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- PDB-7trv: Crystal Structure of the DNA-Binding Domain of the LysR family Tr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7trv
タイトルCrystal Structure of the DNA-Binding Domain of the LysR family Transcriptional Regulator YfbA from Yersinia pestis
要素LysR-family transcriptional regulatory protein
キーワードTRANSCRIPTION / LysR transcriptional regulator / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription factor activity
類似検索 - 分子機能
LysR, substrate-binding / LysR substrate binding domain / LysR-type HTH domain profile. / Transcription regulator HTH, LysR / Bacterial regulatory helix-turn-helix protein, lysR family / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / LysR-family transcriptional regulatory protein
類似検索 - 構成要素
生物種Yersinia pestis CO92 (ペスト菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Kim, Y. / Tesar, C. / Crawford, M. / Chhor, G. / Endres, M. / Babnigg, G. / Schneewind, O. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of the DNA-Binding Domain of the LysR family Transcriptional Regulator YfbA from Yersinia pestis
著者: Kim, Y. / Tesar, C. / Crawford, M. / Chhor, G. / Endres, M. / Babnigg, G. / Schneewind, O. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2022年1月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年2月9日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LysR-family transcriptional regulatory protein
B: LysR-family transcriptional regulatory protein
C: LysR-family transcriptional regulatory protein
D: LysR-family transcriptional regulatory protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,74024
ポリマ－41,4664
非ポリマー1,27420
水3,549197
1
A: LysR-family transcriptional regulatory protein
B: LysR-family transcriptional regulatory protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,39712
ポリマ－20,7332
非ポリマー66410
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4170 Å2
ΔGint-99 kcal/mol
Surface area9690 Å2
手法PISA
2
C: LysR-family transcriptional regulatory protein
D: LysR-family transcriptional regulatory protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,34312
ポリマ－20,7332
非ポリマー61010
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3820 Å2
ΔGint-92 kcal/mol
Surface area10050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)30.943, 146.270, 33.701
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.205, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
LysR-family transcriptional regulatory protein / Putative regulator


分子量: 10366.495 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yersinia pestis CO92 (ペスト菌) / 遺伝子: lysR10, y2171, YP_1951 / プラスミド: pMCSG68 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Gold / 参照: UniProt: Q8D0G2

-
非ポリマー , 5種, 217分子

#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 197 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.73 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.025 M Magnesium sulfate, 0.05 M TRIS HCl pH 8.5, 1.8 M Ammonium sulfate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97942 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年6月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97942 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 27328 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.141 / Rpim(I) all: 0.071 / Rrim(I) all: 0.158 / Net I/σ(I): 13.6
反射 シェル解像度: 1.8→1.83 Å / Rmerge(I) obs: 0.957 / Num. unique obs: 1352 / CC1/2: 0.599 / Rpim(I) all: 0.552 / Rrim(I) all: 1.111 / % possible all: 98

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19_4092精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
MLPHARE位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.8→32.84 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.94 / 位相誤差: 26.6024
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.232 1428 5.31 %
Rwork0.1873 25747 -
obs0.1957 27192 98.38 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 32.83 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→32.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2816 0 65 197 3078
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0022961
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.38263982
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0317435
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003512
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.26451114
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.860.33881210.30752382X-RAY DIFFRACTION86.56
1.86-1.940.32771420.27122609X-RAY DIFFRACTION94.26
1.94-2.030.26951360.24922562X-RAY DIFFRACTION93.57
2.03-2.130.27911510.24752579X-RAY DIFFRACTION93.61
2.13-2.270.25221290.23242626X-RAY DIFFRACTION94.7
2.27-2.440.25911240.21072611X-RAY DIFFRACTION94.84
2.44-2.690.2831510.21162592X-RAY DIFFRACTION93.44
2.69-3.080.24491610.19872612X-RAY DIFFRACTION93.75
3.08-3.880.20021450.16162595X-RAY DIFFRACTION94.23
3.88-32.840.2181670.15122597X-RAY DIFFRACTION93.22
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3026268822440.3140145147930.2383844875861.260824648470.05553355398992.12107191948-0.0415856954923-0.01060518725430.185339009256-0.0882569531486-0.0126190155084-0.0383841342823-0.0844212882328-0.09209085059240.02792206345720.1818147740020.003544069842270.0314630308190.1512468185390.01143737337420.6946133639923.4627922820312.985917395310.9660352024
22.17660223916-1.948488260211.145688671345.07271195669-2.430469993052.02989235574-0.118991205388-0.01857587980.4301532208230.374363053859-0.119944954712-0.364617425018-0.1011165769940.02692904104480.3094773663740.256037658291-0.01816999186970.03892852492780.163444453333-0.03442587942520.5647828763971.783209388883.7908843655922.0452627409
30.7806729288930.545342067018-0.1823631468371.807736966210.1646593586140.989370518943-0.04858975162050.1577517306240.18700050672-0.0959238098518-0.07531702558560.09726618175050.0379821151647-0.03287863293120.1357102333360.2125969418120.01948121684560.007555723185660.1845708804990.02701885544690.57242702865511.7331298233-10.189293821411.7417014599
41.99370492433-0.2235525305130.6135047529450.577326249308-0.3448634894620.892728163378-0.0362067205821-0.0644656227092-0.103160297756-0.0009304564460630.0210940880502-0.04478046413840.0853468254913-0.0340285555301-0.01127919807790.161773033449-0.02073293258750.004599962675030.1573789009340.04042745849060.7435934729434.17018205115-9.2555473637218.6804819547
53.644983668310.243391098626-0.3693580211370.499933550577-0.4251630259683.594251958170.0839943844259-0.052166071468-0.00329784795452-0.109168219262-0.0141027200418-0.1862489671970.2287585788260.147556675891-0.04876746679990.239021261282-0.006788847472070.002232078532420.124974436662-0.02943657919740.31592283800311.889115851124.2826165837-5.80158684738
62.34137490906-2.49197386841-1.178542689314.818468179091.921865109351.81203755625-0.172320423325-0.363609163215-0.5335473857970.449176021511-0.04815215189040.3501102114740.2010552354790.03520593462810.2046144633640.233256161941-0.03165932828810.001119066934470.2170349217750.0111744827480.52657242288313.027048519733.85692380725.34572117311
73.58488838011.098824364870.8563624592124.382079515721.496570625722.022528344430.1122963315140.0338841026864-0.250928410307-0.110509930498-0.231987938115-0.1081082231180.0562676962580.06301548471780.07953809358650.138712398310.009387266174730.01845204841550.189714970922-0.02317921862540.5120365838096.5130143570243.6017144734-1.73550620173
80.687893604441.735129506480.9253216015135.496757097411.351780680562.1311902085-0.03087277213060.271296719110.0164602736468-0.3442474553570.305211630994-0.2172466865960.04579420443640.119058623983-0.193650984270.278365182685-0.04021863323680.05599814428410.293055805099-0.000995277960490.5904557659596.6209373953452.6996523543-11.0175490271
90.489782851106-0.0108375110113-0.01202691520043.49214178887-1.911035904621.47422936413-0.05126770997790.03754773094850.259594634362-0.2108284394570.01461559317910.07841849636320.0957949574283-0.02489872824280.006088176185910.200381356990.000920872796381-0.07737661765980.167272774906-0.02897986215640.763235630656-2.4555825725746.2849104049-3.77407153002
107.738967934261.76180603784-1.368546743430.921034391761.155674475554.383112382820.2012826423750.2581929998710.852721782963-0.281298335047-0.195951498703-0.224305797332-0.775299016928-0.129758925311-0.07248097770740.318661483237-0.002013477733480.04047878736960.197923434156-0.0177428517040.424127258861-0.26889670966458.05711276763.00160981174
114.46392746024-1.30460932257-1.631128625461.226859065980.7115181297281.222994744540.253080918968-0.1667830523220.270766062844-0.1011294817870.0194151457301-0.464217918568-0.1564669165540.116574868565-0.1522560359940.232027444623-0.0198674959401-0.0006541306577560.163456263162-0.02560127974480.35488073351616.09117271742.47848872790.964733155493
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid -2 through 59 )AA-2 - 591 - 62
22chain 'A' and (resid 60 through 86 )AA60 - 8663 - 89
33chain 'B' and (resid 0 through 44 )BD0 - 441 - 45
44chain 'B' and (resid 45 through 87 )BD45 - 8746 - 86
55chain 'C' and (resid -2 through 59 )CJ-2 - 591 - 62
66chain 'C' and (resid 60 through 86 )CJ60 - 8663 - 89
77chain 'D' and (resid -1 through 16 )DM-1 - 161 - 18
88chain 'D' and (resid 17 through 29 )DM17 - 2919 - 31
99chain 'D' and (resid 30 through 44 )DM30 - 4432 - 46
1010chain 'D' and (resid 45 through 59 )DM45 - 5947 - 61
1111chain 'D' and (resid 60 through 87 )DM60 - 8762 - 89

+
万見について

-
お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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