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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7toj | ||||||
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Title | Crystal structure of carbohydrate esterase CspAcXE, apoenzyme | ||||||
![]() | SGNH/GDSL hydrolase family protein | ||||||
![]() | HYDROLASE / carbohydrate esterase / CE / Acetyl xylan esterases / xylan esterase / AcXE | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Stogios, P.J. / Skarina, T. / Di Leo, R. / Jurak, E. / Master, E. | ||||||
Funding support | 1items
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![]() | ![]() Title: Elucidating Sequence and Structural Determinants of Carbohydrate Esterases for Complete Deacetylation of Substituted Xylans. Authors: Penttinen, L. / Kouhi, V. / Faure, R. / Skarina, T. / Stogios, P. / Master, E. / Jurak, E. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 201.1 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 145.3 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 429.6 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 432.5 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 20.9 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 33.4 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
#1: Protein | Mass: 43450.844 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() | ||||
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#2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.25 Å3/Da / Density % sol: 45.33 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 Details: 20 mM acetylated xylooligosaccharides, 30% (w/v) Jeffamine ED-2001 pH 7.0 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: RAYONIX MX-300 / Detector: CCD / Date: Apr 18, 2018 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.978 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.3→36.33 Å / Num. obs: 93360 / % possible obs: 99.7 % / Redundancy: 9.4 % / Biso Wilson estimate: 19.38 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Rpim(I) all: 0.025 / Net I/σ(I): 15 |
Reflection shell | Resolution: 1.3→1.33 Å / Redundancy: 7 % / Rmerge(I) obs: 1.598 / Mean I/σ(I) obs: 0.536 / Num. unique obs: 6902 / CC1/2: 0.648 / Rpim(I) all: 0.648 / % possible all: 99.5 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 28.58 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.3→35.36 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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