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- PDB-7tg5: Crystal Structure of the Pirin Family Protein Redox-sensitive Bic... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7tg5
タイトルCrystal Structure of the Pirin Family Protein Redox-sensitive Bicupin YhaK in the Presence of Fe Ion from Yersinia pestis
要素Pirin family protein
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Pirin Family Protein / Bicupin / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


: / Pirin, C-terminal domain / Pirin C-terminal cupin domain / Pirin, N-terminal domain / Pirin / Pirin / RmlC-like cupin domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Jelly Rolls ...: / Pirin, C-terminal domain / Pirin C-terminal cupin domain / Pirin, N-terminal domain / Pirin / Pirin / RmlC-like cupin domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Yersinia pestis CO92 (ペスト菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.72 Å
データ登録者Kim, Y. / Chhor, G. / Endres, M. / Babnigg, G. / Schneewind, O. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of the Pirin Family Protein Redox-sensitive Bicupin YhaK in the presence of Fe ion from Yersinia pestis
著者: Kim, Y. / Chhor, G. / Endres, M. / Babnigg, G. / Schneewind, O. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2022年1月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年1月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月13日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pirin family protein
B: Pirin family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,4335
ポリマ－64,2862
非ポリマー1473
水5,891327
1
A: Pirin family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,2343
ポリマ－32,1431
非ポリマー912
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Pirin family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,1992
ポリマ－32,1431
非ポリマー561
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.050, 66.050, 121.540
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number144
Space group name H-MP31
Space group name HallP31
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+1/3
#3: -x+y,-x,z+2/3

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要素

#1: タンパク質 Pirin family protein / Pirin-related protein / Yhak


分子量: 32142.791 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yersinia pestis CO92 (ペスト菌) / 遺伝子: yp02149 / プラスミド: pMCSG68 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Gold / 参照: UniProt: A0A2U2H063
#2: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 327 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.02 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M Sodium acetate, 0.1 M MES pH 6.5, 30 %(w/v) PEG 2000 MME

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97911 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2017年6月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97911 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.72→50 Å / Num. obs: 62979 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.7 % / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.111 / Net I/σ(I): 24.1
反射 シェル解像度: 1.72→1.75 Å / Rmerge(I) obs: 1.586 / Mean I/σ(I) obs: 1.67 / Num. unique obs: 3179 / CC1/2: 0.436 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19_4092精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
MLPHARE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.72→31.87 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.45 / 位相誤差: 22.2145
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2077 3010 4.79 %
Rwork0.1714 59854 -
obs0.1738 62864 99.85 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 25.76 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.72→31.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4364 0 3 327 4694
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00374511
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.64186141
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0474655
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004821
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.68971627
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.72-1.750.29831410.29252993X-RAY DIFFRACTION94.54
1.75-1.780.3122120.26722933X-RAY DIFFRACTION92.79
1.78-1.820.29691300.26153003X-RAY DIFFRACTION95.67
1.82-1.850.30531640.24852984X-RAY DIFFRACTION94.52
1.85-1.890.19921130.23153060X-RAY DIFFRACTION96.35
1.89-1.940.26361650.21512960X-RAY DIFFRACTION94.57
1.94-1.990.25321360.21452984X-RAY DIFFRACTION95.58
1.99-2.040.25241140.21173029X-RAY DIFFRACTION96.37
2.04-2.10.21521660.21192944X-RAY DIFFRACTION94.66
2.1-2.170.26461540.20973027X-RAY DIFFRACTION95.13
2.17-2.250.17871620.19772996X-RAY DIFFRACTION94.87
2.25-2.330.27491280.20453008X-RAY DIFFRACTION95.92
2.34-2.440.24141300.20123008X-RAY DIFFRACTION95.83
2.44-2.570.21421540.19963005X-RAY DIFFRACTION95.13
2.57-2.730.24821780.18942977X-RAY DIFFRACTION94.36
2.73-2.940.22161560.18072994X-RAY DIFFRACTION95.02
2.94-3.240.23011100.16253012X-RAY DIFFRACTION96.48
3.24-3.70.17321300.13923031X-RAY DIFFRACTION95.86
3.71-4.660.1531570.10542983X-RAY DIFFRACTION95
4.67-31.870.18012080.13492925X-RAY DIFFRACTION92.92
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.333207881070.1726381983591.011501529650.7380767634830.442981983573.846595702860.02985676511530.256905693385-0.124896245156-0.073678119945-0.1302788436240.0422397703271-0.0218202019195-0.4805690701590.09734940466230.1853545833620.00558426777221-0.03268454216210.177727775297-0.01043807601490.125823277406-27.311107422552.3338345937-3.03282312689
24.77121912396-3.34565378623-1.8861900873.104363919610.611037765292.197792019330.2149148056440.0519877728747-0.320071999945-0.151313125374-0.2557472340190.323885040816-0.0562506759178-0.4435952705120.07245004321780.134545507457-0.00962935062106-0.03417710496720.237277202469-0.01762539020720.162541959004-25.164325213746.90189119491.62411987633
30.356829721544-0.0166256682347-0.4752947731051.388808728950.7181178769281.095878071710.0338340428957-0.103024507245-0.003261137123230.194511057525-0.0209396646821-0.06787571865250.04016739213770.0451201100742-0.03128999568110.1554589128420.0255587394869-0.02057895144930.2499708494950.007101119661850.127874168473-22.882256238650.013326711717.6941390344
42.86169259902-0.894092533054-2.267074872081.492332606011.313197826315.613827067950.0360766669723-0.0745551537589-0.03992924518070.134448749108-0.02037634172530.105532506219-0.05111970156890.1272671379290.0005617220427910.1338853171330.0034657384187-0.01057914162270.190138581827-0.005052550109750.10968665988-25.761471179157.325265554318.1674887508
51.811561660970.931384962323-0.1662338068763.28316523829-0.6419445328621.62089418187-0.036860723018-0.1332120794730.03648657516190.1161989462040.0105834617606-0.154789746745-0.08003769384920.2351510931780.06572343926790.1034064225010.00860051966672-0.01979352271250.246368772103-0.01902575993930.120611061736-9.4343238982650.77394425816.72274404759
62.47333950955-1.672409961140.8334359488344.39425601892-0.3979482425810.8346229477090.0461381344210.1439915332380.181221629818-0.248058645458-0.130898584201-0.0423487694327-0.09108496137950.04508381559860.09903360311980.184267604385-0.00110346311798-0.008279226641470.2457242313590.009598120311640.0955796692027-16.466959247658.1932805075-7.71869413175
73.905726405342.63632771852-2.698798345084.07004019268-1.888646292482.94951932003-0.324249363323-0.123040056442-0.487500723092-0.03174338330830.0408167713712-0.1669140208350.495217521306-0.04900102631880.3055250670640.2100698068180.00243986130088-0.01931849429740.1907376948940.01420488710580.149113184525-22.533431418233.18414393627.67432933544
80.907936875182-0.0893421171282-1.361605250960.9259352722040.5588425613462.20322423660.148366263192-0.146633200882-0.08703072565880.06700036893970.004284087127870.00728459788661-0.0234775730375-0.186662273614-0.06016089470190.1720588986570.001079999952180.0428532860350.220737513067-0.01212193166170.1165513193045.6623427911943.131389591418.5795462739
90.8102016918170.7798539591760.8185320481341.929413110420.99710301611.090849366990.04760603532590.0765879406270.0145027249604-0.0432243128834-0.0444139134842-0.03103156884670.03135347072170.02960415393410.0007749570007950.139011922678-0.003323244455150.02443190265140.237112554075-0.005249282733080.1111849027849.0485665003944.62791008611.70978080816
102.05533087475-1.032042564560.2614951756443.72702257289-0.8377891060981.25695545226-0.07657840845220.165046253578-0.107319613473-0.001048682033430.090662813395-0.0245057934516-0.01302225481190.195387095609-0.04095499538110.114949724968-0.03280047997020.01454769316080.259944271271-0.0238284162130.10766196348623.610607354344.57827459048.46622700113
111.10003307471-0.1933955912090.3809793326162.02459626307-0.5064286033440.841665262301-0.00123289124668-0.1041228354370.02844854858770.126835842793-0.01520811713310.03046546213510.01735837575040.06097990267570.02215525173070.131354692475-0.008408186933120.03322133769760.234887265318-0.02539776791780.087293973854414.314727635446.859487532317.200639569
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 0 through 19 )AA0 - 191 - 20
22chain 'A' and (resid 20 through 45 )AA20 - 4521 - 46
33chain 'A' and (resid 46 through 105 )AA46 - 10547 - 106
44chain 'A' and (resid 106 through 125 )AA106 - 125107 - 126
55chain 'A' and (resid 126 through 185 )AA126 - 185127 - 186
66chain 'A' and (resid 186 through 245 )AA186 - 245187 - 246
77chain 'A' and (resid 246 through 283 )AA246 - 283247 - 284
88chain 'B' and (resid 0 through 19 )BB0 - 191 - 20
99chain 'B' and (resid 20 through 125 )BB20 - 12521 - 126
1010chain 'B' and (resid 126 through 185 )BB126 - 185127 - 186
1111chain 'B' and (resid 186 through 283 )BB186 - 283187 - 284

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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