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- PDB-7tug: Crystal structure of Tapasin in complex with PaSta2-Fab -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7tug
タイトルCrystal structure of Tapasin in complex with PaSta2-Fab
要素
  • PaSta2 Fab heavy chain
  • PaSta2 Fab kappa light chain
  • Tapasin
キーワードIMMUNE SYSTEM / PaSta / Fab / Antibody / IgG / MHC-I / HLA / peptide loading complex / PLC / antigen presentation / immune response
機能・相同性
機能・相同性情報


MHC class Ib protein complex assembly / peptide antigen stabilization / Tapasin-ERp57 complex / MHC class I protein complex binding / TAP1 binding / TAP2 binding / regulation of protein complex stability / retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum / TAP complex binding / MHC class I protein binding ...MHC class Ib protein complex assembly / peptide antigen stabilization / Tapasin-ERp57 complex / MHC class I protein complex binding / TAP1 binding / TAP2 binding / regulation of protein complex stability / retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum / TAP complex binding / MHC class I protein binding / protein folding chaperone / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / MHC class I peptide loading complex / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / phagocytic vesicle membrane / peptide antigen binding / unfolded protein binding / regulation of gene expression / ER-Phagosome pathway / protein-containing complex assembly / molecular adaptor activity / Golgi membrane / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum
類似検索 - 分子機能
Tapasin / : / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Jiang, J. / Natarajan, K. / Taylor, D.K. / Boyd, L.F. / Margulies, D.H.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Structural mechanism of tapasin-mediated MHC-I peptide loading in antigen presentation.
著者: Jiang, J. / Taylor, D.K. / Kim, E.J. / Boyd, L.F. / Ahmad, J. / Mage, M.G. / Truong, H.V. / Woodward, C.H. / Sgourakis, N.G. / Cresswell, P. / Margulies, D.H. / Natarajan, K.
履歴
登録2022年2月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年9月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年9月28日Group: Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_related
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: Tapasin
H: PaSta2 Fab heavy chain
L: PaSta2 Fab kappa light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,0334
ポリマ－93,8113
非ポリマー2211
水00
1
D: Tapasin
ヘテロ分子

H: PaSta2 Fab heavy chain
L: PaSta2 Fab kappa light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,0334
ポリマ－93,8113
非ポリマー2211
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_444-x-1/2,-y-1/2,z-1/21
Buried area4210 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area37030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.090, 168.820, 108.660
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Tapasin / TPN / TPSN / NGS-17 / TAP-associated protein / TAP-binding protein


分子量: 44739.641 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TAPBP, NGS17, TAPA / プラスミド: pET21b / 細胞株 (発現宿主): S2
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: O15533
#2: 抗体 PaSta2 Fab heavy chain


分子量: 24792.748 Da / 分子数: 1 / Fragment: Variable and Constant CH1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: pET21b / 細胞株 (発現宿主): Expi 293S / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 PaSta2 Fab kappa light chain


分子量: 24278.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: pET21b / 細胞株 (発現宿主): Expi 293S / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.22 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 17% PEG 10000, 0.1M Bis-Tris, 0.1M Am Acetate / PH範囲: 5.5-8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 273 K / Ambient temp details: LN blow / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.9→54.33 Å / Num. obs: 8241 / % possible obs: 95.4 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 67.65 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.107 / Rpim(I) all: 0.065 / Rrim(I) all: 0.127 / Net I/σ(I): 7.5
反射 シェル解像度: 3.9→4.04 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.85 / Num. unique obs: 692 / CC1/2: 0.477 / Rpim(I) all: 0.851 / % possible all: 80.75

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3F8U

3f8u


解像度: 3.9→54.33 Å / SU ML: 0.6412 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2 / 位相誤差: 34.8533
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3319 409 4.97 %
Rwork0.2822 7826 -
obs0.2846 8235 93.86 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 78.23 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.9→54.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5290 0 14 0 5304
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00215450
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.50717501
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0402879
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0053967
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.33371803
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.9-4.470.35211270.30092456X-RAY DIFFRACTION90.09
4.47-5.620.31761400.28112593X-RAY DIFFRACTION94.31
5.63-54.330.32871420.27052777X-RAY DIFFRACTION97.01

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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