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- PDB-7tqb: Crystal structure of monoclonal S9.6 Fab bound to DNA-RNA hybrid -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7tqb
タイトルCrystal structure of monoclonal S9.6 Fab bound to DNA-RNA hybrid
要素
  • DNA
  • FAB S9.6 Heavy Chain
  • FAB S9.6 Light Chain
  • RNA
キーワードIMMUNE SYSTEM/DNA-RNA HYBRID / Antibody Fab DNA:RNA hybrid Nucleic Acid DNA:RNA hybrid binding protein / DNA-RNA HYBRID / IMMUNE SYSTEM-DNA-RNA HYBRID complex
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / DNA / DNA (> 10) / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Bou-Nader, C. / Zhang, J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK) 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Structural basis of R-loop recognition by the S9.6 monoclonal antibody.
著者: Bou-Nader, C. / Bothra, A. / Garboczi, D.N. / Leppla, S.H. / Zhang, J.
履歴
登録2022年1月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年3月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年4月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 2.02022年4月27日Group: Polymer sequence / カテゴリ: entity_poly / Item: _entity_poly.type
改定 2.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 2.22023年11月15日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 2.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: FAB S9.6 Heavy Chain
L: FAB S9.6 Light Chain
A: RNA
B: DNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,2855
ポリマ－57,1934
非ポリマー921
水64936
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6870 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area22160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.426, 158.884, 43.142
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 105.150, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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抗体 , 2種, 2分子 HL

#1: 抗体 FAB S9.6 Heavy Chain


分子量: 24972.879 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 細胞株 (発現宿主): CHO
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#2: 抗体 FAB S9.6 Light Chain


分子量: 24124.740 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 細胞株 (発現宿主): CHO
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)

-
RNA鎖 / DNA鎖 , 2種, 2分子 AB

#3: RNA鎖 RNA


分子量: 4094.462 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: DNA鎖 DNA


分子量: 4000.624 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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非ポリマー , 2種, 37分子

#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.56 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 30% PEG 1000 0.2 M sodium narrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.02→40.5 Å / Num. obs: 9509 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 12.1 % / CC1/2: 0.841 / CC star: 0.956 / Net I/σ(I): 3.78
反射 シェル解像度: 3.02→3.13 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.55 / Num. unique obs: 925 / CC1/2: 0.393

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
xia2データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3TT1

3tt1


解像度: 3.1→37.091 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 24.65 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2719 463 5.33 %
Rwork0.2294 8218 -
obs0.2317 8681 95.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 105.3 Å2 / Biso mean: 30.6873 Å2 / Biso min: 12.31 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.1→37.091 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3257 542 14 36 3849
Biso mean--33.23 19.69 -
残基数----450
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3.1-3.54820.2731450.2454274596
3.5482-4.46920.26611650.2208272196
4.4692-37.09010.27751530.227275295
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 12.6181 Å / Origin y: -28.8717 Å / Origin z: 12.3193 Å
111213212223313233
T-0.1568 Å20.0422 Å20.0111 Å2-0.3924 Å2-0.0292 Å2--0.0806 Å2
L0.7416 °20.0978 °2-0.2586 °2-0.5441 °2-0.2777 °2--1.0953 °2
S0.0278 Å °-0.0433 Å °0.0263 Å °-0.2024 Å °0.0243 Å °-0.0369 Å °-0.0391 Å °0.0683 Å °-0.0139 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allH1 - 215
2X-RAY DIFFRACTION1allH216 - 235
3X-RAY DIFFRACTION1allL1 - 301
4X-RAY DIFFRACTION1allL302 - 315
5X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 13
6X-RAY DIFFRACTION1allA14
7X-RAY DIFFRACTION1allB1 - 13
8X-RAY DIFFRACTION1allB14

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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