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万見
- PDB-7te8: CA14-CBD-DB21 ternary complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7te8
タイトルCA14-CBD-DB21 ternary complex
要素
  • CA14
  • DB21
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / Nanobody / Cannabidiol / Sensor / Molecular glue
機能・相同性cannabidiol
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.998 Å
データ登録者Cao, S. / Zheng, N.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1R35GM128918 米国
National Institutes of Health/National Institute on Drug Abuse (NIH/NIDA)R21DA051555 米国
National Institutes of Health/National Institute on Drug Abuse (NIH/NIDA)R21DA051194 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Defining molecular glues with a dual-nanobody cannabidiol sensor.
著者: Cao, S. / Kang, S. / Mao, H. / Yao, J. / Gu, L. / Zheng, N.
履歴
登録2022年1月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年1月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22022年7月6日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name
改定 1.32024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: CA14
A: DB21
D: CA14
B: DB21
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,5496
ポリマ－52,9204
非ポリマー6292
水5,909328
1
C: CA14
A: DB21
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,7743
ポリマ－26,4602
非ポリマー3141
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2100 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area10900 Å2
手法PISA
2
D: CA14
B: DB21
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,7743
ポリマ－26,4602
非ポリマー3141
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2070 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area10900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.672, 69.153, 109.110
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP22121

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要素

#1: 抗体 CA14


分子量: 13144.321 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 抗体 DB21


分子量: 13315.685 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 化合物 ChemComp-P0T / cannabidiol / (1'R,2'R)-5'-methyl-4-pentyl-2'-(prop-1-en-2-yl)-1',2',3',4'-tetrahydro[1,1'-biphenyl]-2,6-diol / カンナビジオ-ル


分子量: 314.462 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 328 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.12 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2 M Ammonium citrate tribasic, pH 7.0, 0.1 M imidazole, pH 7.0 and 20% polyethylene glycol monomethyl ether 2,000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2019年8月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.998→41.15 Å / Num. obs: 32845 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.1 % / CC1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 57.4
反射 シェル解像度: 1.998→2.07 Å / Num. unique obs: 3172 / CC1/2: 0.948

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXv1.14精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Predicted model of each nanobody by PHYRE2

解像度: 1.998→41.149 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.41 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2109 1655 5.05 %
Rwork0.1803 --
obs0.1819 32798 99.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.998→41.149 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3708 0 46 329 4083
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0093844
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0595196
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.8882224
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.072524
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006682
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9983-2.05710.24131260.20672515X-RAY DIFFRACTION98
2.0571-2.12350.25321510.19812534X-RAY DIFFRACTION100
2.1235-2.19930.23021280.19382573X-RAY DIFFRACTION100
2.1993-2.28740.2581330.1972564X-RAY DIFFRACTION100
2.2874-2.39150.29521310.20092594X-RAY DIFFRACTION100
2.3915-2.51760.23951380.20172565X-RAY DIFFRACTION100
2.5176-2.67530.26061380.19652569X-RAY DIFFRACTION100
2.6753-2.88180.23221450.20362593X-RAY DIFFRACTION100
2.8818-3.17170.22881250.18692606X-RAY DIFFRACTION100
3.1717-3.63040.18211380.17212618X-RAY DIFFRACTION100
3.6304-4.5730.18371490.15082639X-RAY DIFFRACTION100
4.573-41.1490.16661530.16662773X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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