+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7tlw | ||||||
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Title | Murine Meteorin-like C-terminal NTR domain | ||||||
Components | Meteorin-like protein | ||||||
Keywords | HORMONE / meteorin-like / NTR / neurotrophic factor | ||||||
Function / homology | Function and homology information response to muscle activity / fat cell differentiation / energy homeostasis / brown fat cell differentiation / positive regulation of brown fat cell differentiation / response to cold / hormone activity / negative regulation of inflammatory response / extracellular space Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Mus musculus (house mouse) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 1.75 Å | ||||||
Authors | Quan, C. / Arndt, J.W. | ||||||
Funding support | 1items
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Citation | Journal: To Be Published Title: Identification and structure determination of stable domains of meteorin and meteorin-like Authors: Quan, C. / Arndt, J.W. / Gong, B.J. / Dolnikova, J. / Pepinsky, R.B. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7tlw.cif.gz | 84.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7tlw.ent.gz | 67.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7tlw.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tl/7tlw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tl/7tlw | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 7tl6C 7tlhC C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 15810.069 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: NTR domain (UNP residues 172-311) Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mus musculus (house mouse) / Gene: Metrnl / Production host: Cricetulus griseus (Chinese hamster) / References: UniProt: Q8VE43 | ||||
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#2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.03 Å3/Da / Density % sol: 39.32 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.1 M Bis-Tris propane, pH 7.0, 1.5 M ammonium chloride, 25 mM ethylenediamine dihydrochloride |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 31-ID / Wavelength: 1.07 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Aug 22, 2014 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.07 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.75→51.6 Å / Num. obs: 13370 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 14 % / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 27.4 |
Reflection shell | Resolution: 1.75→1.84 Å / Redundancy: 14.1 % / Rmerge(I) obs: 0.552 / Mean I/σ(I) obs: 5.2 / Num. unique obs: 1902 / % possible all: 99.9 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 1.75→9.99 Å / SU ML: 0.16 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 21.73 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 102.36 Å2 / Biso mean: 32.8703 Å2 / Biso min: 12.59 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.75→9.99 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 5
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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