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- PDB-7tok: Crystal structure of the CBM domain of carbohydrate esterase FjoAcXE -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7tok | ||||||
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Title | Crystal structure of the CBM domain of carbohydrate esterase FjoAcXE | ||||||
![]() | Acetylxylan esterase I | ||||||
![]() | HYDROLASE / carbohydrate esterase / CE / Acetyl xylan esterases / xylan esterase / AcXE | ||||||
Function / homology | acetylxylan esterase / acetylxylan esterase activity / SGNH hydrolase-type esterase domain / GDSL-like Lipase/Acylhydrolase family / SGNH hydrolase superfamily / Acetylxylan esterase I![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Stogios, P.J. / Skarina, T. / Di Leo, R. / Jurak, E. / Master, E. | ||||||
Funding support | 1items
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![]() | ![]() Title: Elucidating Sequence and Structural Determinants of Carbohydrate Esterases for Complete Deacetylation of Substituted Xylans. Authors: Penttinen, L. / Kouhi, V. / Faure, R. / Skarina, T. / Stogios, P. / Master, E. / Jurak, E. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 129.8 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | Display | ![]() | |
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Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 431.5 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 437.2 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 11.7 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 14.7 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 7togC ![]() 7tohC ![]() 7toiC ![]() 7tojC C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
#1: Protein | Mass: 16389.973 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: L62 and V113 mutated to selenomethionine Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.42 Å3/Da / Density % sol: 49.22 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 Details: 1 M ammonium sulfate, 0.6 M sodium citrate and 0.1 M calcium chloride |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: RAYONIX MX-300 / Detector: CCD / Date: Mar 3, 2018 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9786 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.45→60.48 Å / Num. obs: 11980 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 79 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Rpim(I) all: 0.026 / Net I/σ(I): 18.6 |
Reflection shell | Resolution: 2.45→2.58 Å / Redundancy: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 1.55 / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 1725 / CC1/2: 0.519 / Rpim(I) all: 0.745 / % possible all: 100 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 99.47 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.45→43.32 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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