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Yorodumi- PDB-7tus: Sculpting a uniquely reactive cysteine residue for site-specific ... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 7tus | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Sculpting a uniquely reactive cysteine residue for site-specific antibody conjugation | ||||||
Components |
| ||||||
Keywords | IMMUNE SYSTEM / Antibody therapeutics / antibody-drug conjugate / catalytic antibody / protein modification / engineered cysteine | ||||||
| Function / homology | Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / DI(HYDROXYETHYL)ETHER Function and homology information | ||||||
| Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.4 Å | ||||||
Authors | Park, H. / Rader, C. | ||||||
| Funding support | United States, 1items
| ||||||
Citation | Journal: Bioconjug.Chem. / Year: 2022Title: Sculpting a Uniquely Reactive Cysteine Residue for Site-Specific Antibody Conjugation. Authors: Hwang, D. / Nilchan, N. / Park, H. / Roy, R.N. / Roush, W.R. / Rader, C. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 7tus.cif.gz | 748.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb7tus.ent.gz | 554.8 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 7tus.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 7tus_validation.pdf.gz | 525.5 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 7tus_full_validation.pdf.gz | 572.8 KB | Display | |
| Data in XML | 7tus_validation.xml.gz | 65.6 KB | Display | |
| Data in CIF | 7tus_validation.cif.gz | 89.9 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tu/7tus ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tu/7tus | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 6u85S S: Starting model for refinement |
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| Similar structure data | Similarity search - Function & homology F&H Search |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| 3 | ![]()
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| 4 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
-Antibody , 2 types, 8 molecules ACEGBDFH
| #1: Antibody | Mass: 23951.766 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: ![]() #2: Antibody | Mass: 23979.693 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: ![]() |
|---|
-Non-polymers , 4 types, 249 molecules 






| #3: Chemical | ChemComp-PEG / #4: Chemical | ChemComp-SO4 / #5: Chemical | ChemComp-MG / | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Details
| Has ligand of interest | N |
|---|---|
| Has protein modification | Y |
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.75 Å3/Da / Density % sol: 55.35 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion / Details: PEG 3350, Ammonium sulfate, Bis-Tris |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-D / Wavelength: 1.12723 Å |
| Detector | Type: DECTRIS EIGER X 9M / Detector: PIXEL / Date: Feb 4, 2021 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 1.12723 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.4→39.95 Å / Num. obs: 147073 / % possible obs: 98 % / Redundancy: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 44.42 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 9.5 |
| Reflection shell | Resolution: 2.4→2.5 Å / Rmerge(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 4513 / CC1/2: 0.692 |
-
Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 6U85 Resolution: 2.4→39.95 Å / SU ML: 0.3325 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 0.01 / Phase error: 28.4536 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 76.12 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.4→39.95 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Homo sapiens (human)
X-RAY DIFFRACTION
United States, 1items
Citation
PDBj






