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- PDB-7toi: Crystal structure of carbohydrate esterase PbeAcXE, in complex wi... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7toi | ||||||
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Title | Crystal structure of carbohydrate esterase PbeAcXE, in complex with acetate | ||||||
![]() | SGNH hydrolase | ||||||
![]() | HYDROLASE / carbohydrate esterase / CE / Acetyl xylan esterases / xylan esterase / AcXE | ||||||
Function / homology | SGNH hydrolase-type esterase domain / GDSL-like Lipase/Acylhydrolase family / SGNH hydrolase superfamily / hydrolase activity / ACETATE ION / SGNH hydrolase![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Stogios, P.J. / Skarina, T. / Di Leo, R. / Jurak, E. / Master, E. | ||||||
Funding support | 1items
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![]() | ![]() Title: Elucidating Sequence and Structural Determinants of Carbohydrate Esterases for Complete Deacetylation of Substituted Xylans. Authors: Penttinen, L. / Kouhi, V. / Faure, R. / Skarina, T. / Stogios, P. / Master, E. / Jurak, E. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 303.4 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 219.2 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 372 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 372.5 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 8.7 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 17.1 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 7togC ![]() 7tohC ![]() 7tojC ![]() 7tokC C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 42729.973 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Gene: PbJCM13498_02590 / Production host: ![]() ![]() |
---|---|
#2: Chemical | ChemComp-ACT / |
#3: Water | ChemComp-HOH / |
Has ligand of interest | Y |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.1 Å3/Da / Density % sol: 41.37 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 Details: 70 mM xylose, 0.1 M Tris pH 8.5, 0.2 M sodium acetate, and 30% (w/v) PEG4K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: RAYONIX MX-300 / Detector: CCD / Date: Apr 16, 2018 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.978 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.13→54.49 Å / Num. obs: 128873 / % possible obs: 98.1 % / Redundancy: 20.2 % / Biso Wilson estimate: 12 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.116 / Rpim(I) all: 0.023 / Net I/σ(I): 17.5 |
Reflection shell | Resolution: 1.13→1.16 Å / Redundancy: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.717 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 8881 / CC1/2: 0.657 / Rpim(I) all: 0.457 / % possible all: 91.7 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 18.58 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.13→54.49 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A
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