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- PDB-7tri: Human antibody S8V1-172 in complex with the influenza hemagglutin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7tri
タイトルHuman antibody S8V1-172 in complex with the influenza hemagglutinin head domain of A/Sydney/05/1997(H3N2)
要素
  • Hemagglutinin
  • S8V1-172 Fab heavy chain
  • S8V1-172 Fab kappa light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM/VIRAL PROTEIN / influenza / antibody / neutralizing / IMMUNE SYSTEM / IMMUNE SYSTEM-VIRAL PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / Immunoglobulins / Alpha-Beta Complex / Immunoglobulin-like ...Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / Immunoglobulins / Alpha-Beta Complex / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者McCarthy, K.R.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: Plos Biol. / 年: 2023
タイトル: A new class of antibodies that overcomes a steric barrier to cross-group neutralization of influenza viruses.
著者: Simmons, H.C. / Watanabe, A. / Oguin Iii, T.H. / Van Itallie, E.S. / Wiehe, K.J. / Sempowski, G.D. / Kuraoka, M. / Kelsoe, G. / McCarthy, K.R.
履歴
登録2022年1月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年8月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月3日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Hemagglutinin
Y: S8V1-172 Fab kappa light chain
Z: S8V1-172 Fab heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,9116
ポリマ－81,1523
非ポリマー1,7603
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)94.700, 94.700, 248.840
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Space group name HallP322"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+2/3
#3: -x+y,-x,z+1/3
#4: x-y,-y,-z+1/3
#5: -x,-x+y,-z+2/3
#6: y,x,-z

-
要素

#1: タンパク質 Hemagglutinin


分子量: 32836.973 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A/Sydney/5/1997(H3N2)) (A型インフルエンザウイルス)
発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9Q8C9
#2: 抗体 S8V1-172 Fab kappa light chain


分子量: 23231.764 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 S8V1-172 Fab heavy chain


分子量: 25083.072 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}LINUCSPDB-CARE
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.94 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M tris(hydroxymethyl)aminomethane pH 8.5 and 25% (w/v) poly(ethylene glycol) 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97911 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97911 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.6→49.56 Å / Num. obs: 15613 / % possible obs: 99.46 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 117.69 Å2 / CC1/2: 0.996 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.04592 / Net I/σ(I): 12.72
反射 シェル解像度: 3.6→3.729 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.3232 / Num. unique obs: 1543 / CC1/2: 0.709 / CC star: 0.911 / % possible all: 99.87

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6XPZ, 6MHR, 6E4X

6xpz

6mhr

6e4x


解像度: 3.6→49.56 Å / SU ML: 0.4992 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.4627
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2682 789 5.05 %
Rwork0.2329 14822 -
obs0.2347 15611 99.52 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 118.51 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.6→49.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5403 0 150 0 5553
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00295682
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.60517730
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0713892
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051977
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.0764828
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.6-3.820.33351140.29472429X-RAY DIFFRACTION99.84
3.82-4.120.33071500.26482421X-RAY DIFFRACTION99.73
4.12-4.530.26231400.23612417X-RAY DIFFRACTION99.69
4.53-5.190.24371180.21312449X-RAY DIFFRACTION99.53
5.19-6.530.26851310.24412495X-RAY DIFFRACTION99.66
6.54-49.560.24481360.21122611X-RAY DIFFRACTION98.71
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.333139727933.80868457006-4.986530428676.54400231297-4.753233944497.255073931850.6030953392262.227158682780.959476581049-0.9952824987291.06488838320.0884050837183-0.12680199659-0.838772633332-1.966574416211.131406222830.1537597651960.1612281093931.672755165180.1167976470111.2283786377412.337-18.453-3.087
21.899068552891.73910588167-1.195354996334.74807319594-3.591913595752.78064462218-0.4693094184280.876205452190.476934229666-0.5096770326740.2334153590061.125646999431.25794808494-0.489548024061-0.1320255123861.27194034986-0.2178595226730.1247636814781.06902612289-0.1199603704851.04236483727.705-32.3777.2
30.92977527120.03602111851290.5549423361216.10818212383-3.492470971592.55170453895-0.2832779273710.321876331833-0.0981414275799-0.2614816249250.487854339775-0.3188596348550.5286533901790.295525928562-0.02853469057010.886946021353-0.05368936418460.03233757927761.112762093980.008891129187780.96806723988510.897-29.09718.102
41.39047202631.28233984595-1.265624849665.0738545512-2.478341909563.05567459413-0.2946425313150.17055133685-0.168412063884-0.6004167679630.1755552732170.4361376279270.788704684106-0.1611360638080.05080187406031.095778680060.005273396688340.03999694146711.08794684554-0.1323107597761.153032260197.373-44.66418.333
51.805179554990.263405361181-0.1396923870484.900058811270.216513363671.98627998145-0.3551268987650.467455034021-0.4597649538-1.226384533180.369775250175-0.5356123568340.796815473791-0.2145253685280.3150750302431.186110262260.09596495546570.08162018748831.2054062341-0.1076600364740.99500032252916.25-48.87510.991
63.64313875065-0.174691114408-1.298750575246.478911437072.280900778496.03523592877-0.1871859242650.128071674975-0.359560348362-0.2739554156870.6071570929-0.3497037131140.6725226382250.4200050582550.2722946245131.141767072720.1012172714680.08392606708881.090834347840.06239294368051.1284226797318.199-47.83427.475
72.60821160864-0.00892568112893-0.1296818880165.351005985830.5577333917843.7447849521-0.564310011890.01814413261170.383160031518-0.4588203502080.438442614861-0.816228276712-0.2124789442670.6448729324240.1939329645520.909865251380.1157606962520.1371068074811.233579823990.2566313267991.0348705894416.392-40.71922.018
84.33722058587-0.36059620053-1.746294938528.95578691056-4.920205907885.5449709255-0.6962855051330.14412145835-1.07664108833-0.9978193092720.00277036551207-0.9037036757930.678900300576-0.09815293358660.6024551966140.717022493093-0.04580844685260.1043287476131.01778450677-0.1262563197470.8895332189613.886-36.9238.333
96.509091133440.002903495548441.314356486777.19846834538-4.850649112765.43939978851-0.5305784314592.077522162-0.0412056735574-1.44118987931-0.727718199386-0.08382625076480.619500437793-0.8194259193730.2782189288861.17404308249-0.01568982633090.1443871072841.612881269590.1453247610151.0882606546713.489-17.132-6.424
102.107652292664.86955151016-3.903700587987.21805584408-3.00971594422.64104069829-0.6207396129441.74829764206-0.254140148285-2.017498181060.417618188059-1.27200159363-0.478996000721-0.4907758641540.6273975944131.308687092520.0899442584980.2460215895161.711751159740.2117961900041.2568303816823.984-16.089-6.518
115.65950853472-5.61351662889-1.490534594835.691863726731.43635951610.416335700897-0.51848770361.254126123782.0503117170.2017425776260.133417990031-0.3659877410710.178720945155-1.404606080060.4340680291481.65291877617-0.3729316163630.01662115078941.52415436225-0.06878964602571.5089399170630.446-8.434-0.423
129.127230444251.538312603210.06289327285777.53626323802-1.487691173088.247335507960.03271241020040.7338416968160.522512587337-0.6250678759890.1176857408250.1856451554360.6386470710290.0359035264182-0.1939381559350.818317940322-0.06255282288940.002330714582620.7643781501290.09438962553810.686939366897-17.596-48.05132.312
133.292759320622.57297524709-1.553007236326.88113317538-3.212479767773.62694297414-0.4344368484760.0773973182634-0.0755559954549-0.7904967965270.371451639848-0.3515195175240.3893871893990.07631970736730.1232806876560.5979766613230.0283044460749-0.09652898234710.6390567382360.04381482904730.755290562406-26.495-59.51844.129
141.61132178465-0.181502910030.6510505417533.35235362651-1.34489697867.39028526861-0.03171555055630.1470238613990.225089232676-0.3699513222960.1953407532880.929470675573-0.0099151881944-0.671206848781-0.2594067334280.748879582409-0.047660732332-0.2212355420880.8593389347230.02080684592560.96575030949-42.497-68.09753.377
151.287190602810.505866090122-0.3226810566334.33407691862-1.329539454966.804667660440.192622295424-0.233516463066-0.297927944804-0.218434137744-0.27380217396-0.3910439237380.3374350124510.587324513788-0.01062026649930.5739975286590.0651906022852-0.05322708861370.9686647205190.04838741006990.887839040327-4.67-49.77351.313
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171.878256174971.24524179161-0.8779598807348.422731931535.081887466174.78367681273-0.0522798301038-0.100058421925-0.4059372536990.05421375966030.0104907727217-0.3884288571720.335144285480.3883826298480.007778130890270.8525050824370.0686661006057-0.05566298044960.8482353315010.1086980641730.750844807284-25.758-73.6657.027
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN B AND RESID 41:65 )B41 - 65
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN B AND RESID 66:89 )B66 - 89
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN B AND RESID 90:104 )B90 - 104
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN B AND RESID 105:165 )B105 - 165
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN B AND RESID 166:184 )B166 - 184
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN B AND RESID 185:214 )B185 - 214
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN B AND RESID 215:245 )B215 - 245
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN B AND RESID 246:275 )B246 - 275
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN B AND RESID 276:288 )B276 - 288
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN B AND RESID 289:308 )B289 - 308
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN B AND RESID 327:330 )B327 - 330
12X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN Y AND RESID 1:75 )Y1 - 75
13X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN Y AND RESID 76:127 )Y76 - 127
14X-RAY DIFFRACTION14( CHAIN Y AND RESID 128:211 )Y128 - 211
15X-RAY DIFFRACTION15( CHAIN Z AND RESID 1:119 )Z1 - 119
16X-RAY DIFFRACTION16( CHAIN Z AND RESID 120:144 )Z120 - 144
17X-RAY DIFFRACTION17( CHAIN Z AND RESID 145:224 )Z145 - 224

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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