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- PDB-7tok: Crystal structure of the CBM domain of carbohydrate esterase FjoAcXE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7tok
タイトルCrystal structure of the CBM domain of carbohydrate esterase FjoAcXE
要素Acetylxylan esterase I
キーワードHYDROLASE / carbohydrate esterase / CE / Acetyl xylan esterases / xylan esterase / AcXE
機能・相同性: / acetylxylan esterase / acetylxylan esterase activity / SGNH hydrolase-type esterase domain / GDSL-like Lipase/Acylhydrolase family / SGNH hydrolase superfamily / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Acetylxylan esterase I
機能・相同性情報
生物種Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Stogios, P.J. / Skarina, T. / Di Leo, R. / Jurak, E. / Master, E.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Molecules / 年: 2022
タイトル: Elucidating Sequence and Structural Determinants of Carbohydrate Esterases for Complete Deacetylation of Substituted Xylans.
著者: Penttinen, L. / Kouhi, V. / Faure, R. / Skarina, T. / Stogios, P. / Master, E. / Jurak, E.
履歴
登録2022年1月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年4月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年11月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acetylxylan esterase I
B: Acetylxylan esterase I


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,7802
ポリマ－32,7802
非ポリマー00
水18010
1
A: Acetylxylan esterase I


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,3901
ポリマ－16,3901
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Acetylxylan esterase I


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,3901
ポリマ－16,3901
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)60.084, 120.964, 86.645
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-206-

HOH

21B-207-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Acetylxylan esterase I


分子量: 16389.973 Da / 分子数: 2 / 変異: L62 and V113 mutated to selenomethionine / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
遺伝子: axeA / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): -Magic / 参照: UniProt: A0A5P6A8B9, acetylxylan esterase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.22 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 1 M ammonium sulfate, 0.6 M sodium citrate and 0.1 M calcium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.9786 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2018年3月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→60.48 Å / Num. obs: 11980 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 79 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Rpim(I) all: 0.026 / Net I/σ(I): 18.6
反射 シェル解像度: 2.45→2.58 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 1.55 / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 1725 / CC1/2: 0.519 / Rpim(I) all: 0.745 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20_4459精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
HKL-3000位相決定
PHENIXモデル構築
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.45→43.32 Å / SU ML: 0.5616 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 39.7322
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2835 560 4.7 %RANDOM
Rwork0.2297 11356 --
obs0.2323 11916 99.41 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 99.47 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.45→43.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1973 0 0 10 1983
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00452005
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.96572706
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0537323
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0069346
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.9058735
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.45-2.690.45251300.39512782X-RAY DIFFRACTION98.75
2.69-3.080.36831470.37292807X-RAY DIFFRACTION99.86
3.08-3.880.33971380.26852826X-RAY DIFFRACTION99.83
3.89-43.320.23241450.17912941X-RAY DIFFRACTION99.2
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.333576402393.62013187927-2.694296461094.79008142571-3.008584152856.798329704810.0311931200934-0.241774111177-0.231146893191-1.01365035655-0.2931682174160.6363996172460.5674481796340.01787173525820.1226536124660.7735795258770.2155006008740.01166308106880.711132967288-0.0295374035230.51645290526314.235054896825.247551492271.2385495084
29.36296077309-0.614843500375-7.876136134117.02573333389-2.537402282927.52704825950.3428709362460.571087609278-0.7009217871-0.501363803248-0.9376320519440.6698937061620.099108454393-0.2411408922740.6126146272430.762364961190.294791749914-0.1660732906090.827415364173-0.2454833351430.4499519434366.402977152227.380079487574.3489114205
34.642283304256.65085361316-2.652004423112.02508999978-2.362584976995.60171036581-1.448210541620.753817308312-0.1001573486990.8255070962220.206422635161-4.171179058661.569294333353.964578513520.0994753176461.13057731270.553439539747-0.2546897541681.339546708830.1070617400011.100654401524.423873271819.463308054973.8508264223
45.790797897852.9785118716-6.431570417937.98085942258-4.433005954476.988859041041.3814628361-0.02782146391190.9054299243461.20367186183-0.5873961171980.98787991732-0.1244889829150.694264036868-0.7201758995020.9300639831880.227169436882-0.1614595757090.669949126113-0.1683617541770.56096879147.3092697218132.715912006678.3580769715
58.170168092561.61222053647-3.318961893216.14674363257-1.742023276877.73801266945-0.416694957466-0.566349727844-0.8927877411140.072210145936-0.516599373033-0.1247811118880.6497479499330.5429341687440.8643096472530.6067324708110.209853496868-0.04487793780890.6339770225830.06764537666250.46081605440215.718649587922.680050675674.9767033955
64.38960307814-4.84454590472-5.228408777245.369289559565.760692831726.189950643120.5605281462310.0197224910843-1.37755576646-4.59126535434-0.004625693142451.61768299256-0.429916602626-1.69045836804-0.6452108083681.44896252856-0.00156826550971-0.3172643959121.2941445214-0.2419498130791.196681874077.7655370610515.866925733269.1965106387
73.554151519013.52119125993-3.442720950314.29343017709-3.870326595933.563866685760.881562626482.286076719220.545204590839-2.18657456463-0.1507309967960.255245243712-0.796555987995-0.289920945632-0.7034856496581.180243415510.3407751074080.1350420816920.927761532346-0.04348795109310.80981509853913.300229856336.22605470568.105765388
89.89307113617-2.812427999641.188305228725.821150155073.270792793635.091453882210.5703579510250.1017869791321.5541178720.366273155077-0.883870188011-0.2892452979931.1413388240.2756406149220.005237952496860.604714589902-0.1459231845250.03435029821650.6252497169230.07056437277590.8667225263648.360192591654.34720271454.5480759692
95.92052405674-0.1244324923966.199863566933.18170077172-1.027787150015.91949423436-0.734406809385-1.182835465060.4872106002351.06516391817-0.1129206258290.4898392025590.133840002158-1.121286023070.707384431720.762287146961-0.02986538855850.1854855927650.76168000388-0.1777178258860.618706973037.3559651102342.647564590458.1571978812
104.75619095382-3.74997296413-3.32917668567.60618869030.4519670972923.342747145370.2133594773750.5133649915850.319556136736-0.363791183749-0.434512849927-1.089837065990.09427295548260.7408721675340.3186052860450.607736447029-0.09679720163190.02885145914060.7068160831170.1132981596150.54004527686913.056379526547.411149715248.2198265117
114.49911699027-4.593311077441.329428832714.62698588973-1.557732528182.425342082530.385873210771-1.86067382938-1.49931752450.2626120047020.374304387221.792538726910.172281448416-0.59440264658-0.591516773680.733130039866-0.1420616897320.1547293573920.856924394130.09150814195080.686555101289-0.75225281391740.242699698455.3025803003
126.16986933699-3.799499831634.01583729088.02500490678-3.552644992225.60430953089-0.04802145234560.7000701173630.9540008602650.376559006054-0.486543686608-0.407211593421-0.4487180651990.512117388510.5611821518210.536891527031-0.05841920585640.1175597535220.5686167296820.0716243024240.64527291143613.412813044850.377785301551.8774985955
139.76606474399-4.685474318086.727020726487.7354570243-5.035151830047.11652075722-1.26836003004-2.66430520583-0.8736021991212.72977020838-1.59903917381-1.86725910874-1.429081780630.05888374570931.847570685291.314990809370.03594743619080.4836440571140.897569309983-0.1939932737550.782818279817.8201060664458.612402441157.5554582165
143.19032946938-2.27545456776-0.7792831858984.98621376854-0.2371701165011.87372901553-0.00855522224499-1.25938600153-1.598246207022.46601952853-0.3001680739471.015053255130.964084783266-0.3685157708440.3154608748580.628294130687-0.3448593786080.01576207117320.965218975232-0.08275693268190.87651684290812.033374140837.35777674358.8856708014
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 41 through 60 )AA41 - 601 - 20
22chain 'A' and (resid 61 through 82 )AA61 - 8221 - 42
33chain 'A' and (resid 83 through 93 )AA83 - 9343 - 53
44chain 'A' and (resid 94 through 114 )AA94 - 11454 - 74
55chain 'A' and (resid 115 through 165 )AA115 - 16575 - 113
66chain 'A' and (resid 166 through 177 )AA166 - 177114 - 122
77chain 'A' and (resid 178 through 185 )AA178 - 185123 - 130
88chain 'B' and (resid 40 through 53 )BB40 - 531 - 14
99chain 'B' and (resid 54 through 72 )BB54 - 7215 - 33
1010chain 'B' and (resid 73 through 104 )BB73 - 10434 - 65
1111chain 'B' and (resid 105 through 114 )BB105 - 11466 - 75
1212chain 'B' and (resid 115 through 164 )BB115 - 16476 - 113
1313chain 'B' and (resid 165 through 177 )BB165 - 177114 - 122
1414chain 'B' and (resid 178 through 185 )BB178 - 185123 - 130

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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