PDB-7tgf: Single-domain VHH intrabodies neutralize ricin toxin.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7tgf

タイトル

Single-domain VHH intrabodies neutralize ricin toxin.

要素

Ricin chain A
VHH camelid antibody

キーワード

IMMUNE SYSTEM/TOXIN / N-glycosidase / VHH antibody / IMMUNE SYSTEM / IMMUNE SYSTEM-TOXIN complex

機能・相同性

機能・相同性情報

rRNA N-glycosylase / rRNA N-glycosylase activity / AMP binding / defense response / toxin activity / carbohydrate binding / killing of cells of another organism / negative regulation of translation
類似検索 - 分子機能

生物種

Ricinus communis (トウゴマ)

Vicugna pacos (アルパカ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.347 Å

データ登録者

Rudolph, M.J. / Mantis, N.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2022
タイトル: Single-domain antibodies neutralize ricin toxin intracellularly by blocking access to ribosomal P-stalk proteins.
著者: Czajka, T.F. / Vance, D.J. / Davis, S. / Rudolph, M.J. / Mantis, N.J.

履歴

登録	2022年1月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年10月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.2	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7tgf.cif.gz	243.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7tgf.ent.gz	197.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7tgf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tg/7tgf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tg/7tgf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7tgiC 7th2C 7th3C 1rtcS 6cwgS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#161 - 2013年5月リシン (Ricin) 類似性 (15) #69 - 2005年9月コレラ毒素 (Cholera Toxin) 類似性 (15) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Ricin chain A

B: VHH camelid antibody

ヘテロ分子

44.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.830, 50.830, 260.009
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-403- HOH

#1: タンパク質	Ricin chain A 分子量: 29936.758 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ricinus communis (トウゴマ) 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: P02879, rRNA N-glycosylase
#2: 抗体	VHH camelid antibody 分子量: 14342.784 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Antibody / 由来: (組換発現) Vicugna pacos (アルパカ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 362 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.14 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4 詳細: 100 mM sodium citrate pH 4.0, 30% PEG 6000, and 1 M lithium chloride

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-E / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月1日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.347→50 Å / Num. obs: 77109 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.7 % / B_iso Wilson estimate: 17.43 Å² / R_merge(I) obs: 0.074 / R_pim(I) all: 0.022 / R_rim(I) all: 0.077 / Χ²: 0.682 / Net I/σ(I): 5.3

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.35-1.37	8.7	2.084	3793	0.523	0.735	2.213	0.434	100
1.37-1.4	11	1.844	3726	0.688	0.579	1.935	0.427	100
1.4-1.43	11.7	1.621	3790	0.778	0.494	1.696	0.431	100
1.43-1.45	11.7	1.327	3795	0.838	0.403	1.388	0.435	100
1.45-1.49	11.8	1.078	3752	0.879	0.327	1.127	0.447	100
1.49-1.52	11.5	0.813	3804	0.924	0.249	0.851	0.451	100
1.52-1.56	10.8	0.616	3789	0.937	0.196	0.647	0.463	100
1.56-1.6	12	0.5	3817	0.968	0.151	0.523	0.466	100
1.6-1.65	12.3	0.414	3812	0.975	0.122	0.432	0.482	100
1.65-1.7	12.2	0.321	3808	0.982	0.095	0.335	0.495	100
1.7-1.76	12.1	0.249	3816	0.988	0.075	0.26	0.528	100
1.76-1.83	11.3	0.183	3814	0.993	0.056	0.191	0.569	100
1.83-1.92	12	0.14	3819	0.995	0.042	0.147	0.623	99.9
1.92-2.02	12.7	0.106	3843	0.997	0.031	0.11	0.725	100
2.02-2.14	12.5	0.086	3879	0.997	0.025	0.09	0.825	100
2.14-2.31	12	0.071	3883	0.998	0.021	0.074	0.918	100
2.31-2.54	12.2	0.06	3899	0.998	0.018	0.063	0.983	100
2.54-2.91	12.8	0.053	3936	0.999	0.015	0.055	1.11	100
2.91-3.66	11.7	0.047	4027	0.999	0.014	0.049	1.283	100
3.66-50	11.8	0.044	4307	0.999	0.013	0.046	1.235	99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.11.1_2575	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
DENZO		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1RTC, 6CWG

1rtc

6cwg

解像度: 1.347→49.886 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 17.86 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1807	3707	4.82 %
R_work	0.1583	73242	-
obs	0.1594	76949	99.9 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 102.57 Å² / B_iso mean: 29.2293 Å² / B_iso min: 11.23 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.347→49.886 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3018	0	28	364	3410
B_iso mean	-	-	35.61	40.11	-
残基数	-	-	-	-	388

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	3187
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.102	4352
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.088	480
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	579
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.502	1183

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.3472-1.365	0.3543	112	0.2933	2730	98
1.365-1.3837	0.3374	125	0.2683	2797	100
1.3837-1.4034	0.2824	161	0.2433	2746	100
1.4034-1.4244	0.2462	120	0.2308	2752	100
1.4244-1.4466	0.261	140	0.2333	2784	100
1.4466-1.4704	0.2207	148	0.2188	2743	100
1.4704-1.4957	0.2317	154	0.205	2795	100
1.4957-1.5229	0.2193	140	0.1941	2735	100
1.5229-1.5522	0.2257	141	0.1984	2778	100
1.5522-1.5839	0.2017	148	0.1806	2779	100
1.5839-1.6183	0.2205	118	0.1799	2767	100
1.6183-1.656	0.2161	145	0.1798	2804	100
1.656-1.6974	0.2067	138	0.1747	2817	100
1.6974-1.7433	0.213	146	0.1703	2771	100
1.7433-1.7946	0.1953	151	0.1655	2784	100
1.7946-1.8525	0.1988	141	0.1673	2800	100
1.8525-1.9187	0.2	149	0.1583	2793	100
1.9187-1.9955	0.1617	143	0.149	2833	100
1.9955-2.0864	0.1563	145	0.1396	2797	100
2.0864-2.1964	0.1876	167	0.1387	2815	100
2.1964-2.334	0.16	166	0.137	2830	100
2.334-2.5142	0.1657	139	0.1431	2854	100
2.5142-2.7672	0.1579	147	0.1483	2883	100
2.7672-3.1675	0.1799	135	0.1448	2921	100
3.1675-3.9905	0.1529	132	0.1335	2963	100
3.9905-49.886	0.1698	156	0.1675	3171	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.0541	1.8103	-3.0099	1.729	-0.9273	4.3855	0.1242	-0.6893	-0.0438	0.0823	-0.1267	-0.1767	-0.0806	0.5033	0.1442	0.1515	-0.0103	0.008	0.1507	-0.0034	0.1724	13.5183	8.3176	30.6409
2	2.1112	0.3414	-0.9356	0.5778	-0.5685	2.015	0.1203	-0.054	0.1914	0.0099	-0.0788	-0.0646	-0.2654	0.1516	-0.0362	0.1651	-0.0164	0.0079	0.1203	-0.0128	0.1696	14.4783	17.1255	18.6737
3	1.3914	-0.2794	0.1742	1.7848	-0.3045	1.7229	0.0091	0.0092	-0.0986	-0.0768	-0.0769	-0.0458	0.1367	0.135	0.0822	0.1144	0.0116	0.0035	0.1088	0.0118	0.1189	15.913	-2.3534	21.3464
4	1.3966	-0.0045	-0.5884	0.8659	-0.0966	1.6382	0.0912	0.2226	0.0859	-0.0835	-0.026	0.0893	-0.127	-0.2757	-0.0878	0.1202	0.0227	-0.0047	0.1906	-0.0084	0.1295	2.7245	10.7724	11.3759
5	2.1111	-0.4399	0.6421	7.9174	-6.6346	9.2875	0.2096	0.0199	0.1168	0.1138	0.0361	0.5214	-0.3419	-0.3388	-0.2678	0.1923	0.075	0.0181	0.2262	-0.0401	0.2408	-19.6209	33.5228	19.0356
6	2.2001	-0.4984	-1.1833	4.5269	-2.1473	6.1104	0.1813	-0.1507	-0.0715	0.319	-0.0197	0.2891	0.12	0.1784	-0.2253	0.1436	0.0125	0.0003	0.1483	-0.0173	0.1698	-12.5873	22.7144	22.1294
7	7.9209	0.6097	5.329	1.3403	-0.4048	4.099	0.198	0.7864	-0.4096	-0.644	-0.0476	0.4478	0.2115	0.2301	-0.1512	0.2979	0.0869	-0.1052	0.3303	-0.0432	0.2632	-13.5689	24.4754	9.2255
8	2.671	-1.0927	-0.4793	7.7716	-3.7702	7.034	0.1499	0.4892	0.406	-0.1397	-0.3784	-0.6477	-0.1281	0.8377	0.3334	0.1319	0.0012	0.0258	0.3259	0.0399	0.2318	-3.1668	29.1036	15.1842
9	4.8137	0.0041	0.1791	4.0092	-0.1038	1.069	-0.0303	-0.5759	0.351	0.092	-0.0307	0.1116	-0.243	0.1103	-0.0413	0.1304	0.0188	0.0116	0.266	-0.0258	0.1958	-10.9434	32.1106	23.8099
10	2.5875	-0.9476	1.5409	7.7136	-4.078	4.2646	0.2966	0.1923	0.0412	-0.6486	-0.2186	0.2411	0.1539	0.2345	-0.0883	0.1678	0.0651	0.0126	0.2274	-0.0184	0.1675	-15.9408	30.1756	11.8521
11	1.4277	0.8524	1.4428	2.8618	0.6977	8.0064	-0.018	0.1454	-0.0771	0.1349	0.1103	0.2486	-0.0376	-0.3607	-0.0311	0.1822	0.0733	0.034	0.2978	0.0042	0.2147	-7.1626	16.7716	15.5131
12	1.9097	-1.7483	0.1057	6.177	-2.3969	2.6943	0.0707	-0.0308	-0.1411	0.0311	0.0435	0.5107	-0.0756	-0.2229	-0.1262	0.1596	0.0379	-0.0142	0.2818	-0.0169	0.2642	-19.6164	22.8604	16.7206
13	5.6623	-1.0554	-5.8352	0.2849	1.0854	6.0137	-0.4947	1.3407	-0.1617	-1.1768	0.042	0.3194	0.4505	-0.936	0.1451	0.5251	0.117	0.0241	0.4842	0.0643	0.3844	-29.2332	40.4823	6.5369

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 5 through 17 )	A	5 - 17
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 18 through 56 )	A	18 - 56
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 57 through 160 )	A	57 - 160
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 161 through 263 )	A	161 - 263
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 2 through 25 )	B	2 - 25
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 26 through 39 )	B	26 - 39
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 40 through 51 )	B	40 - 51
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 52 through 67 )	B	52 - 67
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 68 through 83 )	B	68 - 83
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 84 through 99 )	B	84 - 99
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 100 through 109 )	B	100 - 109
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 110 through 123 )	B	110 - 123
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 124 through 130 )	B	124 - 130

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

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新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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