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- PDB-7tgn: Crystal structure of DesD, the desferrioxamine synthetase from th... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7tgn
タイトルCrystal structure of DesD, the desferrioxamine synthetase from the Streptomyces violaceus salmycin biosynthetic pathway
要素Desferrioxamine synthetase DesD
キーワードLIGASE / NRPS-independent siderophore (NIS) synthetase / iterative synthetase / amide ligase / adenylate-forming enzyme
機能・相同性CITRATE ANION
機能・相同性情報
生物種Streptomyces violaceus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Patel, K.D. / Gulick, A.M.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM136235 米国
National Science Foundation (NSF, United States)1654611 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2022
タイトル: An acyl-adenylate mimic reveals the structural basis for substrate recognition by the iterative siderophore synthetase DesD.
著者: Yang, J. / Banas, V.S. / Patel, K.D. / Rivera, G.S.M. / Mydy, L.S. / Gulick, A.M. / Wencewicz, T.A.
履歴
登録2022年1月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年7月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Desferrioxamine synthetase DesD
B: Desferrioxamine synthetase DesD
C: Desferrioxamine synthetase DesD
D: Desferrioxamine synthetase DesD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)275,94730
ポリマ－274,2824
非ポリマー1,66526
水4,486249
1
A: Desferrioxamine synthetase DesD
B: Desferrioxamine synthetase DesD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)137,91313
ポリマ－137,1412
非ポリマー77211
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6250 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area42750 Å2
手法PISA
2
C: Desferrioxamine synthetase DesD
D: Desferrioxamine synthetase DesD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)138,03417
ポリマ－137,1412
非ポリマー89315
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6060 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area43530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)108.530, 108.530, 517.750
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Space group name HallP4nw2abw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+3/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+1/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+3/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11D-715-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
Desferrioxamine synthetase DesD


分子量: 68570.469 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces violaceus (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
#2: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-FLC / CITRATE ANION


分子量: 189.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 249 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.74 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 90-100 mM Potassium citrate 25% PEG 8000 50 mM MES

-
データ収集

回折平均測定温度: 113 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.03317 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03317 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→49.47 Å / Num. obs: 138685 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 28 % / Biso Wilson estimate: 56.55 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.119 / Rpim(I) all: 0.032 / Net I/σ(I): 21.2
反射 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 10146 / CC1/2: 0.65 / Rpim(I) all: 0.519 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→49.47 Å / SU ML: 0.3033 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.8043
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2297 2000 1.44 %
Rwork0.1961 136670 -
obs0.1966 138670 99.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 69.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→49.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17615 0 107 249 17971
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.008818155
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9924728
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05382773
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00963205
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.24732543
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.360.33481410.28949649X-RAY DIFFRACTION99.99
2.36-2.420.3411400.27369569X-RAY DIFFRACTION100
2.42-2.490.31721400.26399602X-RAY DIFFRACTION100
2.49-2.570.31331410.26439635X-RAY DIFFRACTION100
2.57-2.660.29041420.2429627X-RAY DIFFRACTION100
2.66-2.770.26691410.22799664X-RAY DIFFRACTION99.99
2.77-2.90.28341410.22739661X-RAY DIFFRACTION100
2.9-3.050.28231420.23099675X-RAY DIFFRACTION99.98
3.05-3.240.25931430.2289721X-RAY DIFFRACTION99.99
3.24-3.490.22681420.2099784X-RAY DIFFRACTION99.99
3.49-3.840.23121430.19899784X-RAY DIFFRACTION99.98
3.84-4.40.23431450.16899858X-RAY DIFFRACTION100
4.4-5.540.20281450.16419972X-RAY DIFFRACTION100
5.54-49.470.17151540.172610469X-RAY DIFFRACTION99.92
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.26987576531-0.389020305147-0.08788192929291.487194135780.2132805959331.76459703154-0.139033402196-0.2846857397120.1549327300580.3864112419770.168633954323-0.255776720281-0.1388565611920.121937683964-0.01949723540080.8366341074210.0776825982906-0.004762751829770.509596418288-0.03562613538840.578365784975-40.227203408720.6927663463-23.2247767297
21.30987965343-0.5702793418070.06151893064451.204082692590.02121326830081.90786402685-0.0410853598705-0.0401171103020.01001015621660.1128136921980.0232160205053-0.07221352850990.009532786031970.03623199229970.05084373891280.513725303618-0.007228387644640.1001254245460.3416824399870.02028166497370.504137370011-44.68811330923.74869302174-53.6731478326
31.37845947753-0.4983080260910.1497059602781.226445152670.3268479303831.28297493524-0.105780800621-0.1136995733140.1573491132250.1085371957090.072717033395-0.271327437643-0.1389647910210.1400832076210.09176117557070.503425271387-0.003116613872480.08203449651780.3996822706920.003319804459790.554319365951-34.40611139328.25210521315-54.2365806815
41.37991896437-0.05135315986250.2412358696262.330449366531.126872966361.91740733771-0.140051792072-0.1340575780410.2009465479050.3165617040080.387823496763-0.558030210216-0.01861642722540.478817637738-0.006075936817560.5546280050990.0521139311433-0.06990503561380.646247398943-0.09057796050770.708711393298-19.72641537319.0513648905-34.4703962197
51.69025672812-0.892901295203-0.05486798964691.89513232066-0.3150569146151.119872618910.1421625478760.2214538720.177179708532-0.254336553663-0.239200305506-0.0363454360548-0.0950922568647-0.06034920799340.009018781584780.6085585621780.06793580715710.05424249777670.474491191429-0.01703350046410.555579809051-63.114695136926.6199724163-69.9809711304
62.00567815923-0.3198839391320.634502582711.348565115540.1376329750371.471697497-0.169133854935-0.319351505514-0.008825827973940.2913977934850.1363187028860.175877724434-0.0690697995179-0.2824322088080.004648683988250.6502808957280.09568134474830.15911754070.580356884039-0.008862134860720.554971244181-70.872533506224.9873213437-35.8580615063
71.24384337397-1.16600076460.5939640863050.52043207453-0.6147101349460.192546600456-0.453236748079-0.2153156863460.6782010587290.4255540767570.12509353183-0.103963040773-0.264527325077-0.1924066724060.03902923959280.7025519001740.1012482215480.01721226373150.62132279268-0.08724701901510.71655078088-71.224247715835.8293436648-38.2432299708
81.62084877133-0.39879383713-0.5326449349231.30707035661-0.4679119797131.20152794470.000838523255123-0.07665817941330.3937824296-0.0699643385638-0.08909372123680.207809135479-0.305875790232-0.0943655067759-0.04596954718920.574867569940.0779599366999-6.16949599594E-50.553063919343-0.06471964929580.712427343788-80.061521463444.2573537336-59.8843217398
91.729641729330.0361790869164-1.174039878431.56792176965-0.3561996508811.70690592967-0.0444316154370.9096422650320.243746843993-0.1260393595130.236802884680.1468779911830.010901465778-0.9043207052770.05160462397740.503383979531-0.02831487441960.01842504447181.19624791630.1759283469580.547639737931-39.87567957135.63392032262-123.025395901
102.229853335860.272746281121-0.3140271184230.664583138753-0.1284955728252.14419760538-0.08173255911970.220225183438-0.0224350627680.007519734715160.0517913443210.1159150509770.165282725958-0.2128209142230.07237154716620.500515965811-0.03165859198990.09768684360.4229762984610.02020322678330.483724117119-38.8495932852-2.69429104714-89.0088836214
111.68116735450.907674077655-0.3972343966680.926514208995-0.7382547873931.64263260245-0.02806013662061.092727505550.331886214218-0.05358961576810.2981897423630.2570408851120.085270559062-1.32467439070.1316446967910.486957168009-0.02457707397070.07000857797131.517190112860.218759936920.701235721383-62.29626810682.51921688711-109.883563536
121.116190427780.563334838902-0.1729238738851.175738259880.08205621826571.129478693790.113051732242-0.1847470066150.1619013663190.260663071847-0.05502811239380.11969383838-0.009212393521960.0326103403757-0.06161904426550.528356770081-0.03100728245180.05757904966710.4146505579330.01389963200550.47411666987-14.998075482219.2675437976-79.6734710136
131.007072418390.178117963241-0.2313324117091.33456448070.3984893452772.16106462373-0.05039837771930.0629356499511-0.003463143525310.01274657496920.0747302000236-0.09910196764530.0547074950059-0.123573524867-0.03609460900850.4462343218310.008861319378040.05223604789410.4150202249440.04078964032520.429240621431-8.430957433355.41570035248-111.644680567
141.866377917810.746155874616-0.1442029584420.6359147103290.1283572599911.180223533220.05797087009660.2556994588380.233461424434-0.06470887062020.10011899677-0.0243594904456-0.168817971637-0.0623654051923-0.03465099945240.5025170247760.02776588084240.101987314760.4277486901250.06576124456110.52663187233-5.8272705340516.6086223098-112.199201882
151.72147791908-0.331703195954-0.310231957922.180976273460.5285629724531.295283376680.183494122697-0.03855191005720.280385187028-0.141993938676-0.0182397025757-0.120680071377-0.3346737058470.132564712326-0.1530250489590.463720016718-0.04662603383510.07776396141010.413294561789-0.01266288333780.5126012776194.9039310831229.0257216424-94.1484899776
162.155958005710.33944351032-0.6711534017270.946149636475-0.1145037520941.15890005076-0.02898495871010.2591268948020.3385847046750.1440521221480.09076926705230.319394272349-0.0209108713595-0.5681718874030.1223553842440.549099335249-0.0401072370380.06463084882680.6597565619170.06673087483250.478202722353-47.46524872944.42355554753-90.4700804462
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 0 through 155 )AA0 - 1551 - 156
22chain 'A' and (resid 156 through 322 )AA156 - 322157 - 320
33chain 'A' and (resid 323 through 373 )AA323 - 373321 - 371
44chain 'A' and (resid 374 through 589 )AA374 - 589372 - 575
55chain 'B' and (resid 0 through 155 )BB0 - 1551 - 156
66chain 'B' and (resid 156 through 322 )BB156 - 322157 - 323
77chain 'B' and (resid 323 through 373 )BB323 - 373324 - 374
88chain 'B' and (resid 374 through 589 )BB374 - 589375 - 576
99chain 'C' and (resid 0 through 155 )CC0 - 1551 - 156
1010chain 'C' and (resid 156 through 323 )CC156 - 323157 - 319
1111chain 'C' and (resid 374 through 588 )CC374 - 588370 - 568
1212chain 'D' and (resid 0 through 155 )DD0 - 1551 - 156
1313chain 'D' and (resid 156 through 322)DD156 - 322157 - 316
1414chain 'D' and (resid 323 through 373 )DD323 - 373317 - 367
1515chain 'D' and (resid 374 through 589 )DD374 - 589368 - 570
1616chain 'C' and (resid 324 through 373 )CC324 - 373320 - 369

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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