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- PDB-7trl: Crystal structure of human BIRC2 BIR3 domain in complex with hist... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7trl
タイトルCrystal structure of human BIRC2 BIR3 domain in complex with histone H3
要素
  • Baculoviral IAP repeat-containing protein 2
  • Histone H3
キーワードAPOPTOSIS / Nuclear protein / inhibitor / histone H3 / DNA binding
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of ripoptosome assembly involved in necroptotic process / FBXO family protein binding / positive regulation of protein monoubiquitination / regulation of RIG-I signaling pathway / positive regulation of protein K48-linked ubiquitination / regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / TNF receptor superfamily (TNFSF) members mediating non-canonical NF-kB pathway / regulation of necroptotic process / regulation of nucleotide-binding domain, leucine rich repeat containing receptor signaling pathway / positive regulation of protein K63-linked ubiquitination ...negative regulation of ripoptosome assembly involved in necroptotic process / FBXO family protein binding / positive regulation of protein monoubiquitination / regulation of RIG-I signaling pathway / positive regulation of protein K48-linked ubiquitination / regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / TNF receptor superfamily (TNFSF) members mediating non-canonical NF-kB pathway / regulation of necroptotic process / regulation of nucleotide-binding domain, leucine rich repeat containing receptor signaling pathway / positive regulation of protein K63-linked ubiquitination / CD40 receptor complex / XY body / negative regulation of necroptotic process / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity involved in apoptotic process / non-canonical NF-kappaB signal transduction / TNFR1-induced proapoptotic signaling / RIPK1-mediated regulated necrosis / regulation of reactive oxygen species metabolic process / regulation of toll-like receptor signaling pathway / regulation of innate immune response / Apoptotic cleavage of cellular proteins / necroptotic process / regulation of cell differentiation / response to cAMP / canonical NF-kappaB signal transduction / TICAM1, RIP1-mediated IKK complex recruitment / positive regulation of protein ubiquitination / IKK complex recruitment mediated by RIP1 / TNFR1-induced NF-kappa-B signaling pathway / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / placenta development / Regulation of TNFR1 signaling / ubiquitin binding / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / NOD1/2 Signaling Pathway / Regulation of necroptotic cell death / RING-type E3 ubiquitin transferase / cytoplasmic side of plasma membrane / protein polyubiquitination / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / regulation of cell population proliferation / protein-folding chaperone binding / transferase activity / regulation of inflammatory response / response to ethanol / regulation of apoptotic process / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / transcription coactivator activity / response to hypoxia / cell surface receptor signaling pathway / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / Ub-specific processing proteases / regulation of cell cycle / apoptotic process / negative regulation of apoptotic process / protein-containing complex binding / zinc ion binding / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
BIRC2/BIRC3, UBA domain / : / BIRC2/3-like, UBA domain / : / Caspase recruitment domain / BIR repeat. / BIR repeat / Inhibitor of Apoptosis domain / BIR repeat profile. / Baculoviral inhibition of apoptosis protein repeat ...BIRC2/BIRC3, UBA domain / : / BIRC2/3-like, UBA domain / : / Caspase recruitment domain / BIR repeat. / BIR repeat / Inhibitor of Apoptosis domain / BIR repeat profile. / Baculoviral inhibition of apoptosis protein repeat / CARD domain / CARD caspase recruitment domain profile. / Caspase recruitment domain / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Death-like domain superfamily / Ring finger / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Baculoviral IAP repeat-containing protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.74 Å
データ登録者Klein, B.J. / Tencer, A.H. / Kutateladze, T.G.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2023
タイトル: Molecular basis for nuclear accumulation and targeting of the inhibitor of apoptosis BIRC2.
著者: Tencer, A.H. / Yu, Y. / Causse, S.Z. / Campbell, G.R. / Klein, B.J. / Xuan, H. / Cartier, J. / Miles, M.A. / Gaurav, N. / Zadoroznyj, A. / Holt, T.A. / Wen, H. / Hawkins, C.J. / Spector, S.A. ...著者: Tencer, A.H. / Yu, Y. / Causse, S.Z. / Campbell, G.R. / Klein, B.J. / Xuan, H. / Cartier, J. / Miles, M.A. / Gaurav, N. / Zadoroznyj, A. / Holt, T.A. / Wen, H. / Hawkins, C.J. / Spector, S.A. / Dubrez, L. / Shi, X. / Kutateladze, T.G.
履歴
登録2022年1月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年8月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年8月16日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年9月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Baculoviral IAP repeat-containing protein 2
B: Histone H3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,5739
ポリマ－12,1352
非ポリマー4387
水61334
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: assay for oligomerization, NMR titration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1240 Å2
ΔGint2 kcal/mol
Surface area6170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)33.655, 34.972, 35.605
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 103.870, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Baculoviral IAP repeat-containing protein 2 / Cellular inhibitor of apoptosis 1 / C-IAP1 / IAP homolog B / Inhibitor of apoptosis protein 2 / ...Cellular inhibitor of apoptosis 1 / C-IAP1 / IAP homolog B / Inhibitor of apoptosis protein 2 / hIAP-2 / hIAP2 / RING finger protein 48 / RING-type E3 ubiquitin transferase BIRC2 / TNFR2-TRAF-signaling complex protein 2


分子量: 10826.264 Da / 分子数: 1 / 断片: BIR3 domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BIRC2, API1, MIHB, RNF48 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13490, RING-type E3 ubiquitin transferase
#2: タンパク質・ペプチド Histone H3


分子量: 1308.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 26.63 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1 M SPG buffer (2:7:7 molar ratio of succinic acid:sodium dihydrogen phosphate: glycine), 25% PEG 1,500

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.73→50 Å / Num. obs: 8045 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 20.27 Å2 / Rpim(I) all: 0.026 / Net I/σ(I): 21.8
反射 シェル解像度: 1.73→1.76 Å / Num. unique obs: 334 / Rpim(I) all: 0.293

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3D9T

3d9t


解像度: 1.74→24.58 Å / SU ML: 0.1911 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.8459
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.206 769 10.07 %
Rwork0.1623 6866 -
obs0.1667 7635 91.51 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 22.72 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.74→24.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数767 0 25 34 826
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.017819
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.39281095
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0741104
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0091142
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.2778110
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.74-1.880.23771070.1935971X-RAY DIFFRACTION64.63
1.88-2.070.22681560.1761370X-RAY DIFFRACTION93.73
2.07-2.370.24131660.15611500X-RAY DIFFRACTION99.46
2.37-2.980.1981660.16951493X-RAY DIFFRACTION100
2.98-24.580.18961740.15461532X-RAY DIFFRACTION99.65

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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