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- PDB-7tgk: Crystal structure of ATP bound DesD, the desferrioxamine syntheta... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7tgk
タイトルCrystal structure of ATP bound DesD, the desferrioxamine synthetase from the Streptomyces griseoflavus ferrimycin biosynthetic pathway
要素Desferrioxamine synthetase DesD
キーワードLIGASE / NRPS-independent siderophore (NIS) synthetase / iterative synthetase / amide ligase / adenylate-forming enzyme
機能・相同性ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
機能・相同性情報
生物種Streptomyces griseoflavus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Patel, K.D. / Gulick, A.M.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM136235 米国
National Science Foundation (NSF, United States)1654611 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2022
タイトル: An acyl-adenylate mimic reveals the structural basis for substrate recognition by the iterative siderophore synthetase DesD.
著者: Yang, J. / Banas, V.S. / Patel, K.D. / Rivera, G.S.M. / Mydy, L.S. / Gulick, A.M. / Wencewicz, T.A.
履歴
登録2022年1月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年7月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: Desferrioxamine synthetase DesD
B: Desferrioxamine synthetase DesD
E: Desferrioxamine synthetase DesD
A: Desferrioxamine synthetase DesD
C: Desferrioxamine synthetase DesD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)352,12570
ポリマ－343,8085
非ポリマー8,31865
水14,538807
1
D: Desferrioxamine synthetase DesD
C: Desferrioxamine synthetase DesD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)141,13529
ポリマ－137,5232
非ポリマー3,61227
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Desferrioxamine synthetase DesD
A: Desferrioxamine synthetase DesD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)140,97830
ポリマ－137,5232
非ポリマー3,45528
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: Desferrioxamine synthetase DesD
ヘテロ分子

E: Desferrioxamine synthetase DesD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)140,02422
ポリマ－137,5232
非ポリマー2,50120
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)126.407, 237.528, 326.829
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11E-768-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 0 through 41 or (resid 42...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 0 through 207 or (resid 208...
d_3ens_1(chain "C" and (resid 0 through 43 or (resid 44...
d_4ens_1(chain "D" and (resid 0 through 41 or (resid 42...
d_5ens_1(chain "E" and (resid 0 through 43 or (resid 44...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1HISGLYD1 - 592
d_21ens_1HISGLYB1 - 592
d_31ens_1HISGLYE1 - 592
d_41ens_1HISGLYA1 - 592
d_51ens_1HISGLYC1 - 592

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要素

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タンパク質 , 1種, 5分子 DBEAC

#1: タンパク質
Desferrioxamine synthetase DesD


分子量: 68761.516 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces griseoflavus (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)

-
非ポリマー , 6種, 872分子

#2: 化合物...
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-B3P / 2-[3-(2-HYDROXY-1,1-DIHYDROXYMETHYL-ETHYLAMINO)-PROPYLAMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / 2,2′-(トリメチレンビスイミノ)ビス[2-(ヒドロキシメチル)プロパン-1,3-ジオ-ル]


分子量: 282.334 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H26N2O6 / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 化合物
ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 807 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.53 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.05M BTP pH 7.0, 0.2M Ammonium sulfate 16% PEG 4000 (under oil 100%)

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データ収集

回折平均測定温度: 113 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年1月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→49 Å / Num. obs: 216739 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.3 % / Biso Wilson estimate: 50.57 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.102 / Rpim(I) all: 0.04 / Net I/σ(I): 13.3
反射 シェル解像度: 2.3→2.42 Å / Rmerge(I) obs: 1.4 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 250917 / CC1/2: 0.627 / Rpim(I) all: 0.55

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: unliganded FerDesD 7TGJ

7tgj


解像度: 2.3→48.95 Å / SU ML: 0.2793 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.602
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2162 1976 0.91 %
Rwork0.1828 214667 -
obs0.1831 216643 99.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 55.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→48.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数23426 0 481 808 24715
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.014524427
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.245533319
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06233636
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00864292
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.33763383
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2DX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.546181362366
ens_1d_3DX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.591259193129
ens_1d_4DX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.604214576651
ens_1d_5DX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.570956424366
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.360.28541240.267415156X-RAY DIFFRACTION99.16
2.36-2.420.27561530.249115165X-RAY DIFFRACTION99.92
2.42-2.490.30941440.240615270X-RAY DIFFRACTION99.91
2.49-2.570.27791380.230115207X-RAY DIFFRACTION99.98
2.57-2.660.2731410.229415261X-RAY DIFFRACTION99.95
2.66-2.770.27221350.215915252X-RAY DIFFRACTION99.97
2.77-2.90.22691460.210515287X-RAY DIFFRACTION99.97
2.9-3.050.25471420.211315273X-RAY DIFFRACTION99.87
3.05-3.240.29031430.221615324X-RAY DIFFRACTION99.96
3.24-3.490.23591370.19415312X-RAY DIFFRACTION99.98
3.49-3.840.19921430.171615417X-RAY DIFFRACTION99.9
3.84-4.40.1521450.14415387X-RAY DIFFRACTION99.92
4.4-5.540.15931460.147815486X-RAY DIFFRACTION99.9
5.54-48.950.2341390.172815870X-RAY DIFFRACTION99.83
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 82.3981125971 Å / Origin y: 45.3697109472 Å / Origin z: -42.9354161498 Å
111213212223313233
T0.38484772708 Å20.0573583173868 Å2-0.0349749701764 Å2-0.418738384631 Å2-0.0273326591014 Å2--0.38555192313 Å2
L0.0555746186989 °20.0613316386641 °2-0.0129887783784 °2-0.228318564011 °2-0.0766262455582 °2--0.0924206569549 °2
S0.0110787188261 Å °-0.0431318083587 Å °0.0084763465875 Å °0.0357776163591 Å °0.0037050692485 Å °-0.0142252217874 Å °-0.0316665940321 Å °-0.000132317929064 Å °-0.0147484782501 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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