PDB-7tu3: Structure of the L. blandensis dGTPase del55-58 mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7tu3

タイトル

Structure of the L. blandensis dGTPase del55-58 mutant

要素

dGTP triphosphohydrolase

キーワード

HYDROLASE / dGTPase / nucleotide binding

機能・相同性

機能・相同性情報

dGTPase activity / dGTP catabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Leeuwenhoekiella blandensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.17 Å

データ登録者

Sikkema, A.P. / Klemm, B.P. / Horng, J.C. / Hall, T.M.T.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2022
タイトル: High-resolution structures of the SAMHD1 dGTPase homolog from Leeuwenhoekiella blandensis reveal a novel mechanism of allosteric activation by dATP.
著者: Bradley P Klemm / Andrew P Sikkema / Allen L Hsu / James C Horng / Traci M Tanaka Hall / Mario J Borgnia / Roel M Schaaper /

要旨: Deoxynucleoside triphosphate (dNTP) triphosphohydrolases (dNTPases) are important enzymes that may perform multiple functions in the cell, including regulating the dNTP pools and contributing to ...

履歴

登録	2022年2月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年6月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年7月6日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2022年7月20日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.3	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7tu3.cif.gz	548.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7tu3.ent.gz	432.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7tu3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7tu3_validation.pdf.gz	479.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7tu3_full_validation.pdf.gz	491 KB	表示
XML形式データ	7tu3_validation.xml.gz	44.9 KB	表示
CIF形式データ	7tu3_validation.cif.gz	63.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tu/7tu3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tu/7tu3	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	26126C 26127C 26128C 26129C 7tu0C 7tu1C 7tu2C 7tu4C 7tu5C 7tu6C 7tu7C 7tu8C 3bg2S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: dGTP triphosphohydrolase

B: dGTP triphosphohydrolase

C: dGTP triphosphohydrolase

ヘテロ分子

158 kDa, 3 ポリマー
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1

A: dGTP triphosphohydrolase

B: dGTP triphosphohydrolase

C: dGTP triphosphohydrolase

ヘテロ分子

A: dGTP triphosphohydrolase

B: dGTP triphosphohydrolase

C: dGTP triphosphohydrolase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, Runs as single peak, approximately homohexamer in size
315 kDa, 6 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	181.410, 181.410, 110.858
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2
Space group name Hall	P4abw2nw
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4 #3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4 #4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4 #5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4 #6: -x,-y,z+1/2 #7: y,x,-z #8: -y,-x,-z+1/2

#1: タンパク質	dGTP triphosphohydrolase 分子量: 52296.719 Da / 分子数: 3 / 変異: del55-58 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Leeuwenhoekiella blandensis (バクテリア) 株: CECT 7118 / CCUG 51940 / MED217 / 遺伝子: MED217_16760 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A3XHN1
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 180 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 3.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.71 % 解説: crystal grew as square bipyramid, approximately 400 microns per side
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: Crystal grown in 1ul:1ul drops of well solution (0.6M Sodium Potassium Tartrate, 0.2M Lithium Sulfate, 0.1M Bis-Tris pH 6.5) and 10mg/mL protein. Cryoprotected by soaking in well solution ...詳細: Crystal grown in 1ul:1ul drops of well solution (0.6M Sodium Potassium Tartrate, 0.2M Lithium Sulfate, 0.1M Bis-Tris pH 6.5) and 10mg/mL protein. Cryoprotected by soaking in well solution with 30% ethylene glycol added

結晶

マシュー密度: 3.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.71 %
解説: crystal grew as square bipyramid, approximately 400 microns per side

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Crystal grown in 1ul:1ul drops of well solution (0.6M Sodium Potassium Tartrate, 0.2M Lithium Sulfate, 0.1M Bis-Tris pH 6.5) and 10mg/mL protein. Cryoprotected by soaking in well solution ...

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月1日詳細: Si 111. Rosenbaum-Rock double-crystal monochromator: liquid nitrogen cooled; sagitally focusing 2nd crystal, Rosenbaum-Rock vertical focusing mirror
放射	モノクロメーター: double crystal - liquid nitrogen cooled プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.17→40 Å / Num. obs: 97009 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 14.8 % / B_iso Wilson estimate: 55.76 Å² / CC_1/2: 0.996 / CC star: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.154 / R_rim(I) all: 0.16 / Net I/σ(I): 8.88
反射シェル	解像度: 2.17→2.3 Å / 冗長度: 14.1 % / R_merge(I) obs: 1.243 / Mean I/σ(I) obs: 1.04 / Num. unique obs: 14855 / CC_1/2: 0.745 / CC star: 0.924 / R_rim(I) all: 1.289 / % possible all: 95.4

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3BG2

3bg2

解像度: 2.17→39.89 Å / SU ML: 0.2891 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 24.4621
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2223	3047	1.65 %
R_work	0.1939	181979	-
obs	0.1944	96798	98.88 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 67.29 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.17→39.89 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10165	0	50	180	10395

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0088	10388
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9989	14017
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0563	1549
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0066	1814
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.134	3820

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.17-2.2	0.3645	115	0.3448	6497	X-RAY DIFFRACTION	77.91
2.2-2.24	0.3348	135	0.3092	8313	X-RAY DIFFRACTION	99.14
2.24-2.28	0.31	137	0.2898	8342	X-RAY DIFFRACTION	100
2.28-2.32	0.3055	140	0.2754	8345	X-RAY DIFFRACTION	100
2.32-2.36	0.2942	145	0.2708	8391	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.36-2.41	0.2459	140	0.2584	8362	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.41-2.46	0.2827	139	0.247	8354	X-RAY DIFFRACTION	100
2.46-2.52	0.2722	136	0.2274	8379	X-RAY DIFFRACTION	99.99
2.52-2.58	0.2375	145	0.2318	8360	X-RAY DIFFRACTION	100
2.58-2.65	0.2739	133	0.2135	8369	X-RAY DIFFRACTION	100
2.65-2.73	0.2403	141	0.223	8364	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.73-2.82	0.2276	140	0.2152	8405	X-RAY DIFFRACTION	100
2.82-2.92	0.31	136	0.2406	8357	X-RAY DIFFRACTION	100
2.92-3.04	0.2628	137	0.221	8349	X-RAY DIFFRACTION	100
3.04-3.18	0.2481	138	0.2262	8314	X-RAY DIFFRACTION	99.14
3.18-3.34	0.2306	140	0.2101	8318	X-RAY DIFFRACTION	100
3.34-3.55	0.2373	139	0.2163	8379	X-RAY DIFFRACTION	100
3.55-3.83	0.1637	148	0.1737	8381	X-RAY DIFFRACTION	100
3.83-4.21	0.2459	137	0.1653	8357	X-RAY DIFFRACTION	100
4.21-4.82	0.1936	141	0.1603	8382	X-RAY DIFFRACTION	100
4.82-6.07	0.2008	140	0.1798	8349	X-RAY DIFFRACTION	99.76
6.07-39.89	0.1879	145	0.1564	8312	X-RAY DIFFRACTION	99.44

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.47418888693	-0.448680695847	1.17672230557	4.59424918374	-0.689876734999	3.63539653025	0.0395524301951	-0.161431870276	-0.365821671924	-0.0383067615377	-0.0847793837013	-0.263275048534	0.362960013962	0.212826796225	0.0270465719808	0.364699818936	0.0953888073778	0.0426455209509	0.36621189296	0.0743489592147	0.388335920455	152.71	19.633	89.236
2	4.28312541349	-0.950483532988	-0.660124226606	3.16114430039	0.472516662607	3.65753746559	0.033053167835	-0.667510880324	-0.00941842524055	0.41393948174	-0.0248766549325	0.0412396428009	0.2975645357	0.00197115854658	0.00119796187354	0.493363443715	-0.0269072821217	0.042472406003	0.471808876258	0.080729703647	0.39966935588	134.565	21.013	101.013
3	1.89672687951	1.51304377998	-0.016677525293	3.74114036615	-0.0944207026442	0.518114545731	0.0918969110772	-0.350926838752	0.0355916209342	0.285476809908	-0.0552269246965	-0.041266971925	0.109271778078	0.14885316743	-0.0455763005395	0.400558861994	0.0545485520153	-0.0433761383806	0.578737554555	0.0560751388704	0.407322222122	156.708	35.874	100.478
4	2.63323456552	0.226138782598	0.230425549215	2.3197972717	-0.110037687499	0.900689250449	0.167777746001	-0.545880917903	0.200226421725	0.386104079798	-0.170073671029	0.0763428658186	0.056906120916	0.180188722568	-5.72439156355E-5	0.470714892025	0.0149479811199	0.0627388092242	0.565710078053	-0.00512337453163	0.318367692303	142.223	34.673	104.456
5	6.54200657741	-4.64026949876	3.50498870218	3.32355698174	-2.38119507045	4.32671701477	0.121316649226	-0.176930907012	0.573651461113	-0.362280168735	-0.135736602349	0.162934015113	0.177729613726	-0.105121969113	0.0424650839252	0.377471038036	0.0370018648275	0.0152876458722	0.417780281708	0.0178098026754	0.641166941649	120.452	30.469	89.865
6	5.08554169299	2.62379289384	-0.0261667709763	4.16769901807	0.544694879252	4.26281155838	-0.0440832848062	0.309029460284	0.269634481935	-0.127090532189	0.00575990532122	0.292825142923	-0.140152621731	-0.0902146747403	-0.0041728499293	0.477210014881	0.048811412621	-0.0796942625618	0.571685397575	0.00391185600567	0.421716017348	86.846	50.299	66.314
7	1.12614675178	0.184858260522	-0.263134219594	1.43583599011	-0.302931887907	3.52925821137	-0.0832070914718	0.161929700266	-0.190160564474	-0.283303137381	0.0804552707285	0.236065781788	0.338018169358	-0.120265469252	0.0113284134631	0.379032980624	-0.0208778775142	-0.0342225217428	0.493225390006	-0.0163095456839	0.504466071073	88.353	40.503	74.681
8	1.48171499649	0.0447905022438	-0.465217800113	0.921419958396	0.10689246075	2.03387278443	-0.0983778201997	0.257245413302	-0.330052255617	-0.346636394611	0.055789511745	-0.0726963373395	0.506129576824	0.108904907348	0.0385889107433	0.644829726021	-0.00177333325147	0.0232302444622	0.502066977763	-0.0613905289424	0.574228130238	101.52	33.447	65.405
9	5.47196809174	4.31344535964	3.89795209523	5.2293725489	2.53401583016	3.12693632403	0.083018819943	0.274463115153	0.506460438076	0.0839843523387	-0.0321916096287	0.173866224054	-0.0991869340618	0.284187545126	-0.029042820471	0.331114588173	0.0531709816579	0.00785216968113	0.49832523098	0.0270325312328	0.437363863722	101.383	53.167	92.498
10	2.70573275201	-1.00547442718	-0.745610574778	3.82975583194	1.50571150195	4.04921097835	-0.0479203781619	-0.37648458482	0.184213618259	0.410827142122	0.155603590376	-0.11326663711	-0.0287432083085	0.136872785905	-0.0415798498486	0.583378283484	-0.0247248678586	0.014028443312	0.544696502438	-0.10449157983	0.370896985328	125.864	86.071	117.184
11	2.17312615354	0.902522265429	-0.124998449377	5.262753713	1.1273543575	1.14310100812	-0.0557268941016	-0.524117587659	0.0227756741602	0.627416599909	0.00404274957677	0.401283841077	-0.144137070527	-0.211018156257	0.0501872897946	0.647962933607	0.0161247211295	0.134639539706	0.709697210584	-0.00429351483214	0.414076338305	115.773	67.094	119.995
12	1.48734553858	0.00673547245519	0.134833988801	3.11813952894	-1.62808000948	6.40566953091	0.00335441378485	-0.170382313067	0.312536087176	0.0724484088074	0.0990000692516	0.496224972326	0.0367981022735	-0.00343589595089	-0.133708053554	0.368499996821	0.0482727348973	0.0576888706741	0.453283266727	-0.0573635225235	0.503168596453	110.737	87.815	103.762
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14	5.4366499115	-3.12280494916	-4.494342955	7.38726384549	5.62921162849	7.92363680737	0.18055302435	-0.751913485049	-0.737560772447	1.57150678312	-0.21478085481	-0.497707945232	0.442098306233	0.53563071694	-0.156998915384	0.772814090122	0.0342965595172	0.00412633396548	0.69203760539	0.0573821329781	0.541092108884	128.638	45.941	112.835
15	4.5639595518	-1.27097354394	-2.52252896517	7.86226036002	3.87114937394	7.95370376441	0.14128354667	-0.194026782769	-0.0962136277145	-0.253956386861	0.0345565289311	0.0604951675321	-0.814851745637	1.05564105055	-0.128971669396	0.553708970836	0.0102908837031	0.00950825705454	0.60572102943	0.00665174305279	0.432830227251	123.254	56.455	107.971

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 3:110 )	A	3 - 110
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 111:223 )	A	111 - 223
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 224:320 )	A	224 - 320
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN A AND RESID 321:384 )	A	321 - 384
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN A AND RESID 385:437 )	A	385 - 437
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN B AND RESID 2:60 )	B	2 - 60
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN B AND RESID 61:223 )	B	61 - 223
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN B AND RESID 224:384 )	B	224 - 384
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN B AND RESID 385:438 )	B	385 - 438
10	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN C AND RESID 2:110 )	C	2 - 110
11	X-RAY DIFFRACTION	11	( CHAIN C AND RESID 111:223 )	C	111 - 223
12	X-RAY DIFFRACTION	12	( CHAIN C AND RESID 224:320 )	C	224 - 320
13	X-RAY DIFFRACTION	13	( CHAIN C AND RESID 321:384 )	C	321 - 384
14	X-RAY DIFFRACTION	14	( CHAIN C AND RESID 385:407 )	C	385 - 407
15	X-RAY DIFFRACTION	15	( CHAIN C AND RESID 408:437 )	C	408 - 437

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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