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- PDB-7tgi: Single-domain VHH intrabodies neutralize ricin toxin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7tgi
タイトルSingle-domain VHH intrabodies neutralize ricin toxin
要素
  • Ricin chain A
  • VHH antibody
キーワードIMMUNE SYSTEM/TOXIN / ricin toxin / VHH antibody / IMMUNE SYSTEM / IMMUNE SYSTEM-TOXIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


rRNA N-glycosylase / rRNA N-glycosylase activity / AMP binding / defense response / toxin activity / carbohydrate binding / killing of cells of another organism / negative regulation of translation
類似検索 - 分子機能
Ribosome-inactivating protein conserved site / Shiga/ricin ribosomal inactivating toxins active site signature. / Ricin-type beta-trefoil lectin domain / Ribosome-inactivating protein type 1/2 / Ribosome-inactivating protein / Ribosome-inactivating protein, subdomain 1 / Ribosome-inactivating protein, subdomain 2 / Ribosome-inactivating protein superfamily / Ribosome inactivating protein / Ricin-type beta-trefoil ...Ribosome-inactivating protein conserved site / Shiga/ricin ribosomal inactivating toxins active site signature. / Ricin-type beta-trefoil lectin domain / Ribosome-inactivating protein type 1/2 / Ribosome-inactivating protein / Ribosome-inactivating protein, subdomain 1 / Ribosome-inactivating protein, subdomain 2 / Ribosome-inactivating protein superfamily / Ribosome inactivating protein / Ricin-type beta-trefoil / Lectin domain of ricin B chain profile. / Ricin B, lectin domain / Ricin B-like lectins
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Ricinus communis (トウゴマ)
Vicugna pacos (アルパカ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.104 Å
データ登録者Rudolph, M.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSN272201400021C 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2022
タイトル: Single-domain antibodies neutralize ricin toxin intracellularly by blocking access to ribosomal P-stalk proteins.
著者: Czajka, T.F. / Vance, D.J. / Davis, S. / Rudolph, M.J. / Mantis, N.J.
履歴
登録2022年1月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年10月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ricin chain A
B: VHH antibody
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,8208
ポリマ－44,5812
非ポリマー2396
水2,162120
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)44.129, 84.407, 109.945
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.060, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-301-

CL

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要素

#1: タンパク質 Ricin chain A


分子量: 29936.758 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ricinus communis (トウゴマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' / 参照: UniProt: P02879, rRNA N-glycosylase
#2: 抗体 VHH antibody


分子量: 14644.257 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: VHH antibody / 由来: (組換発現) Vicugna pacos (アルパカ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG'
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 120 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.03 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 200 mM magnesium chloride, 20% PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 22929 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 36.85 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Rpim(I) all: 0.059 / Rrim(I) all: 0.109 / Χ2: 1.243 / Net I/σ(I): 6.5 / Num. measured all: 74897
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.1-2.142.80.68210870.5860.480.8380.54797
2.14-2.182.90.58311630.6480.4060.7140.59897.7
2.18-2.223.30.51411170.7060.3350.6160.61399.4
2.22-2.263.30.47511620.780.3070.5670.62399.1
2.26-2.313.40.40911420.850.2610.4860.66199.6
2.31-2.373.40.35811480.8760.2260.4250.68499.2
2.37-2.423.30.3311400.8750.2120.3930.71299.5
2.42-2.493.30.29511690.9040.1890.3510.73498.9
2.49-2.563.20.24211380.9250.1570.290.81998.9
2.56-2.653.10.20611380.9330.1390.2490.98398.4
2.65-2.743.50.17211470.9650.1080.2040.99799.5
2.74-2.853.50.15111510.9710.0950.1791.05799.6
2.85-2.983.40.12911780.9740.0820.1541.24499.3
2.98-3.143.40.10711550.9750.0690.1281.48298.8
3.14-3.333.20.09111060.9820.0590.1091.63898
3.33-3.593.20.07411350.9880.0480.0881.86997.3
3.59-3.953.50.06311710.9920.040.0741.8398.4
3.95-4.523.30.05911300.990.0380.072.16198.1
4.52-5.73.20.06111590.9870.0410.0742.38598.6
5.7-503.20.06311930.9930.0420.0772.96398.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.11.1_2575精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1RTC, 4LGR

1rtc

4lgr


解像度: 2.104→42.203 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 24.07 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2218 1089 4.75 %
Rwork0.1763 21837 -
obs0.1784 22926 98.5 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 107.17 Å2 / Biso mean: 45.7338 Å2 / Biso min: 23 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.104→42.203 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2939 0 9 120 3068
Biso mean--50.94 46.81 -
残基数----371
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083024
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8714110
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.056454
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005537
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d2.8492254
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.104-2.19930.29381350.2423263096
2.1993-2.31530.23731350.2265274199
2.3153-2.46030.30311450.2136274899
2.4603-2.65030.25581200.2024272999
2.6503-2.91690.25621530.1874273599
2.9169-3.33890.22511450.1819271599
3.3389-4.2060.19681320.1582273798
4.206-42.2030.18711240.1536280298
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.94350.1778-1.76984.0437-4.46867.2942-0.1315-0.17170.614-0.0431-0.5797-1.1849-0.18151.0640.71450.2688-0.0032-0.05660.45270.06930.520525.5128-8.89441.7104
28.70615.0803-0.79413.4263-2.14066.24380.3492-0.12180.5898-0.113-0.55130.52010.69330.12180.13150.3630.0004-0.02650.2284-0.0260.257915.2636-13.647137.3236
36.1671-0.92021.24879.52523.06064.2890.03370.2859-0.4108-0.728-0.15031.55180.33450.0758-0.10270.43120.0157-0.05580.29690.05060.407510.6086-16.607335.2032
44.65172.5871-3.55674.88611.09045.79370.93230.8832.9682-0.1358-1.0074-0.4747-2.38240.1396-0.46120.8173-0.04210.02030.35580.0820.772916.35741.963739.3245
57.8623.0019-2.33244.6045-5.21297.0530.32520.10290.63740.540.24281.2542-0.2273-0.6958-0.44490.37140.0370.00730.34040.01140.33467.3316-7.922642.1009
67.94820.3674-1.79895.12090.85176.1362-0.0282-0.4677-0.12040.32990.2043-0.6769-0.37070.5929-0.2840.338-0.0225-0.03810.423-0.00970.341417.966-9.235647.4339
73.81350.5917-1.82527.9055-1.75027.8801-0.1603-0.1325-0.02130.217-0.01710.23470.6118-0.60840.18020.3162-0.0496-0.01680.3535-0.020.254512.1048-18.8642.3975
86.6011-0.78561.01651.0652.71998.63310.39930.72010.1656-1.0037-0.6989-0.8907-0.19840.64070.22710.41090.05650.04070.31820.12710.475116.39-7.411729.5659
95.3622-2.50894.53652.9089-1.14054.40330.39251.4440.1982-0.5514-0.3773-0.6598-0.19290.8775-0.03090.37330.06860.05820.41870.04380.376621.6694-12.071730.1466
102.29831.65041.7482.18771.53812.1475-0.2125-0.9974-0.89160.1214-0.3807-0.30540.95450.99290.40660.58510.03920.06630.37590.10.365416.3132-24.63343.2893
112.8850.0151-1.69513.1649-0.69443.1069-0.2336-0.21370.13520.47480.05090.1732-0.2808-0.04070.10590.34950.0051-0.07220.2927-0.00960.27239.285312.478127.394
121.9898-0.66570.17983.8991-0.67735.1143-0.22490.0909-0.06070.13020.0301-0.1197-0.2782-0.0770.07780.27660.0263-0.01850.1795-0.00790.2537.611217.720914.586
133.2789-0.4246-0.28584.53350.96524.2013-0.0668-0.02320.0286-0.0820.07670.3238-0.2399-0.10440.04270.2443-0.0105-0.02540.31260.03570.2513.324812.40798.6963
143.9358-1.48883.07977.1684-6.14818.8418-0.17430.3329-0.1791-0.332-0.0437-0.56170.06050.64980.47490.2911-0.02080.01790.45910.02470.259418.253612.13027.0203
156.133-0.24950.9244.4209-1.18567.34350.1030.53440.1723-0.15150.0552-0.3757-0.06980.1821-0.11670.25670.03630.05250.32190.03650.343411.69599.02465.5568
169.4366-3.4595-2.48196.4902-0.83863.3861-0.1231-0.1671-0.65750.1988-0.1381-0.13480.15190.37920.36280.30810.0056-0.01210.26670.03270.340414.80221.420422.9256
172.54660.1261-0.68322.4610.27463.6988-0.2828-0.0014-0.5551-0.3411-0.03560.09380.28410.23740.35590.29930.02840.00590.28090.06310.31527.3833-2.864120.4904
187.3693-4.0651-4.56516.9244.31713.8860.0582-0.2119-0.7470.0343-0.21190.43580.5548-0.67370.12870.3694-0.0717-0.09190.47530.07490.37710.1046-9.878628.4909
195.8469-0.35651.04127.6085-1.50652.9105-0.353-0.5052-0.53310.47670.59770.74470.1361-0.3906-0.19740.253-0.03550.0950.34570.06250.32160.4826-3.194930.4056
202.5772-1.7016-3.47153.45732.41215.3117-0.071-1.1197-0.20611.12190.16870.11280.60340.90850.19950.8065-0.0832-0.0930.57940.11060.353515.7372-25.640848.3052
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and (resid 17 through 31 )B17 - 31
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 32 through 38 )B32 - 38
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 39 through 50 )B39 - 50
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 51 through 56 )B51 - 56
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 57 through 63 )B57 - 63
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 64 through 82 )B64 - 82
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 83 through 98 )B83 - 98
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 99 through 108 )B99 - 108
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 109 through 113 )B109 - 113
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 114 through 122 )B114 - 122
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 6 through 52 )A6 - 52
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'A' and (resid 53 through 97 )A53 - 97
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'A' and (resid 98 through 140 )A98 - 140
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'A' and (resid 141 through 154 )A141 - 154
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'A' and (resid 155 through 174 )A155 - 174
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'A' and (resid 175 through 193 )A175 - 193
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'A' and (resid 194 through 219 )A194 - 219
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'A' and (resid 220 through 238 )A220 - 238
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'A' and (resid 239 through 259 )A239 - 259
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'B' and (resid 4 through 16 )B4 - 16

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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