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- PDB-7thq: Crystal structure of PltF trapped with PigG using a proline adeno... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7thq
タイトルCrystal structure of PltF trapped with PigG using a proline adenosine vinylsulfonamide inhibitor
要素
  • L-proline--[L-prolyl-carrier protein] ligase
  • Probable acyl carrier protein PigG
キーワードLIGASE/LIGASE INHIBITOR / nonribosomal peptide synthetase / NRPS / type II / biosynthesis / Ligase-Transport protein complex / LIGASE / LIGASE-LIGASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


L-proline-[L-prolyl-carrier protein] ligase / amino acid activation for nonribosomal peptide biosynthetic process / secondary metabolite biosynthetic process / ligase activity / phosphopantetheine binding / antibiotic biosynthetic process / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
AMP-binding / ANL, C-terminal domain / Amino acid adenylation domain / ANL, N-terminal domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding, conserved site / Putative AMP-binding domain signature. / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme ...AMP-binding / ANL, C-terminal domain / Amino acid adenylation domain / ANL, N-terminal domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding, conserved site / Putative AMP-binding domain signature. / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / AMP-binding enzyme, C-terminal domain superfamily / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
AZIDE ION / Chem-I5M / L-proline--[L-prolyl-carrier protein] ligase / Probable acyl carrier protein PigG
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas protegens Pf-5 (バクテリア)
Serratia sp. ATCC 39006 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.46 Å
データ登録者Corpuz, J.C. / Podust, L.M.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)T32 GM008326 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1F31GM13761601A1 米国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)R01 GM095970 米国
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2022
タイトル: Essential Role of Loop Dynamics in Type II NRPS Biomolecular Recognition.
著者: Corpuz, J.C. / Patel, A. / Davis, T.D. / Podust, L.M. / McCammon, J.A. / Burkart, M.D.
履歴
登録2022年1月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年11月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: L-proline--[L-prolyl-carrier protein] ligase
E: Probable acyl carrier protein PigG
A: L-proline--[L-prolyl-carrier protein] ligase
C: Probable acyl carrier protein PigG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,95712
ポリマ－134,1744
非ポリマー1,7848
水88349
1
B: L-proline--[L-prolyl-carrier protein] ligase
E: Probable acyl carrier protein PigG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,9796
ポリマ－67,0872
非ポリマー8924
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3570 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area23160 Å2
手法PISA
2
A: L-proline--[L-prolyl-carrier protein] ligase
C: Probable acyl carrier protein PigG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,9796
ポリマ－67,0872
非ポリマー8924
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3690 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area22540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.730, 132.680, 140.940
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 1 through 119 or (resid 120...
21(chain B and (resid 1 through 16 or (resid 17...
12(chain C and ((resid 1 through 2 and (name N...
22(chain E and (resid 1 through 4 or (resid 5...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111METMETALAALA(chain A and (resid 1 through 119 or (resid 120...AC1 - 1191 - 119
121GLNGLNGLNGLN(chain A and (resid 1 through 119 or (resid 120...AC120120
131METMETLEULEU(chain A and (resid 1 through 119 or (resid 120...AC1 - 5041 - 504
141METMETLEULEU(chain A and (resid 1 through 119 or (resid 120...AC1 - 5041 - 504
151METMETLEULEU(chain A and (resid 1 through 119 or (resid 120...AC1 - 5041 - 504
161METMETLEULEU(chain A and (resid 1 through 119 or (resid 120...AC1 - 5041 - 504
211METMETPROPRO(chain B and (resid 1 through 16 or (resid 17...BA1 - 161 - 16
221ARGARGARGARG(chain B and (resid 1 through 16 or (resid 17...BA1717
231METMETGLUGLU(chain B and (resid 1 through 16 or (resid 17...BA1 - 5051 - 505
241METMETGLUGLU(chain B and (resid 1 through 16 or (resid 17...BA1 - 5051 - 505
251METMETGLUGLU(chain B and (resid 1 through 16 or (resid 17...BA1 - 5051 - 505
261METMETGLUGLU(chain B and (resid 1 through 16 or (resid 17...BA1 - 5051 - 505
271METMETGLUGLU(chain B and (resid 1 through 16 or (resid 17...BA1 - 5051 - 505
281METMETGLUGLU(chain B and (resid 1 through 16 or (resid 17...BA1 - 5051 - 505
112METMETLEULEU(chain C and ((resid 1 through 2 and (name N...CD1 - 21 - 2
122METMETLEULEU(chain C and ((resid 1 through 2 and (name N...CD1 - 771 - 77
132METMETLEULEU(chain C and ((resid 1 through 2 and (name N...CD1 - 771 - 77
142METMETLEULEU(chain C and ((resid 1 through 2 and (name N...CD1 - 771 - 77
152METMETLEULEU(chain C and ((resid 1 through 2 and (name N...CD1 - 771 - 77
212METMETSERSER(chain E and (resid 1 through 4 or (resid 5...EB1 - 41 - 4
222LYSLYSLYSLYS(chain E and (resid 1 through 4 or (resid 5...EB55
232METMETALAALA(chain E and (resid 1 through 4 or (resid 5...EB1 - 791 - 79
242METMETALAALA(chain E and (resid 1 through 4 or (resid 5...EB1 - 791 - 79
252METMETALAALA(chain E and (resid 1 through 4 or (resid 5...EB1 - 791 - 79

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質 L-proline--[L-prolyl-carrier protein] ligase / L-prolyl-AMP ligase


分子量: 56397.742 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas protegens Pf-5 (バクテリア)
株: ATCC BAA-477 / NRRL B-23932 / Pf-5 / 遺伝子: pltF, PFL_2792 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: Q4KCY5, L-proline-[L-prolyl-carrier protein] ligase
#2: タンパク質 Probable acyl carrier protein PigG / Peptidyl carrier protein / PCP


分子量: 10689.031 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Serratia sp. ATCC 39006 (バクテリア)
株: ATCC 39006 / 遺伝子: pigG / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q5W265
#3: 化合物
ChemComp-AZI / AZIDE ION


分子量: 42.020 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: N3
#4: 化合物 ChemComp-I5M / 5'-deoxy-5'-({(2S)-2-({2-[(N-{(2R)-4-[(dioxo-lambda~5~-phosphanyl)oxy]-2-hydroxy-3,3-dimethylbutanoyl}-beta-alanyl)amino]ethyl}sulfanyl)-2-[(2S)-pyrrolidin-2-yl]ethanesulfonyl}amino)adenosine


分子量: 765.796 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H44N9O11PS2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 49 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.29 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 35% PEG 3350, 0.50 M NaCl, 0.1 M BTP pH 7.50, and 0.01 M sodium citrate tribasic

-
データ収集

回折平均測定温度: 110 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.12 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.12 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.46→96.61 Å / Num. obs: 45189 / % possible obs: 99.09 % / 冗長度: 12.8 % / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.1532 / Rpim(I) all: 0.04389 / Rrim(I) all: 0.1595 / Net I/σ(I): 13.99
反射 シェル解像度: 2.46→2.548 Å / 冗長度: 10.4 % / Rmerge(I) obs: 2.666 / Num. unique obs: 4110 / CC1/2: 0.286 / CC star: 0.667 / Rpim(I) all: 0.8246 / Rrim(I) all: 2.798 / % possible all: 91.27

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6o6e

6o6e


解像度: 2.46→96.61 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 29.45 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.255 2303 5.12 %
Rwork0.2061 42634 -
obs0.2086 44937 98.16 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 133.12 Å2 / Biso mean: 68.5203 Å2 / Biso min: 39.93 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.46→96.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8443 0 118 49 8610
Biso mean--65.1 72.35 -
残基数----1161
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A3068X-RAY DIFFRACTION9.734TORSIONAL
12B3068X-RAY DIFFRACTION9.734TORSIONAL
21C456X-RAY DIFFRACTION9.734TORSIONAL
22E456X-RAY DIFFRACTION9.734TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 16

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.46-2.510.37671020.35341915201771
2.51-2.570.37561270.326326612788100
2.57-2.630.37041400.312227072847100
2.63-2.70.33621380.308926542792100
2.7-2.780.38681440.299426692813100
2.78-2.870.34961550.28226922847100
2.87-2.980.32321400.268926822822100
2.98-3.090.30871260.248427052831100
3.09-3.240.2861310.234127052836100
3.24-3.410.2641420.228127032845100
3.41-3.620.25151750.202626972872100
3.62-3.90.24391810.187126772858100
3.9-4.290.23661680.167226972865100
4.29-4.910.20391400.158727622902100
4.91-6.190.24541370.191427872924100
6.19-96.610.21291570.18329213078100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.07560.30440.18152.1155-0.12641.0269-0.03310.07390.0341-0.1780.0517-0.0141-0.1417-0.0137-0.01110.36440.0271-0.00420.4599-0.10230.3482-29.183-12.93311.12
23.36210.73250.78735.8541-0.07440.1879-0.26840.1682-0.092-0.84770.59580.51430.2005-0.836-0.30450.8608-0.1871-0.13161.05840.05050.504-40.872-9.957-14.695
31.9325-0.06330.19532.60860.45072.22480.01820.3367-0.2082-0.2674-0.0365-0.27570.1630.24910.01420.34850.00870.04750.4712-0.00360.4198-20.09826.8125.758
46.74371.36510.73123.9346-0.46631.52020.0590.38460.3318-0.0142-0.2854-0.09620.00930.02790.28590.63330.04910.15691.16880.02861.05727.51125.08320.648
50.0610.3633-0.09572.04890.3840.1982-0.04770.03320.04120.2820.2348-0.05980.06730.1554-0.19070.31080.06770.01780.57970.00420.3122-28.161-2.63821.472
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN B AND RESID 1:505 )B1 - 505
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN E AND RESID 1:79 )E1 - 79
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 1:504 )A1 - 504
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN C AND RESID 2:77 )C2 - 77
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 801:819 ) OR ( CHAIN B AND RESID 801:823 ) OR ( CHAIN C AND RESID 1002:1002 ) OR ( CHAIN E AND RESID 1101:1101 )A801 - 819
6X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 801:819 ) OR ( CHAIN B AND RESID 801:823 ) OR ( CHAIN C AND RESID 1002:1002 ) OR ( CHAIN E AND RESID 1101:1101 )B801 - 823
7X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 801:819 ) OR ( CHAIN B AND RESID 801:823 ) OR ( CHAIN C AND RESID 1002:1002 ) OR ( CHAIN E AND RESID 1101:1101 )C1002
8X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 801:819 ) OR ( CHAIN B AND RESID 801:823 ) OR ( CHAIN C AND RESID 1002:1002 ) OR ( CHAIN E AND RESID 1101:1101 )E1101

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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