Bis-Tris

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.12723 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.12723 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→39.95 Å / Num. obs: 147073 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 3.4 % / B_iso Wilson estimate: 44.42 Å² / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 9.5
反射シェル	解像度: 2.4→2.5 Å / R_merge(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 4513 / CC_1/2: 0.692

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20rc3_4406	精密化
MOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6U85

6u85

解像度: 2.4→39.95 Å / SU ML: 0.3325 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.01 / 位相誤差: 28.4536
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2569	7031	4.78 %
R_work	0.2182	140042	-
obs	0.2201	147073	93.77 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 76.12 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→39.95 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12831	0	73	236	13140

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0099	13202
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.2201	17980
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0766	2029
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0083	2293
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.4699	4568

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.4-2.43	0.3916	253	0.3507	4589	X-RAY DIFFRACTION	93.26
2.43-2.46	0.3774	243	0.3429	4667	X-RAY DIFFRACTION	92.96
2.46-2.49	0.3422	271	0.3278	4610	X-RAY DIFFRACTION	94.14
2.49-2.52	0.3313	238	0.3213	4651	X-RAY DIFFRACTION	92.88
2.52-2.55	0.3529	225	0.3074	4649	X-RAY DIFFRACTION	92.56
2.55-2.59	0.3357	229	0.2907	4515	X-RAY DIFFRACTION	93.26
2.59-2.62	0.3151	209	0.2883	4667	X-RAY DIFFRACTION	92.16
2.62-2.66	0.3398	237	0.2831	4666	X-RAY DIFFRACTION	93.68
2.66-2.7	0.3207	197	0.2753	4609	X-RAY DIFFRACTION	92.49
2.7-2.75	0.3153	230	0.27	4585	X-RAY DIFFRACTION	91.91
2.75-2.79	0.2965	231	0.2698	4519	X-RAY DIFFRACTION	91.22
2.79-2.85	0.3054	225	0.2829	4439	X-RAY DIFFRACTION	89.23
2.85-2.9	0.3167	218	0.2827	4262	X-RAY DIFFRACTION	84.96
2.9-2.96	0.3016	228	0.2559	4452	X-RAY DIFFRACTION	89.6
2.96-3.02	0.3079	256	0.2442	4691	X-RAY DIFFRACTION	95.69
3.02-3.09	0.295	219	0.2311	4864	X-RAY DIFFRACTION	95.92
3.09-3.17	0.2694	235	0.2343	4758	X-RAY DIFFRACTION	95.85
3.17-3.26	0.2458	249	0.2335	4759	X-RAY DIFFRACTION	96.05
3.26-3.35	0.2698	222	0.2222	4865	X-RAY DIFFRACTION	95.87
3.35-3.46	0.2614	281	0.2162	4732	X-RAY DIFFRACTION	96.5
3.46-3.58	0.2741	223	0.1985	4752	X-RAY DIFFRACTION	95.82
3.58-3.73	0.247	227	0.1976	4804	X-RAY DIFFRACTION	96.4
3.73-3.9	0.245	235	0.1995	4841	X-RAY DIFFRACTION	95.92
3.9-4.1	0.2468	215	0.1937	4835	X-RAY DIFFRACTION	96.56
4.1-4.36	0.2085	273	0.1698	4762	X-RAY DIFFRACTION	96.6
4.36-4.7	0.201	228	0.1591	4754	X-RAY DIFFRACTION	95.75
4.7-5.17	0.2264	242	0.1686	4590	X-RAY DIFFRACTION	92.6
5.17-5.91	0.2143	215	0.2019	4411	X-RAY DIFFRACTION	88.05
5.91-7.44	0.2436	244	0.2247	4908	X-RAY DIFFRACTION	98.45
7.44-39.95	0.2024	233	0.1968	4836	X-RAY DIFFRACTION	96.94

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.11618203131	-0.449153440815	0.37663961804	2.48607208297	-1.02688142878	3.6060873801	-0.163755874252	0.268764812408	0.279764830322	0.159392373687	0.121166096429	-0.298726147857	-0.419593606443	0.132245828854	0.0840249513004	0.242545659132	-0.0557612318227	-0.0123068767138	0.243596190435	-0.0452628682699	0.361172647038	-29.210396607	4.40941252161	-3.51448304533
2	6.79607087224	-4.57969645951	0.193507412697	5.85037381724	0.859179514571	3.91412316143	-0.0788780370176	0.0450084808077	-0.344374879086	0.00666178924209	0.234958855554	0.109790913237	0.165427584989	0.227756027786	-0.192676029338	0.277905960669	-0.126758194241	0.0676931002519	0.38356806609	-0.0379211019318	0.389043727312	-34.536872374	-1.45769326131	-11.0116011806
3	4.68109147061	-0.0983363028168	0.711522870963	1.47871643672	-1.41772627411	5.11907392738	-0.204005164876	0.0152271856235	-0.28888455393	0.189986474664	0.185637598385	0.229587003121	0.20356280523	0.0310969949357	0.0347896711616	0.221860699786	-0.0193274672588	0.0253156404142	0.19144055706	-0.0532805022815	0.304689618807	-35.2496210608	-1.97806681452	-1.89947091647
4	5.25182502748	-0.587579618044	-0.0756586701357	3.60059491411	-1.77014164633	8.22268758582	-0.104375056788	0.830367140279	0.22263292964	-0.0397041420529	0.23076941505	-0.297317824752	-0.46925399282	0.762290345685	-0.140052489528	0.223848077467	-0.10466840381	0.0329626840326	0.414918137646	-0.0405751724845	0.422738074004	-24.524987436	2.27784911106	-8.70009492335
5	5.54773400219	0.46911615233	1.26271542439	1.87132901142	-0.545692608358	0.898176831215	-0.359136916246	-1.0950870531	-0.736809162364	0.145384795432	0.35716893979	-0.719088026651	0.289729965561	0.774704538114	0.122357968808	0.415907628099	0.224080400413	-0.0662675174246	0.995398942411	-0.128526294878	0.714879016892	-6.3995369678	-1.71917467249	16.4810510411
6	8.3531260912	-1.97282391398	-1.84583447347	1.23690572136	0.776324132812	3.39529058203	-0.179404023231	-0.857947115892	0.791684060701	-0.122940328568	0.294267554735	-0.331035714953	0.00997831716089	0.476370653821	-0.0898326320529	0.380126168361	0.135098632318	-0.0673731332849	0.58290611755	-0.05686424012	0.581381677554	-6.14663532307	0.524675143367	10.3311022042
7	6.32718426761	2.06379035544	-1.58245277949	2.28198937923	-2.30696598193	2.3121104946	0.449060336771	-1.36734959318	1.47923894534	0.60011408249	-0.00555775632078	-0.798470524585	-0.73125180015	1.00415156818	-0.240824711479	0.512785889507	-0.0266692039943	-0.0771867142081	1.0927386011	-0.436426079997	1.16044918694	-2.44299090717	9.35880007836	15.012264844
8	8.41830946704	1.00965022622	1.07486732385	2.45040667724	-1.75426165185	1.67063511302	0.230535453609	-0.799451460548	1.17482387623	0.650140201836	0.437467688227	-1.07516319493	-0.195037763506	1.36905077564	-0.128269055196	0.531723702934	0.136736564081	-0.189949366638	1.26381819886	-0.636786668495	1.07908965411	-5.62987849085	7.9270811703	20.0967660603
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31	0.0428814954923	0.18803666388	0.0760000357491	1.09073897916	-0.448726838944	0.59452622548	-0.284285917775	-1.2764212805	-0.320095766982	1.13152600622	0.211430156285	-0.0467200240292	-0.0702634906293	0.382849283333	-0.0712697278764	1.22160541423	0.400605003833	-0.205882463022	1.97554321186	0.166440756034	0.560499540227	-25.3628634503	-71.7659331807	56.3035653488
32	0.0908163567253	-0.450336155865	0.498907367501	2.23184097681	-2.58151986856	8.79972019024	-0.210592190451	-0.940859542664	-0.0131773822745	0.803587021902	0.181904813598	-0.245004193843	0.514882621595	0.347395797652	0.0136787740019	1.13163905271	0.370893383635	-0.152649340362	1.6456276452	0.00316340939844	0.583351937979	-29.5373117834	-76.0523991134	54.5296301876
33	5.54062213101	-0.572251250449	-1.70070636759	4.87366271886	1.06841567198	5.88122619602	-0.00416426400172	-0.650747817616	0.459974108175	0.734568796336	0.083049172033	0.398886138623	0.0272513188467	-0.456202891439	-0.0848244175616	0.410171793714	0.0922959181399	0.0915806909559	0.407795838929	-0.0298079177269	0.349326338969	-54.3498757376	-61.7549464589	34.3464917717
34	0.017848756409	0.0572892765537	-0.21182836234	0.98989221025	0.477179657033	0.671167348905	-0.0270062820318	-0.730748297207	0.0391003484481	0.901969869877	0.0908699693837	-0.248049159683	0.120555974068	1.00942568392	0.0544751019465	1.10645273462	0.117090241475	-0.237894622884	1.71180043163	-0.115504955591	0.464068074188	-32.4030751412	-61.1217975345	59.3561881932

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 1 through 40 )	A	A	1 - 40	1 - 40
2	2	chain 'A' and (resid 41 through 62 )	A	A	41 - 62	41 - 62
3	3	chain 'A' and (resid 63 through 93 )	A	A	63 - 93	63 - 93
4	4	chain 'A' and (resid 94 through 114 )	A	A	94 - 114	94 - 114
5	5	chain 'A' and (resid 115 through 150 )	A	A	115 - 150	115 - 146
6	6	chain 'A' and (resid 151 through 190 )	A	A	151 - 190	147 - 186
7	7	chain 'A' and (resid 191 through 208 )	A	A	191 - 208	187 - 204
8	8	chain 'A' and (resid 209 through 218 )	A	A	209 - 218	205 - 214
9	9	chain 'B' and (resid 1 through 95 )	B	C	1 - 95	1 - 95
10	10	chain 'B' and (resid 96 through 216 )	B	C	96 - 216	96 - 216
11	11	chain 'C' and (resid 1 through 17 )	C	D	1 - 17	1 - 17
12	12	chain 'C' and (resid 18 through 40 )	C	D	18 - 40	18 - 40
13	13	chain 'C' and (resid 41 through 62 )	C	D	41 - 62	41 - 62
14	14	chain 'C' and (resid 63 through 78 )	C	D	63 - 78	63 - 78
15	15	chain 'C' and (resid 79 through 93 )	C	D	79 - 93	79 - 93
16	16	chain 'C' and (resid 94 through 116 )	C	D	94 - 116	94 - 116
17	17	chain 'C' and (resid 117 through 162 )	C	D	117 - 162	117 - 158
18	18	chain 'C' and (resid 163 through 182 )	C	D	163 - 182	159 - 178
19	19	chain 'C' and (resid 183 through 208 )	C	D	183 - 208	179 - 204
20	20	chain 'C' and (resid 209 through 219 )	C	D	209 - 219	205 - 215
21	21	chain 'D' and (resid 1 through 25 )	D	F	1 - 25	1 - 25
22	22	chain 'D' and (resid 26 through 37 )	D	F	26 - 37	26 - 37
23	23	chain 'D' and (resid 38 through 216 )	D	F	38 - 216	38 - 216
24	24	chain 'E' and (resid 1 through 116 )	E	H	1 - 116	1 - 116
25	25	chain 'E' and (resid 117 through 180 )	E	H	117 - 180	117 - 174
26	26	chain 'E' and (resid 181 through 220 )	E	H	181 - 220	175 - 209
27	27	chain 'F' and (resid 1 through 53 )	F	J	1 - 53	1 - 53
28	28	chain 'F' and (resid 54 through 118 )	F	J	54 - 118	54 - 118
29	29	chain 'F' and (resid 119 through 216 )	F	J	119 - 216	119 - 216
30	30	chain 'G' and (resid 1 through 114 )	G	K	1 - 114	1 - 114
31	31	chain 'G' and (resid 115 through 150 )	G	K	115 - 150	115 - 150
32	32	chain 'G' and (resid 151 through 219 )	G	K	151 - 219	151 - 219
33	33	chain 'H' and (resid 1 through 95 )	H	N	1 - 95	1 - 95
34	34	chain 'H' and (resid 96 through 217 )	H	N	96 - 217	96 - 217

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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