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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7tq1
タイトルCrystal structure of adaptive laboratory evolved sulfonamide-resistant Dihydropteroate Synthase (DHPS) from Escherichia coli in complex with 6-hydroxymethylpterin
要素Dihydropteroate synthase
キーワードTRANSFERASE / DHPS / DIHYDROPTEROATE SYNTHASE / FOLP / TIM BARREL / ALPHA BETA PROTEIN / SULFONAMIDES / STRUCTURAL GENOMICS / CSGID / CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS OF INFECTIOUS DISEASES / NIAID / NATIONAL INSTITUTE OF ALLERGY AND INFECTIOUS DISEASES / IDP98884
機能・相同性
機能・相同性情報


dihydropteroate synthase / dihydropteroate synthase activity / folic acid biosynthetic process / tetrahydrofolate biosynthetic process / response to xenobiotic stimulus / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Dihydropteroate synthase signature 1. / Dihydropteroate synthase / Dihydropteroate synthase domain / Dihydropteroate synthase signature 2. / Pterin-binding domain / Pterin binding enzyme / Pterin-binding domain profile. / Dihydropteroate synthase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
6-HYDROXYMETHYLPTERIN / Dihydropteroate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.73 Å
データ登録者Stogios, P.J. / Skarina, T. / Tan, K. / Venkatesan, M. / Fruci, M. / Joachimiak, A. / Savchenko, A. / Satchell, K.J.F. / Center for Structural Biology of Infectious Diseases (CSBID) / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSN272201700060C 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Molecular mechanism of plasmid-borne resistance to sulfonamide antibiotics.
著者: Venkatesan, M. / Fruci, M. / Verellen, L.A. / Skarina, T. / Mesa, N. / Flick, R. / Pham, C. / Mahadevan, R. / Stogios, P.J. / Savchenko, A.
履歴
登録2022年1月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年5月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: pdbx_database_related / struct_keywords / Item: _struct_keywords.text
改定 1.22023年7月19日Group: Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_related
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dihydropteroate synthase
B: Dihydropteroate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,2134
ポリマ－61,8272
非ポリマー3862
水93752
1
A: Dihydropteroate synthase
ヘテロ分子

A: Dihydropteroate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,2134
ポリマ－61,8272
非ポリマー3862
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area3560 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area22640 Å2
手法PISA
2
B: Dihydropteroate synthase
ヘテロ分子

B: Dihydropteroate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,2134
ポリマ－61,8272
非ポリマー3862
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-x,-y-1,z1
Buried area3590 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area21890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.884, 84.571, 175.486
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Space group name HallI22
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z
#4: -x,-y,z
#5: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#6: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Dihydropteroate synthase / DHPS / Dihydropteroate pyrophosphorylase


分子量: 30913.375 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: folP, dhpS, b3177, JW3144 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): -Gold / 参照: UniProt: P0AC13, dihydropteroate synthase
#2: 化合物 ChemComp-HHR / 6-HYDROXYMETHYLPTERIN / 6-ヒドロキシメチルプテリン


分子量: 193.163 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H7N5O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 52 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.37 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 25% (w/v) PEG 3350, 0.2 M magnesium chloride, 0.1 M Tris pH 8.5, 2 mM 6-hydroxymethyl- 7,8-dihydropterin diphosphate + 2mM para-aminobenzoic acid

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97913 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97913 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.73→50 Å / Num. obs: 14996 / % possible obs: 95.4 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 58.69 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.189 / Rpim(I) all: 0.081 / Net I/σ(I): 10.05
反射 シェル解像度: 2.75→2.8 Å / Rmerge(I) obs: 0.945 / Mean I/σ(I) obs: 1.04 / Num. unique obs: 629 / CC1/2: 0.764 / Rpim(I) all: 0.764 / % possible all: 82.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20_4459精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
PHENIXモデル構築
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1ajz

1ajz


解像度: 2.73→46.77 Å / SU ML: 0.4262 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 37.1147
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.288 732 4.95 %RANDOM
Rwork0.2331 14057 --
obs0.2357 14789 93.49 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 76.89 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.73→46.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4124 0 28 52 4204
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00374220
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.64565702
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0444655
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0049739
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.19611548
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.73-2.940.42371190.33062305X-RAY DIFFRACTION78.12
2.94-3.240.37381510.30632711X-RAY DIFFRACTION91.67
3.24-3.70.30311450.26332951X-RAY DIFFRACTION98.54
3.7-4.670.2791510.21812984X-RAY DIFFRACTION99.49
4.67-46.770.24051660.1933106X-RAY DIFFRACTION99.15
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
19.507128265146.091139609991.822507158554.005587566991.978850644928.79018088551-0.5158990946530.2731645417471.46026480871-0.4759542951320.4068393183190.110194879256-1.03916205183-0.1966670890440.2085142713920.5382576873820.0365853757783-0.02034027134390.3680328665380.05994152514960.65781908459510.934634407820.652744550822.681742038
27.087633459786.085721797821.779398115598.63775226404-1.750078069743.63756852036-0.9428370936381.30434669709-0.771240639866-0.7814336901370.758479738036-1.13738051455-0.3155370774890.1941199508070.5084120891741.58020240918-0.1784562146490.01731433465760.2365989286930.1054456839760.48451092483215.720729828714.04795743321.95647674527
36.482774471872.90470360695-1.697247106192.13125218613-1.299846485891.87972228864-0.3160234434480.512905617776-0.285549482511-0.3782426383060.02927877965170.0649951981701-0.6255924152560.4166517496090.2895332302020.942540821124-0.3116262024160.1804394171290.5659785260740.1288951549420.51752920036624.98190235113.14927977486.36929596026
45.62786742352-0.490031642428-0.1273368930322.17304086489-1.664442012116.07356778341-0.022396306758-0.3625452593550.0711075673479-0.191573554853-0.239667122579-0.619205784755-0.2412642771570.8072352645170.2495214460060.59701405726-0.183298358349-0.1181272926980.4357695833480.1083403432570.50295701474326.269141917110.673976778717.9811543654
57.047051191882.034620296973.263198508645.74062420639-0.5414717581844.539923616320.1477966772860.0484965109154-0.57545795594-0.0793381784419-0.0156200105084-0.6285316662810.1673777366510.160398022147-0.1716055674850.687781773661-0.0105064923385-0.01298389824410.2953846280160.05001245002550.4151250494115.20435468071.7398160665821.9941451421
67.592941197492.06964233281-1.070391777676.255215711781.259329677160.7239350769271.0918049502-1.026919891280.3890876065981.25732070942-0.742070337067-0.10136669774-0.00507166771629-0.254995947144-0.126572686020.202394765783-0.1836874279310.1206516489880.501418179035-0.1801408956640.545282930553-0.9616931304678.2048537454921.2436202968
79.826431225968.448215742670.6071086815369.55101874189-2.551711036494.090920006430.668991349914-1.093061692261.549345609190.873043174246-0.8762688582051.12331293961-0.5638028606330.2799806570310.217420048351.261023095770.05075108373790.08163981204650.563752690302-0.09203225831440.58115752518910.9574431912-21.553580014433.5417786847
83.43139599351.094344863253.008085821032.90274519117-2.863597385428.50562914920.2186191217851.08661678141-0.280876603403-0.928353894394-0.127456334867-0.4081009226290.9615031877660.167787877089-0.07455497074090.7299122728350.1965991101060.05335015501430.4992060428650.184529721390.62128891470816.3703628695-28.518919255812.7867330052
94.35490325874-1.50390933092.617994661744.56209822121-2.448078313676.102102131330.09873776225590.03512665823030.155596016777-0.223826730196-0.200692468783-1.025968190310.05172071476210.8632492312060.2147785527230.6120053803960.0640829688124-0.02517318128660.453830980520.01237599056620.59813365105625.4443412194-30.619201278928.0662329914
103.908867854643.611878634441.140261865666.632201013350.9256588874223.00468898751-0.2364253437550.05012755273920.146719810964-0.971210504538-0.0362672246375-0.453388673-0.1818256509740.2384653542910.2926875797910.8394916896020.100884163739-0.1069678754060.3906519858560.1200732744350.47419299880416.8681588077-40.312226893936.3252769791
117.667645075291.267566807640.09612317351143.14082791096-0.1806346547943.26976868297-0.0456400837037-0.03400611269010.1379335472430.546560220157-0.29331435039-0.141686942187-0.423499494815-0.234002799960.3725716692660.8609571775540.0612581159632-0.04369077616270.2800285098920.02652606926980.3339366290835.65806605509-39.067491150427.977979555
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 0 through 15 )AA0 - 151 - 16
22chain 'A' and (resid 16 through 50 )AA16 - 5017 - 44
33chain 'A' and (resid 51 through 88 )AA51 - 8845 - 82
44chain 'A' and (resid 89 through 156 )AA89 - 15683 - 146
55chain 'A' and (resid 157 through 260 )AA157 - 260147 - 250
66chain 'A' and (resid 261 through 284 )AA261 - 284251 - 274
77chain 'B' and (resid 0 through 15 )BC0 - 151 - 16
88chain 'B' and (resid 16 through 50 )BC16 - 5017 - 45
99chain 'B' and (resid 51 through 174 )BC51 - 17446 - 157
1010chain 'B' and (resid 175 through 212 )BC175 - 212158 - 195
1111chain 'B' and (resid 213 through 284 )BC213 - 284196 - 267

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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