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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7tow | |||||||||
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タイトル | Antibody DH1058 Fab fragment bound to SARS-CoV-2 fusion peptide | |||||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM/Viral Protein / Antibody / Fab fragment / IMMUNE SYSTEM / IMMUNE SYSTEM-Viral Protein complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / membrane fusion / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å | |||||||||
データ登録者 | Gobeil, S. / Acharya, P. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Mol Cell / 年: 2022 タイトル: Structural diversity of the SARS-CoV-2 Omicron spike. 著者: Sophie M-C Gobeil / Rory Henderson / Victoria Stalls / Katarzyna Janowska / Xiao Huang / Aaron May / Micah Speakman / Esther Beaudoin / Kartik Manne / Dapeng Li / Rob Parks / Maggie Barr / ...著者: Sophie M-C Gobeil / Rory Henderson / Victoria Stalls / Katarzyna Janowska / Xiao Huang / Aaron May / Micah Speakman / Esther Beaudoin / Kartik Manne / Dapeng Li / Rob Parks / Maggie Barr / Margaret Deyton / Mitchell Martin / Katayoun Mansouri / Robert J Edwards / Amanda Eaton / David C Montefiori / Gregory D Sempowski / Kevin O Saunders / Kevin Wiehe / Wilton Williams / Bette Korber / Barton F Haynes / Priyamvada Acharya / 要旨: Aided by extensive spike protein mutation, the SARS-CoV-2 Omicron variant overtook the previously dominant Delta variant. Spike conformation plays an essential role in SARS-CoV-2 evolution via ...Aided by extensive spike protein mutation, the SARS-CoV-2 Omicron variant overtook the previously dominant Delta variant. Spike conformation plays an essential role in SARS-CoV-2 evolution via changes in receptor-binding domain (RBD) and neutralizing antibody epitope presentation, affecting virus transmissibility and immune evasion. Here, we determine cryo-EM structures of the Omicron and Delta spikes to understand the conformational impacts of mutations in each. The Omicron spike structure revealed an unusually tightly packed RBD organization with long range impacts that were not observed in the Delta spike. Binding and crystallography revealed increased flexibility at the functionally critical fusion peptide site in the Omicron spike. These results reveal a highly evolved Omicron spike architecture with possible impacts on its high levels of immune evasion and transmissibility. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7tow.cif.gz | 258.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7tow.ent.gz | 164.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7tow.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7tow_validation.pdf.gz | 476.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7tow_full_validation.pdf.gz | 485.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7tow_validation.xml.gz | 42.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7tow_validation.cif.gz | 63.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/to/7tow ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/to/7tow | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7teiC 7tf8C 7thtC 7tl1C 7tl9C 7tlaC 7tlcC 7tldC 7touC 7tovC 7toxC 7toyC 7tozC 7tp0C 7tp1C 7tp2C 7tp7C 7tp8C 7tp9C 7tpaC 7tpcC 7tpeC 7tpfC 7tphC 7tplC 5gguS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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2 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質・ペプチド , 1種, 2分子 ED
#3: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2900.286 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) 参照: UniProt: P0DTC2 |
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-抗体 , 2種, 4分子 HALB
#1: 抗体 | 分子量: 25669.629 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) #2: 抗体 | 分子量: 23555.168 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) |
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-非ポリマー , 3種, 798分子
#4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.35 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 20% PEG3000, 100mM Tris base/HCl pH 7.0, 200mM calcium acetate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年4月14日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.15→39.21 Å / Num. obs: 48438 / % possible obs: 92.9 % / 冗長度: 5.59 % / Biso Wilson estimate: 22.78 Å2 / CC1/2: 0.993 / CC star: 0.998 / Rsym value: 0.075 / Net I/σ(I): 22.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.15→2.23 Å / Mean I/σ(I) obs: 5.4 / Num. unique obs: 4817 / CC1/2: 0.96 / CC star: 0.99 / Rpim(I) all: 0.115 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5GGU 解像度: 2.15→39.21 Å / SU ML: 0.2643 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 24.1988 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 25.25 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.15→39.21 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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