PDB-7tqq: Structure of human TREX1-DNA complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7tqq

タイトル

Structure of human TREX1-DNA complex

要素

DNA (5'-D(P*TP*TP*GP*GP*CP*CP*GP*GP*CP*CP*AP*TP*C)-3')
Three-prime repair exonuclease 1

キーワード

HYDROLASE/DNA / nuclease / DNase / innate immunity / autoimmunity / HYDROLASE / HYDROLASE-DNA complex

機能・相同性

Bacteriophage phiJL001, Gp84 / Bacteriophage phiJL001, Gp84, C-terminal / Phage conserved hypothetical protein BR0599 / DNA / DNA (> 10) / Bacteriophage phiJL001 Gp84 C-terminal domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Zhou, W. / Richmond-Buccola, D. / Kranzusch, P.J.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Structural basis of human TREX1 DNA degradation and autoimmune disease.
著者: Zhou, W. / Richmond-Buccola, D. / Wang, Q. / Kranzusch, P.J.

履歴

登録	2022年1月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年8月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7tqq.cif.gz	498.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7tqq.ent.gz	335.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7tqq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7tqq_validation.pdf.gz	474.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7tqq_full_validation.pdf.gz	484.6 KB	表示
XML形式データ	7tqq_validation.xml.gz	37.3 KB	表示
CIF形式データ	7tqq_validation.cif.gz	53.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tq/7tqq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tq/7tqq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7tqnC 7tqoC 7tqpC 3mxjS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
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ジンクフィンガー (Zinc Fingers)
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エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor)
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DNAリガーゼ (DNA Ligase)
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ヌクレオソーム (Nucleosome)
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タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids)
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#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Three-prime repair exonuclease 1

B: Three-prime repair exonuclease 1

C: DNA (5'-D(P*TP*TP*GP*GP*CP*CP*GP*GP*CP*CP*AP*TP*C)-3')

D: DNA (5'-D(P*TP*TP*GP*GP*CP*CP*GP*GP*CP*CP*AP*TP*C)-3')

E: Three-prime repair exonuclease 1

F: Three-prime repair exonuclease 1

G: DNA (5'-D(P*TP*TP*GP*GP*CP*CP*GP*GP*CP*CP*AP*TP*C)-3')

H: DNA (5'-D(P*TP*TP*GP*GP*CP*CP*GP*GP*CP*CP*AP*TP*C)-3')

131 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Three-prime repair exonuclease 1

B: Three-prime repair exonuclease 1

C: DNA (5'-D(P*TP*TP*GP*GP*CP*CP*GP*GP*CP*CP*AP*TP*C)-3')

D: DNA (5'-D(P*TP*TP*GP*GP*CP*CP*GP*GP*CP*CP*AP*TP*C)-3')

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
65.6 kDa, 4 ポリマー
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2

E: Three-prime repair exonuclease 1

F: Three-prime repair exonuclease 1

G: DNA (5'-D(P*TP*TP*GP*GP*CP*CP*GP*GP*CP*CP*AP*TP*C)-3')

H: DNA (5'-D(P*TP*TP*GP*GP*CP*CP*GP*GP*CP*CP*AP*TP*C)-3')

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
65.6 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	43.681, 91.356, 157.386
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.707, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Three-prime repair exonuclease 1 / 3'-5' exonuclease TREX1 / Deoxyribonuclease III / DNase III 分子量: 26067.988 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TREX1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NSU2, exodeoxyribonuclease III
#2: DNA鎖	DNA (5'-D(PTPTPGPGPCPCPGPGPCPCPAPTPC)-3') 分子量: 6710.313 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ*: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 428 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.67 Å³/Da / Density meas: 57.69 Mg/m³ / 溶媒含有率: 48.64 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.05 M Li2SO4, 0.1 M Bis-Tris pH 6.5, 25% PEG-3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→45.68 Å / Num. obs: 62516 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 5.5 % / B_iso Wilson estimate: 37.87 Å² / CC_1/2: 0.99 / R_pim(I) all: 0.085 / Net I/σ(I): 5.6
反射シェル	解像度: 2.2→2.26 Å / 冗長度: 5.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 4576 / CC_1/2: 0.325 / R_pim(I) all: 0.766 / % possible all: 98.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.1_4122	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3MXJ

3mxj

解像度: 2.2→45.68 Å / SU ML: 0.3349 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.1988
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2608	2003	3.25 %
R_work	0.2263	59686	-
obs	0.2274	61689	98.13 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 49.74 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→45.68 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6488	1220	0	428	8136

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0054	8018
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.789	11166
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0434	1282
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0063	1235
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	20.2673	3017

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2-2.26	0.3441	129	0.281	3852	X-RAY DIFFRACTION	89.36
2.26-2.32	0.3096	140	0.2862	4158	X-RAY DIFFRACTION	95.77
2.32-2.38	0.3359	139	0.2736	3991	X-RAY DIFFRACTION	92.96
2.38-2.46	0.3027	144	0.2626	4288	X-RAY DIFFRACTION	98.82
2.46-2.55	0.2861	143	0.2581	4315	X-RAY DIFFRACTION	99.75
2.55-2.65	0.2824	143	0.2545	4288	X-RAY DIFFRACTION	99.91
2.65-2.77	0.3401	143	0.2654	4350	X-RAY DIFFRACTION	99.78
2.77-2.92	0.3048	145	0.2536	4366	X-RAY DIFFRACTION	99.91
2.92-3.1	0.2954	147	0.238	4296	X-RAY DIFFRACTION	99.84
3.1-3.34	0.2772	143	0.2343	4366	X-RAY DIFFRACTION	99.71
3.34-3.68	0.2732	143	0.2148	4261	X-RAY DIFFRACTION	98.59
3.68-4.21	0.225	149	0.2006	4359	X-RAY DIFFRACTION	100
4.21-5.3	0.2025	147	0.1886	4366	X-RAY DIFFRACTION	99.87
5.3-45.68	0.2254	148	0.2147	4430	X-RAY DIFFRACTION	99.39

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.49640918115	-0.919813416544	0.141464244452	5.71666478676	0.31681439883	1.93042648637	0.131968677403	0.272278033369	0.181452162989	-0.786482876404	-0.218135889852	-0.00165635928724	-0.188513735162	-0.238931417456	0.0120840355117	0.322762564035	0.0405228466285	0.0373770735103	0.46676781624	0.0469446552049	0.291215106288	-5.76160700796	-22.8846235648	-25.2557375075
2	2.07340156425	-0.148050038908	0.441078254948	3.11112294442	1.87553859924	1.21136213177	-0.317523302727	0.298299012949	-0.0390318850444	-0.528483833061	0.31221792398	0.244865485304	-0.117060524042	0.216198563857	-0.0677938215214	0.403828536754	0.0278560297421	-0.0222828303859	0.475114109396	-0.00495581324115	0.373380311335	1.07775976288	-21.7431465768	-19.6300856817
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25	1.02486530678	0.162600767545	0.482294338117	1.21808811799	-0.29385120095	2.39292761771	-0.0308634888364	-0.435644452185	0.314849221354	0.599814687171	-0.235009673038	0.0333664013622	0.0168248636526	-0.180979036541	0.246729646091	0.501319517755	-0.0105849369106	0.0264216160554	0.431826542384	-0.107735099187	0.328885060402	13.0581746593	-55.9264637217	-45.4202674045
26	1.19385070817	0.869048510595	-0.950973751517	3.11018721856	0.365167663184	1.86227403682	0.0275065974307	-0.199120320763	-0.0968787762566	-0.404436315041	0.0090845629361	-0.102859903666	0.186036476009	0.223329682458	0.0513486266108	0.379045084112	0.0255462236221	-0.0090568251886	0.324933844014	0.0276906723827	0.32208035289	22.3505771396	-59.3348982586	-78.7882489876
27	1.07724395633	-0.950604052184	-0.317564515029	2.73064438219	-1.54148980137	1.27427663517	-0.0507956067324	0.193798457759	-0.0728899146868	-0.183611191732	0.140172247633	0.34935653844	0.036950881486	-0.176367553796	-0.0424879593115	0.322653758939	-0.0168150411902	0.0177362491259	0.375455661034	-0.00836174920711	0.285988491193	14.708470447	-60.4047394741	-73.1547985122
28	-0.630564358054	0.140929834442	-0.333766172049	2.89351537852	-0.672173387406	1.32859376808	-0.015755769276	-0.123097626088	0.0883899841126	-0.0333677780214	-0.0165684587947	-0.213745079016	0.00580271637717	0.164712791798	0.0164713366056	0.31626492748	-0.0108688360016	0.00244774846666	0.429360603518	-0.057734360707	0.384586737259	23.9094996067	-53.3094380459	-72.8891520748
29	3.22628408311	0.75336936843	2.10464990051	3.19576439157	0.973054631185	3.68785215648	-0.130804414368	0.348133556097	-1.08221181479	-0.682136838164	0.338932422219	-1.45511331069	-0.656430578139	0.76599804902	0.00646537632324	0.403620112195	-0.0287303635026	0.0391556617092	0.463345623753	-0.012360607659	0.605323871953	33.1774868869	-54.09831652	-78.1491110743
30	2.16019813838	-0.755361906219	-0.974414618519	2.53010168408	-0.674566719887	2.54027074504	0.872252261782	0.621681138197	-0.673592094541	-0.993534835254	-0.136658838207	0.117099076426	1.08369813416	-0.785537643651	-0.15942862677	0.754706550334	0.00801229876378	-0.0513914641516	0.476865438955	-0.0437136110975	0.362856918125	18.299121984	-63.3043497538	-91.6671675475
31	2.39878461776	0.537778325397	0.359770363266	1.18030855027	-0.36240827977	3.6948555343	0.0241049284605	0.23228814222	0.155964439251	-0.293676456611	-0.122436395377	0.242187172393	-0.336817024333	-0.9515399589	-0.176911456719	0.405399019219	0.0375461943321	-0.0641958905017	0.470820813635	0.00223068011648	0.334843201611	8.49411056228	-58.115041166	-83.5046095415
32	3.78216134591	-0.80565804756	-1.86911098459	1.45857485981	-0.110878851321	1.1622578798	-0.176070655989	1.77369268289	-1.40383677416	-2.285687888	0.139366625779	0.375959482168	1.55663134307	-0.636863927041	-1.17515027192	1.32485507014	-0.0017756056245	-0.258558634322	0.0100196174069	-0.52489134789	0.0278757468875	16.994194522	-70.9022194961	-88.3779493397
33	0.227155063715	0.518798302563	-0.22097728873	3.7579330151	-2.12496078256	1.27373350515	0.257539092816	-0.216028840009	-0.157563644917	-1.97528190888	-0.394023751012	-1.36606727953	0.560296064071	0.0796942632869	0.126326345372	0.662665232643	-0.0636676006845	0.201397205006	0.504367125374	0.00502501461449	0.655087597364	32.7668301342	-55.0133137829	-85.415067664
34	0.24517396862	-0.41936460694	-0.178292814017	2.99817122711	-0.351464702829	6.24703020225	-0.288810508522	-3.22786347694	-0.523699767693	1.56520664931	0.707558485485	0.799289114932	1.47253706244	-0.600871172347	1.19380076362	0.931547328392	0.0848291806961	0.182798271131	1.63044994415	-0.219250348639	0.452465182174	3.99800299514	-73.949636108	-41.737639184
35	4.11327489134	1.13261450148	1.6524233538	0.90887099439	0.23049509502	1.93432558352	-0.924899215251	-0.220335854035	0.152837278989	0.335680872113	0.0160777034527	-0.0477502373429	0.547604221044	-0.22215446695	-0.164978535901	1.11349141455	-0.079299686259	0.128788098036	0.549919638261	0.02019922291	0.318388698997	21.3550561577	-42.0982047164	-92.5915642279
36	7.04081497722	1.73367033664	-2.0943410148	0.467052439435	-0.353172510072	4.71815983539	0.275519472396	1.48560742113	0.1920762874	0.799611318285	-0.530054340356	0.33368413984	-0.898296603983	-1.21507196575	0.333243819317	2.75085686377	0.020893764652	-0.091429055017	1.31940438695	-0.354413732867	1.06559725183	22.5765329864	-51.2295011397	-105.230394628
37	1.88141256321	0.000724222505419	-1.03304472154	0.432030500666	-1.6829729881	7.73379334549	0.070031649926	0.674466688953	-0.137959829948	-2.07863628103	0.96353358494	-0.034301694363	-0.333463550583	-1.17057948416	-0.0885211443923	1.27235597773	-0.192676879923	-0.0275228578524	0.527077067513	-0.0586171478704	0.498897625301	16.200695485	-47.6065679771	-94.0933815698

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 8 through 45 )	A	A	8 - 45	1 - 38
2	2	chain 'A' and (resid 46 through 78 )	A	A	46 - 78	39 - 65
3	3	chain 'A' and (resid 79 through 114 )	A	A	79 - 114	66 - 101
4	4	chain 'A' and (resid 115 through 129 )	A	A	115 - 129	102 - 116
5	5	chain 'A' and (resid 130 through 150 )	A	A	130 - 150	117 - 137
6	6	chain 'A' and (resid 151 through 187 )	A	A	151 - 187	138 - 165
7	7	chain 'A' and (resid 188 through 209 )	A	A	188 - 209	166 - 187
8	8	chain 'A' and (resid 210 through 222 )	A	A	210 - 222	188 - 200
9	9	chain 'A' and (resid 223 through 234 )	A	A	223 - 234	201 - 212
10	10	chain 'B' and (resid 8 through 30 )	B	B	8 - 30	1 - 23
11	11	chain 'B' and (resid 31 through 64 )	B	B	31 - 64	24 - 52
12	12	chain 'B' and (resid 65 through 129 )	B	B	65 - 129	53 - 117
13	13	chain 'B' and (resid 130 through 164 )	B	B	130 - 164	118 - 152
14	14	chain 'B' and (resid 165 through 222 )	B	B	165 - 222	153 - 201
15	15	chain 'B' and (resid 223 through 234 )	B	B	223 - 234	202 - 213
16	16	chain 'C' and (resid 1 through 5 )	C	C	1 - 5
17	17	chain 'C' and (resid 6 through 16 )	C	C	6 - 16
18	18	chain 'C' and (resid 17 through 22 )	C	C	17 - 22
19	19	chain 'D' and (resid 1 through 22 )	D	D	1 - 22
20	20	chain 'E' and (resid 7 through 44 )	E	E	7 - 44	1 - 38
21	21	chain 'E' and (resid 45 through 114 )	E	E	45 - 114	39 - 103
22	22	chain 'E' and (resid 115 through 150 )	E	E	115 - 150	104 - 139
23	23	chain 'E' and (resid 151 through 187 )	E	E	151 - 187	140 - 167
24	24	chain 'E' and (resid 188 through 208 )	E	E	188 - 208	168 - 188
25	25	chain 'E' and (resid 209 through 234 )	E	E	209 - 234	189 - 214
26	26	chain 'F' and (resid 7 through 45 )	F	F	7 - 45	1 - 39
27	27	chain 'F' and (resid 46 through 78 )	F	F	46 - 78	40 - 67
28	28	chain 'F' and (resid 79 through 129 )	F	F	79 - 129	68 - 118
29	29	chain 'F' and (resid 130 through 150 )	F	F	130 - 150	119 - 139
30	30	chain 'F' and (resid 151 through 165 )	F	F	151 - 165	140 - 154
31	31	chain 'F' and (resid 166 through 208 )	F	F	166 - 208	155 - 189
32	32	chain 'F' and (resid 209 through 222 )	F	F	209 - 222	190 - 203
33	33	chain 'F' and (resid 223 through 234 )	F	F	223 - 234	204 - 215
34	34	chain 'G' and (resid 1 through 22 )	G	G	1 - 22
35	35	chain 'H' and (resid 1 through 5 )	H	H	1 - 5
36	36	chain 'H' and (resid 6 through 16 )	H	H	6 - 16
37	37	chain 'H' and (resid 17 through 22 )	H	H	17 - 22

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)