PDB-7tqa: Crystal Structure of monoclonal S9.6 Fab

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7tqa

タイトル

Crystal Structure of monoclonal S9.6 Fab

要素

Fab S9.6 heavy chain
Fab S9.6 light chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Antibody / Fab / DNA-RNA hybrid / Nucleic Acid binding protein / ribonucleoprotein complex

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.328 Å

データ登録者

Bou-Nader, C. / Zhang, J.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Structural basis of R-loop recognition by the S9.6 monoclonal antibody.
著者: Bou-Nader, C. / Bothra, A. / Garboczi, D.N. / Leppla, S.H. / Zhang, J.

履歴

登録	2022年1月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年3月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年4月13日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2023年11月15日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: audit_author / chem_comp_atom / chem_comp_bond Item: _audit_author.name
改定 1.3	2024年4月3日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 1.4	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7tqa.cif.gz	508.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7tqa.ent.gz	418.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7tqa.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7tqa_validation.pdf.gz	500.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7tqa_full_validation.pdf.gz	521.3 KB	表示
XML形式データ	7tqa_validation.xml.gz	51.3 KB	表示
CIF形式データ	7tqa_validation.cif.gz	72.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tq/7tqa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tq/7tqa	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7tqbC C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

H: Fab S9.6 heavy chain

L: Fab S9.6 light chain

C: Fab S9.6 heavy chain

D: Fab S9.6 light chain

A: Fab S9.6 heavy chain

B: Fab S9.6 light chain

ヘテロ分子

149 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

H: Fab S9.6 heavy chain

L: Fab S9.6 light chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
49.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Fab S9.6 heavy chain

D: Fab S9.6 light chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
49.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

A: Fab S9.6 heavy chain

B: Fab S9.6 light chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
49.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	96.649, 96.649, 140.583
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	144
Space group name H-M	P3₁

#1: 抗体	Fab S9.6 heavy chain 分子量: 24972.879 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 細胞株 (発現宿主): CHO 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#2: 抗体	Fab S9.6 light chain 分子量: 24124.740 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 細胞株 (発現宿主): CHO 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 418 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.57 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.21 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2 M ammonium sulfate, 50 mM Bis-Tris, 24% PEG 8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.328→45.7 Å / Num. obs: 62725 / % possible obs: 99.57 % / 冗長度: 14.6 % / CC_1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 9.24
反射シェル	解像度: 2.328→2.411 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.55 / Num. unique obs: 6284 / CC_1/2: 0.522 / % possible all: 99.35

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.14_3260	精密化
xia2		データスケーリング
PHASER		位相決定
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
xia2		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: OTHER PDB DEPOSITION IN THIS WORK

解像度: 2.328→45.7 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 25.2 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2346	2897	4.62 %
R_work	0.1794	59790	-
obs	0.182	62687	99.56 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 152.38 Å² / B_iso mean: 47.1695 Å² / B_iso min: 21.5 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.328→45.7 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9780	0	74	418	10272
B_iso mean	-	-	109.92	46.45	-
残基数	-	-	-	-	1297

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.328-2.3658	0.3437	124	0.2664	2845	98
2.3658-2.4066	0.3336	130	0.2593	2880	100
2.4066-2.4503	0.288	150	0.2485	2770	99
2.4503-2.4975	0.3491	141	0.2417	2823	98
2.4975-2.5484	0.2806	174	0.2298	2852	100
2.5484-2.6039	0.325	130	0.2312	2882	100
2.6039-2.6644	0.2865	136	0.2178	2849	100
2.6644-2.731	0.2605	182	0.2082	2763	100
2.731-2.8049	0.2869	146	0.2102	2889	100
2.8049-2.8874	0.2729	131	0.2069	2852	100
2.8874-2.9806	0.2477	108	0.1971	2905	100
2.9806-3.0871	0.274	110	0.1944	2862	100
3.0871-3.2107	0.2732	156	0.1972	2862	100
3.2107-3.3567	0.2379	148	0.1956	2866	100
3.3567-3.5336	0.2612	114	0.1911	2796	100
3.5336-3.7549	0.2464	101	0.1643	2875	98
3.7549-4.0447	0.2075	174	0.1566	2860	100
4.0447-4.4514	0.1766	140	0.1359	2820	100
4.4514-5.0948	0.168	138	0.1344	2886	100
5.0948-6.4161	0.2087	118	0.165	2871	100
6.4161-45.7	0.2105	146	0.1654	2782	98

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 64.0163 Å / Origin y: -53.8581 Å / Origin z: 2.2483 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.3218 Å²	0.005 Å²	0.0422 Å²	-	0.3051 Å²	0.0035 Å²	-	-	0.3091 Å²
L	0.0593 °²	0.0117 °²	-0.0157 °²	-	-0.0943 °²	0.0392 °²	-	-	0.0304 °²
S	-0.0215 Å °	0.0532 Å °	-0.0292 Å °	-0.0241 Å °	-0.0197 Å °	-0.0238 Å °	0.0337 Å °	-0.0602 Å °	0.0387 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	all	H	1 - 214
2	X-RAY DIFFRACTION	1	all	H	215 - 290
3	X-RAY DIFFRACTION	1	all	L	1 - 276
4	X-RAY DIFFRACTION	1	all	C	1 - 284
5	X-RAY DIFFRACTION	1	all	D	1 - 280
6	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	1 - 218
7	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	219 - 283
8	X-RAY DIFFRACTION	1	all	B	1 - 219
9	X-RAY DIFFRACTION	1	all	B	220 - 305
10	X-RAY DIFFRACTION	1	all	E	1 - 25
11	X-RAY DIFFRACTION	1	all	F	1

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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