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- PDB-7tqp: Structure of human TREX1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7tqp
タイトルStructure of human TREX1
要素Three-prime repair exonuclease 1
キーワードHYDROLASE / nuclease / DNase / innate immunity / autoimmunity
機能・相同性
機能・相同性情報


Regulation by TREX1 / immune response in brain or nervous system / adenyl deoxyribonucleotide binding / immune complex formation / activation of immune response / DNA synthesis involved in UV-damage excision repair / atrial cardiac muscle tissue development / T cell antigen processing and presentation / MutSalpha complex binding / retrotransposition ...Regulation by TREX1 / immune response in brain or nervous system / adenyl deoxyribonucleotide binding / immune complex formation / activation of immune response / DNA synthesis involved in UV-damage excision repair / atrial cardiac muscle tissue development / T cell antigen processing and presentation / MutSalpha complex binding / retrotransposition / oligosaccharyltransferase complex / DNA modification / regulation of lipid biosynthetic process / regulation of fatty acid metabolic process / regulation of protein complex stability / cellular response to hydroxyurea / heart process / lymphoid progenitor cell differentiation / double-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / exodeoxyribonuclease III / regulation of type I interferon production / regulation of lysosome organization / 3'-5'-DNA exonuclease activity / regulation of cellular respiration / MutLalpha complex binding / regulation of tumor necrosis factor production / inflammatory response to antigenic stimulus / macrophage activation involved in immune response / IRF3-mediated induction of type I IFN / DNA catabolic process / regulation of immunoglobulin production / apoptotic cell clearance / regulation of T cell activation / regulation of glycolytic process / DNA binding, bending / negative regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / WW domain binding / DNA metabolic process / type I interferon-mediated signaling pathway / negative regulation of cGAS/STING signaling pathway / blood vessel development / nuclear replication fork / heart morphogenesis / mismatch repair / cellular response to interferon-beta / mitotic G1 DNA damage checkpoint signaling / 3'-5' exonuclease activity / negative regulation of innate immune response / determination of adult lifespan / generation of precursor metabolites and energy / cellular response to reactive oxygen species / kidney development / establishment of protein localization / cellular response to gamma radiation / protein-DNA complex / nuclear envelope / single-stranded DNA binding / double-stranded DNA binding / regulation of inflammatory response / DNA recombination / defense response to virus / DNA replication / protein stabilization / DNA repair / endoplasmic reticulum membrane / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Three-prime repair exonuclease 1/2 / Exonuclease, RNase T/DNA polymerase III / EXOIII / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Three-prime repair exonuclease 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Zhou, W. / Richmond-Buccola, D. / Kranzusch, P.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1DP2GM146250-01 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Structural basis of human TREX1 DNA degradation and autoimmune disease.
著者: Zhou, W. / Richmond-Buccola, D. / Wang, Q. / Kranzusch, P.J.
履歴
登録2022年1月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年8月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Three-prime repair exonuclease 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,6655
ポリマ－26,2811
非ポリマー3844
水2,468137
1
A: Three-prime repair exonuclease 1
ヘテロ分子

A: Three-prime repair exonuclease 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,33110
ポリマ－52,5622
非ポリマー7698
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_554-y,-x,-z-1/21
Buried area4620 Å2
ΔGint-97 kcal/mol
Surface area17930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.582, 57.582, 125.757
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Space group name HallP4abw2nw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Three-prime repair exonuclease 1 / 3'-5' exonuclease TREX1 / Deoxyribonuclease III / DNase III


分子量: 26281.133 Da / 分子数: 1
変異: A5T, P8H, P10H, F17L, M19L, F26S, Q28R, K30E, C42R, S46N, P47T, P48S, T49I, P53H, T56P, P59R
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TREX1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NSU2, exodeoxyribonuclease III
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 137 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.98 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2 M NaCl, 0.1 M CHES pH 9.5, 1.26 M (NH4)2SO4

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→42.47 Å / Num. obs: 16216 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 21.6 % / Biso Wilson estimate: 32.92 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rpim(I) all: 0.049 / Net I/σ(I): 9.7
反射 シェル解像度: 1.95→2 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 1098 / CC1/2: 0.403

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.1_4122精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3MXJ

3mxj


解像度: 1.95→42.47 Å / SU ML: 0.2517 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.8267
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.229 1611 10 %
Rwork0.2045 14494 -
obs0.207 16105 99.72 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 36.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→42.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1661 0 20 137 1818
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00211717
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.58042343
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0393267
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004300
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.4769626
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.95-2.010.36941270.31761146X-RAY DIFFRACTION97.47
2.01-2.070.28721310.25341180X-RAY DIFFRACTION99.77
2.07-2.150.27841340.23961194X-RAY DIFFRACTION99.92
2.15-2.230.25991300.23721172X-RAY DIFFRACTION99.92
2.23-2.330.2581320.22281192X-RAY DIFFRACTION99.85
2.33-2.460.22391320.20721185X-RAY DIFFRACTION100
2.46-2.610.26561330.22681204X-RAY DIFFRACTION100
2.61-2.810.22951330.21711195X-RAY DIFFRACTION99.92
2.81-3.090.28661340.20391203X-RAY DIFFRACTION100
3.1-3.540.22041370.19461238X-RAY DIFFRACTION99.93
3.54-4.460.17041380.17031242X-RAY DIFFRACTION100
4.46-42.470.21791500.19831343X-RAY DIFFRACTION99.93
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.640475906450.4634793068580.2053867184172.495872640220.4912977795192.19876691608-0.0562655814234-0.0246410610902-0.1166994167970.07745767209510.09212871625560.04555800647670.0343147697955-0.0984358684651-0.01543356448960.2561441973690.02535798420010.01119850401080.2493883323090.01776128042940.27967385012-9.81318748395-4.42938427449-22.6121102465
24.60491106062-3.815570395881.902235900528.68224253401-3.017819357732.6137199932-0.02323799852940.127167326797-0.5964130522910.165540615951-0.1211884024820.2059910066751.151745079220.2534350292670.1374649950390.5966691473540.1545946853920.06324306998030.488470248372-0.07625396006420.389116357622-2.21628385539-16.4272387504-34.6128977371
31.628880325330.7492438835280.4449498672971.484173742560.4662608366141.41232301818-0.00735216662696-0.0398701788487-0.03959798431520.1108564833750.03254127090340.107481958591-0.01205360728960.00258999033285-0.03358023528810.2442985111940.01643754685520.02554903735880.2208988904790.001411192078550.228500061431-4.547361674423.74823091719-21.0840551965
41.79941565618-0.4281990928780.2551849163032.83280468699-0.3543961724921.314501673490.0691464861704-0.0181820688636-0.1598729581650.125732151419-0.07278790869260.3742952754240.0601374656776-0.0939047260931-0.01840389589630.297933343813-0.01503912264130.02273256844720.3054094940550.01110339991530.229732043583-9.8154871464-9.73836196331-17.3207547304
51.15543169334-2.465333207580.1403122834026.37731905129-1.412203260263.91913964376-0.0331503654364-0.19833828476-0.1176167766110.0548701017495-0.0721904566889-0.7597918299830.09064450360340.7594898051740.1381649330970.3709849932020.0431639683770.009513468447350.4395720529290.03529880577840.347960784871.98957734486-10.828572614-23.2342379238
62.590110177781.085222674160.1353459549852.405481181220.505964040552.233717106650.05899939815660.120932700026-0.03169520862560.308787779959-0.1594726791270.3724743349760.283790713504-0.3763652411340.07277560019960.269602390082-0.0306167457223-0.007593496666180.2622476957470.03592780071930.298610391532-15.9986585929-9.9970709805-19.8842928152
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 6 through 44 )6 - 441 - 39
22chain 'A' and (resid 45 through 64 )45 - 6440 - 52
33chain 'A' and (resid 65 through 129 )65 - 12953 - 117
44chain 'A' and (resid 130 through 187 )130 - 187118 - 168
55chain 'A' and (resid 188 through 208 )188 - 208169 - 189
66chain 'A' and (resid 209 through 236 )209 - 236190 - 217

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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