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- PDB-7tgm: Crystal structure of HSC-AMS bound DesD, the desferrioxamine synt... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7tgm
タイトルCrystal structure of HSC-AMS bound DesD, the desferrioxamine synthetase from the Streptomyces griseoflavus ferrimycin biosynthetic pathway
要素Desferrioxamine synthetase DesD
キーワードLIGASE/INHIBITOR / NRPS-independent siderophore (NIS) synthetase / iterative synthetase / amide ligase / adenylate-forming enzyme / LIGASE / inhibitor / LIGASE-INHIBITOR complex
機能・相同性Chem-I3U / Chem-LMS / PHOSPHATE ION
機能・相同性情報
生物種Streptomyces griseoflavus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Patel, K.D. / Gulick, A.M.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM136235 米国
National Science Foundation (NSF, United States)1654611 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2022
タイトル: An acyl-adenylate mimic reveals the structural basis for substrate recognition by the iterative siderophore synthetase DesD.
著者: Yang, J. / Banas, V.S. / Patel, K.D. / Rivera, G.S.M. / Mydy, L.S. / Gulick, A.M. / Wencewicz, T.A.
履歴
登録2022年1月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年7月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Desferrioxamine synthetase DesD
B: Desferrioxamine synthetase DesD
C: Desferrioxamine synthetase DesD
E: Desferrioxamine synthetase DesD
D: Desferrioxamine synthetase DesD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)357,175131
ポリマ－343,8085
非ポリマー13,368126
水7,026390
1
A: Desferrioxamine synthetase DesD
B: Desferrioxamine synthetase DesD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)143,29957
ポリマ－137,5232
非ポリマー5,77555
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9710 Å2
ΔGint-315 kcal/mol
Surface area43030 Å2
手法PISA
2
C: Desferrioxamine synthetase DesD
D: Desferrioxamine synthetase DesD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)143,02254
ポリマ－137,5232
非ポリマー5,49952
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9650 Å2
ΔGint-317 kcal/mol
Surface area42470 Å2
手法PISA
3
E: Desferrioxamine synthetase DesD
ヘテロ分子

E: Desferrioxamine synthetase DesD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)141,70940
ポリマ－137,5232
非ポリマー4,18638
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area9720 Å2
ΔGint-326 kcal/mol
Surface area42300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)125.800, 237.400, 329.700
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

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要素

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タンパク質 , 1種, 5分子 ABCED

#1: タンパク質
Desferrioxamine synthetase DesD


分子量: 68761.516 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces griseoflavus (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)

-
非ポリマー , 7種, 516分子

#2: 化合物...
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 59 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物
ChemComp-I3U / 4-[(5-aminopentyl)(hydroxy)amino]-4-oxobutanoic acid / N-(3-carboxypropanoyl)-N-hydroxycadaverine / N-(5-アミノペンチル)-N-ヒドロキシスクシンアミド酸


分子量: 218.250 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H18N2O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-LMS / [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINO-9H-PURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXYTETRAHYDRO-2-FURANYL]METHYL SULFAMATE / スルファモイルアデノシン


タイプ: RNA linking / 分子量: 346.320 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N6O6S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#6: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物...
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 47 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 390 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.63 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.05M Sodium phosphate pH 7.0 0.2M Ammonium sulfate 16% PEG 4000 (under oil)

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データ収集

回折平均測定温度: 113 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→49.6 Å / Num. obs: 169125 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 55.94 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Rpim(I) all: 0.046 / Net I/σ(I): 12.9
反射 シェル解像度: 2.5→2.56 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 1.12 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 62652 / CC1/2: 0.5 / Rsym value: 0.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7TGK

7tgk


解像度: 2.5→49.6 Å / SU ML: 0.3571 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.9688
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2196 1862 1.1 %
Rwork0.1888 167247 -
obs0.1892 169109 99.68 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 63.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→49.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数23360 0 804 390 24554
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.007524627
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.904333473
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05013628
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00784286
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.24463474
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5-2.570.37351400.330212801X-RAY DIFFRACTION99.85
2.57-2.640.34351390.297712769X-RAY DIFFRACTION99.8
2.64-2.730.32551440.264712765X-RAY DIFFRACTION99.61
2.73-2.830.26211490.247112755X-RAY DIFFRACTION99.78
2.83-2.940.24031420.244112791X-RAY DIFFRACTION99.73
2.94-3.070.29691320.246912805X-RAY DIFFRACTION99.8
3.07-3.230.30571540.241812858X-RAY DIFFRACTION99.83
3.23-3.440.25041360.215312842X-RAY DIFFRACTION99.87
3.44-3.70.23061430.191512867X-RAY DIFFRACTION99.72
3.7-4.080.19931440.17412846X-RAY DIFFRACTION99.55
4.08-4.660.17581480.143912901X-RAY DIFFRACTION99.56
4.66-5.880.16931460.156212949X-RAY DIFFRACTION99.45
5.88-49.60.17881450.14913298X-RAY DIFFRACTION99.36
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.809570216803-0.0111575850847-0.2123184764920.6097807432710.4020946889350.184280344637-0.0390469943405-0.02489626353760.17069194921-0.01681292498590.0874578919357-0.0139977136951-0.0554766975537-0.0708932262611-2.92337209208E-60.4448951970370.0570028828472-0.075112129560.345742892308-0.03873110289530.38675404116168.170031424846.3412110069-63.7964225704
20.295381767897-0.1673272235480.06773730580210.796888897442-0.2924445473090.507464747431-0.0437061514234-0.1107519346560.02192344419770.0006813679705850.02092002102090.05076195409990.0271119356234-0.0313905841862-1.4491640882E-50.4144702559450.0759388480326-0.01215524586290.469574274062-0.01561514821710.33753611354.47885942423.2811609384-47.2394747893
30.7338142136740.43978066898-0.1343139587230.6924980177910.001067227681450.593575784510.00776319566635-0.2739351355940.2532905439690.1923011039890.009045710473480.126546939597-0.170070924508-0.0513637645419-5.88386909732E-60.6185641315020.18276142367-0.008852169318180.664864790063-0.168995710660.54125605556850.906142296849.248514161-40.7914304008
40.06365354677310.0005022607858640.0772251866274-0.01339799423080.07055595155790.1580761417130.121188915509-0.1097485401310.1610108019510.204275136505-0.0685227001476-0.0682708720841-0.07239925773840.211471804435-9.83647537702E-50.6696049255310.106763129465-0.07716412234640.608080402708-0.1696297073630.53186148308967.876936758847.7609918816-43.4897633776
51.32178610574-0.422496381834-0.0250788869960.361534853651-0.2066757632350.339508437529-0.121942302443-0.314458270463-0.1640536981160.08214127510920.0620745148715-0.03458867292980.07402178323440.0173883515253-0.0001748948139830.5137944244880.0884568620197-0.02449445102730.4866169394470.04728076112620.44468200609985.60330456842.66241327344-43.2130427813
60.701167947348-0.4107156372730.2615410003320.835273451828-0.4019251347770.0952151366329-0.02635119912980.0726128614018-0.0164759153387-0.05827537625130.00814690797058-0.0629578066470.0181770616465-0.02822179327836.10799300187E-60.4236155807050.0517899360711-0.009764907443970.341487162978-0.0269937753930.38513024318687.231907111915.0591165383-72.0523462732
70.802349765705-0.157283491377-0.03093907412240.278367705918-0.07324151899940.40595871538-0.0367283116766-0.1246848747110.0519851285781-0.0195335346967-0.00150229847455-0.191747220266-0.0422040006477-0.0345420287341-5.7498632789E-60.4599933721680.0758397894892-0.03082633087370.420472327926-0.02603937108520.605141013505109.0985415745.46838857349-59.6298812927
80.1241602947860.0800112987359-0.0002029061131230.0145084969206-0.03789172583110.10429398892-0.14002701065-0.2212608046090.3019457819440.1926729339520.234735115214-0.169683575782-0.02435080686540.0106091771426-8.01887957799E-50.5442783156720.0985643907722-0.1071080577690.620476121689-0.0574465201730.627369258656101.16713684114.9362245688-47.6006671368
90.6357182831450.04626934565170.1932371592960.975243988254-0.1545009429540.39028668930.03844147514910.0852644270986-0.217625700615-0.1120070183490.0617476756154-0.03433445190140.1773891068810.1402008681411.34849311154E-50.4961178560080.0881946775888-0.002444130470260.508371180885-0.1335826851420.551614697379105.50256094754.6071327102-67.0447241028
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110.6163928776830.179245532690.3160620475690.598868006026-0.1589218748560.515805941090.206873973752-0.0241255927759-0.2599762195650.2418467091860.0819045543048-0.3415081593580.2175668498360.25673820243-0.0001333279584770.5885162253530.184128620665-0.1613666093430.734101369964-0.1046771721990.804730007865126.18197295653.732363221-47.0396785839
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 0 through 158 )AA0 - 1581 - 159
22chain 'A' and (resid 159 through 410 )AA159 - 410160 - 411
33chain 'A' and (resid 411 through 558 )AA411 - 558412 - 559
44chain 'A' and (resid 559 through 592 )AA559 - 592560 - 593
55chain 'B' and (resid 1 through 158 )BB1 - 1581 - 158
66chain 'B' and (resid 159 through 410 )BB159 - 410159 - 410
77chain 'B' and (resid 411 through 558 )BB411 - 558411 - 558
88chain 'B' and (resid 559 through 592 )BB559 - 592559 - 592
99chain 'C' and (resid 1 through 158 )CC1 - 1581 - 158
1010chain 'C' and (resid 159 through 410 )CC159 - 410159 - 410
1111chain 'C' and (resid 411 through 558 )CC411 - 558411 - 558
1212chain 'C' and (resid 559 through 592 )CC559 - 592559 - 592
1313chain 'E' and (resid 2 through 158 )DD2 - 1581 - 157
1414chain 'E' and (resid 159 through 410 )DD159 - 410158 - 409
1515chain 'E' and (resid 411 through 558 )DD411 - 558410 - 557
1616chain 'E' and (resid 592 through 592 )DD592591
1717chain 'D' and (resid 1 through 158 )EE1 - 1581 - 158
1818chain 'D' and (resid 159 through 410 )EE159 - 410159 - 410
1919chain 'D' and (resid 411 through 558 )EE411 - 558411 - 558
2020chain 'D' and (resid 559 through 592 )EE559 - 592559 - 592

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る