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- PDB-7tlh: Murine meteorin C-terminal NTR domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7tlh
タイトルMurine meteorin C-terminal NTR domain
要素Meteorin
キーワードSIGNALING PROTEIN / meteorin / NTR / neurotrophic factor
機能・相同性: / radial glial cell differentiation / positive regulation of axonogenesis / axonogenesis / extracellular space / Meteorin
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.74 Å
データ登録者Quan, C. / Arndt, J.W.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Identification and structure determination of stable domains of meteorin and meteorin-like
著者: Quan, C. / Arndt, J.W. / Gong, B.J. / Dolnikova, J. / Pepinsky, R.B.
履歴
登録2022年1月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年1月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月23日Group: Data collection / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id ..._pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Meteorin
C: Meteorin
A: Meteorin
D: Meteorin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,18310
ポリマ－58,6074
非ポリマー5766
水5,368298
1
B: Meteorin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,7482
ポリマ－14,6521
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Meteorin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,8443
ポリマ－14,6521
非ポリマー1922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Meteorin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,8443
ポリマ－14,6521
非ポリマー1922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Meteorin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,7482
ポリマ－14,6521
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)120.757, 75.672, 75.725
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 128.500, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 147 through 157 or resid 159...
21(chain B and (resid 147 through 157 or resid 159...
31(chain C and (resid 147 through 157 or resid 159 through 178 or resid 180 through 270))
41(chain D and (resid 13 through 23 or resid 25...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ALAALALEULEU(chain A and (resid 147 through 157 or resid 159...AC147 - 15713 - 23
12ALAALATHRTHR(chain A and (resid 147 through 157 or resid 159...AC159 - 17825 - 44
13LEULEUPHEPHE(chain A and (resid 147 through 157 or resid 159...AC180 - 20046 - 66
14LYSLYSLYSLYS(chain A and (resid 147 through 157 or resid 159...AC20167
15ALAALAASPASP(chain A and (resid 147 through 157 or resid 159...AC147 - 27013 - 136
16ALAALAASPASP(chain A and (resid 147 through 157 or resid 159...AC147 - 27013 - 136
17ALAALAASPASP(chain A and (resid 147 through 157 or resid 159...AC147 - 27013 - 136
18ALAALAASPASP(chain A and (resid 147 through 157 or resid 159...AC147 - 27013 - 136
21ALAALALEULEU(chain B and (resid 147 through 157 or resid 159...BA147 - 15713 - 23
22ALAALATHRTHR(chain B and (resid 147 through 157 or resid 159...BA159 - 17825 - 44
23LEULEUPHEPHE(chain B and (resid 147 through 157 or resid 159...BA180 - 20046 - 66
24ALAALAASPASP(chain B and (resid 147 through 157 or resid 159...BA147 - 27013 - 136
25ALAALAASPASP(chain B and (resid 147 through 157 or resid 159...BA147 - 27013 - 136
26ALAALAASPASP(chain B and (resid 147 through 157 or resid 159...BA147 - 27013 - 136
27ALAALAASPASP(chain B and (resid 147 through 157 or resid 159...BA147 - 27013 - 136
28ALAALAASPASP(chain B and (resid 147 through 157 or resid 159...BA147 - 27013 - 136
31ALAALALEULEU(chain C and (resid 147 through 157 or resid 159 through 178 or resid 180 through 270))CB147 - 15713 - 23
32ALAALATHRTHR(chain C and (resid 147 through 157 or resid 159 through 178 or resid 180 through 270))CB159 - 17825 - 44
33LEULEUASPASP(chain C and (resid 147 through 157 or resid 159 through 178 or resid 180 through 270))CB180 - 27046 - 136
41ALAALALEULEU(chain D and (resid 13 through 23 or resid 25...DD13 - 2313 - 23
42ALAALATHRTHR(chain D and (resid 13 through 23 or resid 25...DD25 - 4425 - 44
43LEULEULYSLYS(chain D and (resid 13 through 23 or resid 25...DD46 - 6746 - 67
44GLNGLNASPASP(chain D and (resid 13 through 23 or resid 25...DD74 - 13674 - 136

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.61008532493, -0.628205404804, 0.482860089135), (0.616303534103, -0.0067569970697, -0.78747971202), (0.497961695472, 0.778018195395, 0.38304286637)-25.5670852058, 134.864524925, 2.15168141249
2given(0.599786099883, 0.651718964303, 0.464240267485), (-0.617824546376, 0.00850734344603, 0.786269963183), (0.508477594671, -0.758412827341, 0.407750559831)-72.7283803668, -59.4944696864, 58.4512011124
3given(0.235735799726, 0.00431559298754, 0.97180759844), (0.00126082661317, -0.999990656401, 0.00413490355586), (0.97181636282, 0.000250536086464, -0.235739038319)-73.1880135708, 75.1049267635, 92.7373886801

-
要素

#1: タンパク質
Meteorin / Hypoxia/reoxygenation regulatory factor


分子量: 14651.735 Da / 分子数: 4 / 断片: NTR domain (UNP residues 156-291) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Metrn, Hyrac
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: Q8C1Q4
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 298 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.75 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M Bis-Tris, pH 5.4, 1 M ammonium sulfate, 1% w/v PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 1.25 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.25 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.74→20 Å / Num. obs: 55117 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 22.78 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 10.2
反射 シェル解像度: 1.74→1.83 Å / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 1.21 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 8027 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
autoPROCデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.74→19.99 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.75 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.204 2866 5.2 %
Rwork0.172 52231 -
obs0.1737 55097 99.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 119.56 Å2 / Biso mean: 34.3121 Å2 / Biso min: 15.06 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.74→19.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3703 0 30 298 4031
Biso mean--62.71 38.09 -
残基数----487
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2140X-RAY DIFFRACTION6.095TORSIONAL
12B2140X-RAY DIFFRACTION6.095TORSIONAL
13C2140X-RAY DIFFRACTION6.095TORSIONAL
14D2140X-RAY DIFFRACTION6.095TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.74-1.770.31611820.290225582740100
1.77-1.80.33061160.261226052721100
1.8-1.830.28871880.250825832771100
1.83-1.870.27471590.224925812740100
1.87-1.910.22651010.218526082709100
1.91-1.950.2631150.19926522767100
1.95-20.18581180.175626222740100
2-2.060.23591430.16626222765100
2.06-2.120.17691630.173425842747100
2.12-2.190.20071410.151425942735100
2.19-2.260.20231330.154126272760100
2.26-2.350.16221160.149626352751100
2.35-2.460.1751190.159526532772100
2.46-2.590.21011360.1625852721100
2.59-2.750.1751560.15626642820100
2.75-2.960.20391360.17426102746100
2.96-3.260.19561310.166126322763100
3.26-3.730.18441630.162126012764100
3.73-4.690.1571730.145426212794100
4.69-19.990.26081770.19412594277198
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.07210.10230.06630.08110.08590.09590.3302-0.3032-0.15890.4048-0.3708-0.4317-0.3940.0745-0.00460.4437-0.1015-0.0450.2741-0.06040.3613-35.688454.697750.5742
20.10720.058-0.08830.12580.03610.1299-0.0418-0.25030.1902-0.06230.05260.13320.1758-0.16460.00010.3322-0.05760.0510.2562-0.05630.3706-44.305653.964442.7186
30.1459-0.0665-0.15681.1976-0.00690.07880.0601-0.0588-0.0744-0.02330.0521-0.13780.0834-0.140200.2373-0.05060.00990.22860.00040.2046-32.109669.583543.9588
40.09420.1645-0.050.3494-0.10390.0458-0.19290.3238-0.1939-0.7444-0.01470.24580.0749-0.5808-0.00880.3473-0.0751-0.080.37320.01350.3604-42.897162.460231.9383
50.08020.02530.36541.3480.21481.9517-0.47290.47830.8845-0.6742-0.18660.4165-0.838-0.5239-0.63610.6404-0.0278-0.18490.3830.06510.4665-39.693571.527831.0134
60.35110.32530.17260.31750.18470.1060.0631-0.00820.08940.0142-0.1181-0.2930.01450.08980.00470.2345-0.0484-0.0480.23830.00960.2501-33.275668.400346.7475
70.05870.0921-0.04890.1253-0.0770.0570.1601-0.2682-0.45070.16290.5697-0.80750.54490.2720.05560.33140.01370.09120.2968-0.07790.5765-24.281763.25642.3473
80.1286-0.0243-0.00230.1803-0.13310.0547-0.05970.2397-0.21990.1215-0.23090.44270.3122-0.28440.00010.2947-0.06060.02510.2616-0.0040.339-40.152464.7843.0078
90.36940.3760.03810.3470.33620.07590.04470.0574-0.002-0.1145-0.0508-0.1299-0.06550.0305-00.2697-0.04070.03420.2135-0.01280.2347-37.787953.76938.1895
100.1123-0.10770.10390.1398-0.0760.0468-0.14290.29390.0047-0.74490.00130.542-0.11320.1256-0.00590.3589-0.0331-0.02320.28770.01280.2739-46.433349.220633.2458
110.103-0.0570.00720.0444-0.02770.0022-0.27790.5010.10250.1546-0.2815-0.21180.04570.57280.00040.26710.03060.03040.28580.04580.2941-26.92620.799840.2478
120.6745-0.1472-0.39570.6422-0.00950.13060.1289-0.01050.0641-0.058-0.00130.128-0.0907-0.02980.00010.2311-0.00550.00850.21180.01180.2243-36.238614.685539.3909
130.18090.4020.05670.8690.30220.5277-0.11530.05650.0709-0.0160.0457-0.01450.1492-0.0368-0.00020.2135-0.0118-0.01770.24290.04490.2517-29.72433.690944.0097
141.3126-1.1824-0.81871.21350.25971.9522-0.20650.3898-0.4301-0.41510.15950.45190.319-0.3452-0.17120.2844-0.0795-0.09170.34950.01530.4343-45.21569.263635.9815
150.1685-0.23720.11030.3444-0.1610.12480.07910.15340.0490.25150.0153-0.0470.1445-0.00480.00010.2399-0.0145-0.00790.23270.02730.2386-30.25567.021542.9696
160.03610.0351-0.02360.0306-0.0261-0.0052-0.4832-0.21810.34571.15170.2024-0.0076-0.17150.1082-0.0010.5060.03390.04260.28190.0160.3227-33.893612.765652.1746
170.22610.02170.21180.1769-0.04680.21840.02350.06130.127-0.35860.0539-0.0986-0.17420.1734-00.3179-0.02890.00430.21810.01580.2535-34.710610.182635.9948
180.3627-0.1239-0.55770.5245-0.62920.81190.07970.0506-0.00210.1414-0.01150.233-0.105-0.04290.00010.1957-0.02050.00360.19080.0110.229-39.681122.107239.8385
190.1545-0.05970.15860.1408-0.05390.10080.1311-0.3881-0.1577-0.02680.22970.76880.0472-0.3905-0.00110.266-0.0414-0.02850.36630.07680.331-46.020625.188132.4954
200.2112-0.2774-0.20220.31940.18020.21050.1331-0.04160.22410.099-0.11340.05370.38520.2625-0.00040.2135-0.00160.04760.2863-0.04220.2739-37.778444.065572.4957
210.0676-0.0185-0.14370.0222-0.03910.25360.0364-0.11970.05550.02-0.0688-0.02090.10830.0178-00.20140.0018-0.00110.2204-0.02320.2193-26.910834.150164.6695
220.2684-0.2346-0.23420.3524-0.07550.6205-0.0216-0.27650.0973-0.2169-0.1145-0.0034-0.1008-0.0379-0.00040.20310.00050.00040.2287-0.04230.2114-20.625739.599663.8035
230.37130.1062-0.14920.0973-0.00670.0622-0.08460.1064-0.1914-0.5420.0677-0.2096-0.0151-0.1197-0.00020.293-0.03960.02190.2718-0.06390.2971-35.622932.393356.0401
240.8414-0.01110.06140.06090.03990.0402-0.2233-0.2638-0.22350.11240.0772-0.09830.34290.2467-0.00550.26620.03790.01710.2702-0.01620.2444-23.549836.920968.0272
250.3915-0.13770.12180.15480.0380.14950.2047-0.14310.33950.2016-0.060.1655-0.26590.0198-0.00020.23560.01510.03260.2482-0.03670.2817-31.780641.399663.8
260.5582-0.4601-0.21930.59050.12420.1654-0.27330.0182-0.20990.11750.15660.00540.1592-0.026100.18620.00780.01350.2235-0.02060.1961-39.469236.293171.7594
270.1275-0.11650.09630.07850.00140.2399-0.0150.4409-0.2938-0.19320.40270.12980.1499-0.47040.00860.2498-0.0170.01670.3459-0.0270.2796-49.91738.093369.3602
280.2393-0.2299-0.19010.33410.32440.30020.0079-0.3965-0.00680.0509-0.0344-0.02550.28790.240900.27850.0280.00940.28270.00210.1947-11.377931.356238.9761
290.66590.015-0.27340.16020.17530.5561-0.0112-0.04570.03280.04790.0519-0.0529-0.00220.1468-0.00010.20530.0143-0.01940.1798-0.03030.1902-16.161238.572554.4173
300.19650.0153-0.04270.0042-0.00430.06920.07010.2570.2666-0.1271-0.04770.5035-0.1377-0.2112-00.23540.0129-0.01290.1942-0.01660.233-24.051740.912139.3106
310.25820.0114-0.28-0.0004-0.00830.3492-0.0372-0.09180.29640.1461-0.04250.524-0.3851-0.69560.0480.33680.08250.01740.3097-0.01720.3275-27.714141.570246.4672
320.06180.217-0.04170.3945-0.06960.62450.1759-0.28640.0422-0.3117-0.0063-0.1819-0.02640.48640.00040.2290.00220.00160.3197-0.04860.2179-12.436838.506353.8779
330.5095-0.07830.1840.1083-0.07210.1568-0.1773-0.091-0.2078-0.047-0.0527-0.27720.3080.2266-0.00140.241-0.01020.01250.2595-0.04320.221-18.57333.944746.765
340.34-0.1524-0.2070.290.04650.76690.06560.00620.0870.0020.0064-0.0266-0.15240.005600.2124-0.0110.00050.1923-0.01450.1852-14.232938.42534.3135
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and (resid 147 through 152 )B147 - 152
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 153 through 164 )B153 - 164
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 165 through 189 )B165 - 189
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 190 through 195 )B190 - 195
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 196 through 209 )B196 - 209
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 210 through 219 )B210 - 219
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 220 through 226 )B220 - 226
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 227 through 237 )B227 - 237
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 238 through 259 )B238 - 259
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 260 through 270 )B260 - 270
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 147 through 152 )C147 - 152
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 153 through 177 )C153 - 177
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 178 through 189 )C178 - 189
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 190 through 209 )C190 - 209
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 210 through 219 )C210 - 219
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 220 through 227 )C220 - 227
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 228 through 237 )C228 - 237
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 238 through 260 )C238 - 260
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 261 through 270 )C261 - 270
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'A' and (resid 147 through 164 )A147 - 164
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'A' and (resid 165 through 177 )A165 - 177
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'A' and (resid 178 through 189 )A178 - 189
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'A' and (resid 190 through 209 )A190 - 209
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'A' and (resid 210 through 226 )A210 - 226
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'A' and (resid 227 through 237 )A227 - 237
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'A' and (resid 238 through 259 )A238 - 259
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'A' and (resid 260 through 270 )A260 - 270
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'D' and (resid 13 through 30 )D13 - 30
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'D' and (resid 31 through 55 )D31 - 55
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'D' and (resid 56 through 61 )D56 - 61
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'D' and (resid 62 through 75 )D62 - 75
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'D' and (resid 76 through 92 )D76 - 92
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'D' and (resid 93 through 103 )D93 - 103
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'D' and (resid 104 through 136 )D104 - 136

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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