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万見
- PDB-7toi: Crystal structure of carbohydrate esterase PbeAcXE, in complex wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7toi
タイトルCrystal structure of carbohydrate esterase PbeAcXE, in complex with acetate
要素SGNH hydrolase
キーワードHYDROLASE / carbohydrate esterase / CE / Acetyl xylan esterases / xylan esterase / AcXE
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity
類似検索 - 分子機能
: / SGNH hydrolase / SGNH hydrolase-type esterase domain / GDSL-like Lipase/Acylhydrolase family / SGNH hydrolase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / SGNH hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Prolixibacter bellariivorans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.13 Å
データ登録者Stogios, P.J. / Skarina, T. / Di Leo, R. / Jurak, E. / Master, E.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Molecules / 年: 2022
タイトル: Elucidating Sequence and Structural Determinants of Carbohydrate Esterases for Complete Deacetylation of Substituted Xylans.
著者: Penttinen, L. / Kouhi, V. / Faure, R. / Skarina, T. / Stogios, P. / Master, E. / Jurak, E.
履歴
登録2022年1月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年4月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年11月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年11月20日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SGNH hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,7892
ポリマ－42,7301
非ポリマー591
水11,854658
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)57.390, 42.560, 76.470
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 108.300, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 SGNH hydrolase


分子量: 42729.973 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Prolixibacter bellariivorans (バクテリア)
遺伝子: PbJCM13498_02590 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): -Magic / 参照: UniProt: A0A5M4AV20
#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 658 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.37 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 70 mM xylose, 0.1 M Tris pH 8.5, 0.2 M sodium acetate, and 30% (w/v) PEG4K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2018年4月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.13→54.49 Å / Num. obs: 128873 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 20.2 % / Biso Wilson estimate: 12 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.116 / Rpim(I) all: 0.023 / Net I/σ(I): 17.5
反射 シェル解像度: 1.13→1.16 Å / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.717 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 8881 / CC1/2: 0.657 / Rpim(I) all: 0.457 / % possible all: 91.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20_4459精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
HKL-3000位相決定
PHENIXモデル構築
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.13→54.49 Å / SU ML: 0.1075 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 16.6105
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1647 1997 1.55 %RANDOM
Rwork0.1528 126852 --
obs0.153 128849 98.14 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 18.58 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.13→54.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2916 0 4 658 3578
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01263037
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.28034129
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1058461
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0131538
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.80041149
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.13-1.160.28861330.2518430X-RAY DIFFRACTION91.45
1.16-1.190.23961320.22128784X-RAY DIFFRACTION95.81
1.19-1.220.19981570.20698831X-RAY DIFFRACTION96.53
1.22-1.260.19151240.18788946X-RAY DIFFRACTION97.4
1.26-1.310.19651520.17759010X-RAY DIFFRACTION98.08
1.31-1.360.17941430.17189044X-RAY DIFFRACTION98.31
1.36-1.420.17191430.1629078X-RAY DIFFRACTION98.49
1.42-1.50.17811410.1529097X-RAY DIFFRACTION99.22
1.5-1.590.16611500.14619177X-RAY DIFFRACTION99.26
1.59-1.720.15371410.14259170X-RAY DIFFRACTION99.64
1.72-1.890.16131430.14259227X-RAY DIFFRACTION99.87
1.89-2.160.14921440.13779286X-RAY DIFFRACTION99.99
2.16-2.720.15851440.14479314X-RAY DIFFRACTION99.99
2.72-54.490.15311500.14739458X-RAY DIFFRACTION99.85
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.430136447110.4836078936460.6837542306140.8917043942920.295382165371.940274848750.0634218287952-0.018299023983-0.06455326346630.0212057986485-0.00657715610348-0.003415307794050.09074574386810.0559511421393-0.06465005791570.07827327667820.0166826879249-0.0006980567678460.0330904737591-0.003542658453560.091550350453129.1722142254.436686537343.1474557661
22.290733990290.845238674806-0.4884359804211.09504174043-0.219254804381.469130277790.02061834153640.0730595366009-0.167418112212-0.0184075558881-0.00407214472608-0.0565355347530.1016244402950.0667103209911-0.01386617321930.08366540106390.0194174997772-0.007872169782160.0754095032816-0.0118961952860.10855946340633.6508756487-1.5221612516539.2399361185
31.99699805179-0.06685185455820.2173343709830.623845954070.2289367451531.0962383180.04383726319020.15289221235-0.0195208175564-0.0695029555323-0.0210490477861-0.0305948096511-0.002485993245030.0715593709298-0.01845703722910.08580082893550.008930479350470.003436115583520.060615699766-0.0007748700803020.076916417957630.47721100955.4121913469137.8973555139
41.565226429560.2895949283730.01915978452941.8421449178-0.2171147529091.69993568284-0.0147478775383-0.09649752180060.0122169512670.0571499219340.0160254332939-0.138602666013-0.05252774772860.176590198363-0.01328546923150.09519839580130.007076460579570.006055747243020.095028457854-0.01992907359160.08265902860829.128565803713.920432603254.7104152919
53.40094123358-0.288841772342-0.4371621390631.291486862620.03005645036071.29267087679-0.0166137298523-0.128136177479-0.1428732008360.09474885760860.04361012011640.04058727805610.0918010170606-0.0253431353267-0.02128295019210.1090760406270.00197797692860.004333447083460.09679886818410.02162036447410.053519540472123.68326031695.9492392573361.4134767923
62.03121210719-0.6005691186540.1747059709821.20642306257-0.2932124437030.950507462194-0.0429673294811-0.270600989029-0.119843194530.1293730942120.08289936836350.1141394084490.0271287827019-0.0680656468813-0.03891751559330.1284697011830.02063508740520.0220061840420.1621735977870.003603569277150.07301751384817.06085121410.647839144467.5780913371
71.71860749004-0.166058680102-0.2512051719620.958148069234-0.115438350190.592850427567-0.0283129579774-0.2404693581930.0395275867690.1890532805780.0895786343910.0180934596375-0.04886304905580.00032650367138-0.06207669573850.1761153574690.04280334088140.01984161869390.198384875626-0.01757098864640.091758813656617.440856133717.807259842470.1151786551
81.819539849430.4681449035830.9415420858621.00744925066-0.05693140862352.224641441970.0638912219507-0.1061576647170.1536265771260.08512987777940.001288530764960.0356445626751-0.1248536452330.0488465219638-0.05633889267670.125822795366-0.007765334376470.01275249712910.0909916411778-0.03064317951730.099092421683621.206762642825.1766438458.8381268768
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 8 through 50 )8 - 501 - 43
22chain 'A' and (resid 51 through 105 )51 - 10544 - 98
33chain 'A' and (resid 106 through 175 )106 - 17599 - 168
44chain 'A' and (resid 176 through 240 )176 - 240169 - 233
55chain 'A' and (resid 241 through 272 )241 - 272234 - 265
66chain 'A' and (resid 273 through 316 )273 - 316266 - 309
77chain 'A' and (resid 317 through 346 )317 - 346310 - 339
88chain 'A' and (resid 347 through 386 )347 - 386340 - 379

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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