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- PDB-7tl6: Murine meteorin N-terminal CUB domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7tl6
タイトルMurine meteorin N-terminal CUB domain
要素Meteorin
キーワードSIGNALING PROTEIN / meteorin / CUB domain / neurotrophic factor
機能・相同性: / radial glial cell differentiation / positive regulation of axonogenesis / axonogenesis / extracellular space / Meteorin
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Quan, C. / Arndt, J.W. / Pepinsky, B. / Gong, B.J. / Dolnikova, J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Not funded 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Identification and structure determination of stable domains of meteorin and meteorin-like
著者: Quan, C. / Arndt, J.W. / Pepinsky, R.B. / Gong, B.J. / Dolnikova, J.
履歴
登録2022年1月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年1月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月6日Group: Data collection / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id ..._pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Meteorin
B: Meteorin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,7803
ポリマ－29,6842
非ポリマー961
水905
1
A: Meteorin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,9382
ポリマ－14,8421
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Meteorin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,8421
ポリマ－14,8421
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)48.508, 48.508, 191.542
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 1 through 5 or (resid 6...
21(chain B and (resid 1 through 47 or resid 54...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLYGLYASPASP(chain A and (resid 1 through 5 or (resid 6...AA1 - 51 - 5
12ARGARGARGARG(chain A and (resid 1 through 5 or (resid 6...AA66
13GLYGLYASPASP(chain A and (resid 1 through 5 or (resid 6...AA1 - 1301 - 130
21GLYGLYGLYGLY(chain B and (resid 1 through 47 or resid 54...BB1 - 471 - 47
22ARGARGGLUGLU(chain B and (resid 1 through 47 or resid 54...BB54 - 6354 - 63
23ARGARGARGARG(chain B and (resid 1 through 47 or resid 54...BB6464
24GLYGLYASPASP(chain B and (resid 1 through 47 or resid 54...BB1 - 1301 - 130
25GLYGLYASPASP(chain B and (resid 1 through 47 or resid 54...BB1 - 1301 - 130
26GLYGLYASPASP(chain B and (resid 1 through 47 or resid 54...BB1 - 1301 - 130
27GLYGLYASPASP(chain B and (resid 1 through 47 or resid 54...BB1 - 1301 - 130

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要素

#1: タンパク質 Meteorin / Hypoxia/reoxygenation regulatory factor


分子量: 14841.752 Da / 分子数: 2 / 断片: CUB domain (UNP residues 22-155) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Metrn, Hyrac
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: Q8C1Q4
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.19 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 100 mM Tris-HCl, pH 8.5, 200 mM lithium sulfate, 31% w/v PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年8月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→47.9 Å / Num. obs: 10896 / % possible obs: 99.76 % / 冗長度: 24 % / CC1/2: 0.986 / Rpim(I) all: 0.037 / Net I/σ(I): 17.5
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 12.29 % / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 1013 / CC1/2: 0.43 / Rpim(I) all: 0.64 / % possible all: 97.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
autoPROCデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→33.76 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 32.5 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2919 536 4.92 %
Rwork0.2516 10352 -
obs0.2537 10888 99.74 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 156.82 Å2 / Biso mean: 63.7995 Å2 / Biso min: 29.2 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→33.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1750 0 5 5 1760
Biso mean--72.73 47.18 -
残基数----239
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A936X-RAY DIFFRACTION15.054TORSIONAL
12B936X-RAY DIFFRACTION15.054TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 4

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.3-2.530.35761140.3042506262099
2.53-2.90.32961200.293125352655100
2.9-3.650.2911450.252425642709100
3.65-33.760.27831570.234527472904100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
19.44760.3975-1.5524.12590.61964.52560.0381-0.7980.47640.07710.19730.0424-0.5592-0.2336-0.19690.30270.03410.05140.45340.01020.368312.0458-6.074422.7074
24.45143.10351.41012.53971.74581.963-0.13020.5309-0.3547-0.47240.2431-0.45330.06970.2106-0.16180.3030.06810.06750.46450.00990.377519.3224-8.905611.714
38.75370.56890.26534.30850.26435.5606-0.074-0.05790.4522-0.01890.1870.1234-0.17740.0689-0.1290.30070.00930.07550.47640.11730.29117.7226-5.461112.2396
43.92631.86060.68292.00030.16480.96260.233-0.19890.5347-0.0012-0.321-0.5314-0.0728-0.10440.36660.92540.1184-0.07640.49630.0920.66734.2077-0.8562-18.0451
56.2254-0.09292.94461.2757-0.9432.967-0.39990.46781.2261-0.1089-0.3116-0.4737-0.37650.86120.5590.5402-0.0345-0.03170.45980.08310.51348.3578-7.7249-12.938
69.4749-0.3501-0.44236.86141.49264.9446-0.1995-0.8601-0.053-0.9180.483-0.0582-0.31390.3511-0.27730.56250.0234-0.09490.3782-0.02250.49454.2897-16.2565-9.7864
723.71791.8495.52145.36075.5616-1.2691-0.46872.86360.4206-0.6972-1.9331.07031.05352.41871.33850.1314-0.23550.62340.17281.1711-2.201-15.1512-3.8099
81.86231.61681.14213.04910.81214.3060.0167-0.4934-0.5837-0.27740.0735-0.0868-0.4454-0.1569-0.14530.52230.04910.06160.4635-0.00370.41813.8914-14.1999-12.2593
93.03160.03253.83022.43470.25444.843-1.0645-0.9739-0.11550.11040.5764-0.2904-1.27260.19050.37160.4201-0.0074-0.0490.4809-0.03910.478910.0686-6.8455-5.5589
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 40 )A1 - 40
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 41 through 84 )A41 - 84
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 85 through 130 )A85 - 130
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 1 through 21 )B1 - 21
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 22 through 62 )B22 - 62
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 63 through 84 )B63 - 84
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 85 through 93 )B85 - 93
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 94 through 119 )B94 - 119
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 120 through 130 )B120 - 130

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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